当参加中央研究院会议的群贤硕儒们，为连绵内战造成的苦难忧心愁悴，彷徨山泽，嗟号旻天而无一丝收效之际，炮火轰鸣、人头乱滚的战场又传出一个又一个国民党军战败覆亡的凶讯：
1948年9月12日，中共将领林彪指挥的东北野战军在辽宁省西部和沈阳、长春地区，对国民党军卫立煌部发起攻势，史称辽沈战役。此役东北野战军以伤亡6.9万人的代价，歼灭、俘获国民党军兵力47万余人，缴获了大批美制武器装备。经此一役，国民党军元气大伤，彻底踏上了衰亡败退之路。
9月16日，中共华东野战军以32万兵力围攻国民党重点守备的战略要地济南城，历时8天，城陷，国民党军10.4万人被歼，最高指挥官王耀武被俘。
11月6日，中共华东、中原野战军与地方武装共60余万人在以徐州为中心，东起海州、西至商丘、北至临城、南达淮河的广大区域内，向集结在这一地区的70万国民党军发起强大攻势，是为淮海战役（南按：国民党称之为徐蚌战役）。解放军攻势凌厉，兵锋所至，所向披靡，国民政府首都南京岌岌可危。
11月13日，号称一代“文胆”的蒋介石侍从室二处主任、总统府国策顾问、首席秘书陈布雷，看到国民党政权日暮途穷，灭亡在即，自己回天乏术，更无力挽狂澜于既倒，解党国之危，痛苦悲愤中服巴比妥安眠药自杀，以古老的“尸谏”形式表达了对蒋介石的忠诚以及对国民党政府前途的绝望。在置于寓所书桌的遗书中，陈布雷字字血、声声泪地宣泄出久积于内心的苦痛与彻底绝望情形，书曰：
介公总裁钧鉴：
布雷追随二十年，受知深切，任何痛苦，均应承当，以期无负教诲。但今春以来，目睹耳闻，饱受刺激。入夏秋后，病象日增，神经极度衰弱，实已不堪勉强支持。值此党国最艰危之时期，而自验近来身心已毫无可以效命之能力，与其偷生尸位，使公误以为尚有一可供驱使之部下，因而贻害公务，何如坦白承认自身已无能为役，而结束其无价值之一生。凡此狂愚之思想，纯系心理之失常，读公昔在黄埔斥责自杀之训词，深感此举为万万无可谅恕之罪恶，实无面目再求宥谅，纵有百功，亦不能掩此一眚， 况自问平生实无丝毫贡献可言乎？天佑中国，必能转危为安，惟公善保敢躬，颐养天和，以保障三民主义之成功，而庇护我四亿五千万之同胞。回忆许身麾下，本置生死于度外，岂料今日，乃以毕生尽瘁之初衷，而蹈此极不负责之结局，书生无用，负国负公，真不知何词以能解也。夫人前并致敬意。
部属 布雷 负罪谨上此前，陈氏曾多次向蒋介石苦谏，谓“罢兵弭战，同共产党举行谈判，早日结束内战，国民党或许还能坐半个江山”。蒋答之曰：“目前战局确实不利，但不必悲观；即使谈判也保不住半壁江山，只有背水一战，成败在天了。”
面对山河崩裂，天地改色以及摇摇欲堕的国民党政府，蒋介石困兽犹斗，在决心背水一战的同时，没有听天由命，而是采纳了历史地理学家出身的著名策士张其昀（晓峰）的纵横捭阖之术，决定着手经营台湾，作为日后退身和反攻大陆的“转丸”之地。
在国民党军队大举败退台湾之前，根据蒋介石密令，由中央银行为首，把储备黄金、白银等财宝全部秘密运往台湾。运送渠道有两条主要路线，一是从上海的“央行”直接运至码头，以海关缉私舰悄悄运送到台湾岛；另一种是其他地区银行的金条、银锭、银元等，以陆路方式分头运送到厦门鼓浪屿，再以军舰从厦门运送至台湾。据国民党当局后来披露，1948年之后从大陆运到台湾的黄金、银锭、银元共有3批，其中黄金277。5千万余两，银（锭）元1500万元，另有1530万余美元存进美国银行的国民政府账号。美国前驻法国及苏联大使蒲立德（illiam Bullitt）后来曾在《展望》杂志发表文章，分析1949年和1950年台湾的经济与财政情况时指出：“台湾面积仅约为波多黎各的4倍，它怎能维持60万的武装部队呢？这完全靠蒋先生将大陆的黄金运台，才安定台湾官员的生活。没有蒋先生由大陆运台价值10亿美元的黄金，台湾的经济将被通货膨胀的洪流所淹没。”蒲立德所言大体不差，这批黄金对稳定台湾民心和国民党军心，以及后来的经济发展发挥了极其重要的作用。蒋经国亦曾对这批库存黄金的搬运经过有过如下披露：“当上海快要撤退的时候，父亲就派我们几个人到上海去，劝中央银行把库存的黄金全部搬运到台湾来。临行的时候，父亲又再三嘱咐我们‘千万要守秘密’，因为早已预料，李宗仁一定要以库存黄金作为‘和谈’的条件之一。后来这一批黄金很顺利地运到台湾了。政府在搬迁来台的初期，如果没有这批黄金来弥补，财政和经济情形早已不堪设想了。”又说：“库存黄金到达台湾之后，父亲又记起还有一箱国家的珠宝，存放在中央信托局，命令我们再赶到上海去，劝信托局把这一箱珠宝也运到台湾。”
蒋氏回忆的最后一个细节特别令人难忘，在如此艰危的情形中，蒋介石居然连一箱珠宝也记得清楚并挂然于心，可见他对这批立足之本的重视程度，真是考虑得细致入微。除把约10亿美元的黄金和银元连同蒋经国后来披露的当时不为外人所知的珍宝秘密运台外，根据国民政府训令，科学教育界能搬迁的人、财、物尽量搬迁，先以台湾大学为基地，而后慢慢站稳脚跟，以达“求生存、图发展”的目的。因台湾大学原校长庄长恭履任半年就携眷悄然向当局呈请辞职开溜，国民政府决定由傅斯年接任台大校长，着力经营关乎科学教育这一立国之本的重要基地。经蒋介石批准，朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅勉强表示从命，欲“跳这一个火坑”。
1948年11月10日晚，国民政府行政院长翁文灏以故宫博物院理事长身份，召集朱家骅、王世杰、杭立武、傅斯年、李济、徐森玉等故宫和中博两院理事在官邸举行谈话会，决定先把当年运往伦敦展览的500箱精品文物运往台湾，同时将中央研究院史语所、中央博物院筹备处、中央图书馆等机构的主要文物、图书一并运往台湾，并由朱家骅向蒋介石呈报，争取海军派军舰押运。
11月26日，在南京国民党中常会扩大会上，C.C。派骨干分子陈立夫等人猛烈攻击教育部长朱家骅镇压学潮不力，当场要其下台。朱氏心力交瘁、吐血病倒，但在胡适、傅斯年等人的强力支持下，仍咬牙苦撑，坚不去职。几天后，朱家骅从病床上爬起来，奉命召开“中央研究院在京人员谈话会”，由总干事萨本栋主持，分别召集在京的七个研究所负责人及相关人员参加。出席会议的有傅斯年、李济、陶孟和、姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章等，会议紧急商定了几条应对措施：立即停止各所的基建、扩建工程，原备木料全部制成木箱以备搬迁之需；各所尽快征询同人意见，做好迁台准备。眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量助其成；南京地区文物、图书、仪器、文卷等先行集中上海，由安全小组封存，伺机再南运台湾。会议之后，各所组织人员携公私物资陆续向上海撤退，“静观待变”。
于是，故宫博物院南京分院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所、外交部档案室等五机关联合组成统一机构，将所藏的珍贵文物、图书和历史档案、外交档卷等装箱运往台湾。本次迁运，由教育部次长、故宫博物院理事会秘书、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥。
待一切准备就绪，由蒋介石特批，海军司令部派来“中鼎”号运输舰与一个排的官兵协助装运。此时整个国统区已是人心惶惶，流言四起，慌乱无计，纷纷设法出逃。据当时参加装运的南京故宫博物院人员那志良回忆说：“海军部人员听说有船开往台湾，大家携家带眷带了行李，赶来搭便船，船上挤满了人。我们觉得对文物安全是有问题的，由杭立武先生找来海军司令桂永清解决这事。他上了船，百般劝慰，说另有船疏散眷属，他们才相继下船。”
此船共装运五家机构运来的古物、标本、仪器、历史档案、外交文书等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。这时的李济已辞却中央博物院筹备处主任之职，以故宫博物院理事与史语所考古组主任的身份担负这份重任。在搬迁之前，中共方面已得到消息，急派中共地下党员、李济的一个学生出面劝阻，但李并未听从，并告诉对方：“保护这批古物是我的职责，自卢沟桥事变之后，我已护送这批珍宝跋涉了大半个中国，终得以保全。现在我同样不能眼看着祖宗留下的国宝毁于战火。国共之战我管不了，但如果我能保全这批文物而撒手不管，是为不忠不孝，同样对不起后世子孙。”
眼看这位学生无力阻止，中共方面又转而找到倾向共产党的陶孟和对李济委婉相劝，李仍不买账，决定一意孤行，并对陶曰：“如果你陶孟老能保证这批古物不在战争中被毁，并有科学证据说服众人，同时能担当起这个责任，那我就放弃。”陶孟和当然拿不出科学证据，更不敢担当这份与江山社稷紧密相连的“国之重器”存亡之重责，于是乃罢。对此，李济以讥讽的口气说道：“你陶孟老不是也带人跑到上海的租界躲起来了吗，对于我们做的事又横加指责，这不是五十步笑百步吗？台湾与南京同为中国的领土，并不是外国人的领地，在整个大陆都笼罩在炮火中的非常时刻，中华民族的珍宝应该放到祖国领土最安全的地方去，这是人所共知的常理，陶孟老也不要揣着明白装糊涂，为自己在政治上做投机取巧的打算才是。何况《左传·宣公三年》周朝王孙满对楚子有言：‘成王定鼎盛于郏鄏，卜世三十，卜年七百，天命所也。周德虽衰，天命未改。鼎盛之轻重，未可问也！’中山先生缔造之伟大中华民国，还没有到玉石俱焚的时候。”陶孟和听罢，感到自己也不过是这个战乱年代的一叶漂萍而已，打算固然有，但人微言轻，哪里能阻止得了如此重大的事宜？遂不再强劝和阻拦。
1948年12月20日，满载国之重宝的“中鼎”号军舰拔锚起程，由上海进入激流汹涌的台湾海峡，向陌生、神秘的基隆港驶去。在行程中，因“船是平底的，遇到风浪，船摇摇摆摆，颠簸不定，船上的箱子又没捆好，船向左倾，箱子便滑到左边来，向右倾斜，箱子又滑到右边去了，隆隆之声，不绝于耳。海军司令又托船长带了一条狗。它又在那里不住地狂吠，加以风声、涛声，这些押运人员直觉得是世界末日要到了”。军舰在大海里颠簸了一个星期，直到27日才到达基隆港。后来，据随李济押运的那志良听中央图书馆馆长蒋复璁说：“在古物装上船后，又传来几天前在海峡，海浪打沉一条船的消息，许多老友劝李济不要跟船走，李回答说，物在人在，免得子孙唾骂千年。从南京到基隆，文物安全抵达，老先生也差点瘫倒，其精神压力之大可想而知。”
由于前方战事吃紧，海军一时无船可派，第二批运输珍物包租了一艘招商局的海沪轮，该船船舱较大，仅史语所的古物、资料就装载了934箱。1949年1月6日海沪轮拔锚起航，仅三天即到达基隆。
第三批是海军部派来的一艘“昆仑”号运输舰，当古物装载时，海军部的人员眷属拖儿带女呼呼隆隆地拥向船舱抢占座位。杭立武仍用老办法请出海军司令桂永清前来劝阻。此时国民党军战事更为不利，人心越发焦灼慌乱。那志良说：当桂永清命令众人下船时，“大家都哭了，希望老长官原谅他们，帮他们的忙。那种凄惨的样子，使得总司令也落了泪。他没有办法可想，只有准许他们随船去了”。
该舰自1949年1月29日开出，直到2月22日才抵达基隆港。至此，五家机构共4286箱古物、资料、珍贵图书、档案等全部运完，无一件损坏。故宫博物院南京分院运去的珍贵文物就多达2972箱，这批文物后来存放于台北故宫博物院。而史语所仅“内阁大库”档案就多达311914卷（册），其中明代档案3000多卷（件）。这批珍宝与其他文物先借放于台北杨梅铁路局仓库，后转南港史语所办公大楼资料库永久保存。
就在五家机构的古物、图书、档案等仓皇运台的同时，翁文灏见国民党大势已去，遂决定独自开溜，于1948年11月26日辞行政院长职，由孙科继任并重新组阁。混乱中，原决定中央研究院各所人员全部迁台的计划竟没有几人响应，多数人员仍要在南京、上海“静观待变”。陶孟和等人则明确反对迁台，坚持要留在大陆，静候共产党军队到来接收。11月30日，陶孟和参加在京人员谈话会时，见不可一世的国民党大佬与一群公公婆婆即将倒下，感到自己终于可以吐一口恶气，倒一倒若干年来肚中的苦水了。遂腰杆子突然硬将了起来，毫不客气地对朱家骅说：“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归。”
12月9日，面对朱家骅的催促，陶氏以所务会已开过，“全所人员多一票”决定不迁回复。朱氏听罢又急又怒，当场以“出席人员中包括助理研究员，不符合规定”为理由，强行令全所搬迁，但陶却置之不理，并以各种办法拖延。面对朱家骅步步进逼，陶孟和给社会学所的同仁打气说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”意思是你们这些小的们不要怕，一切事由我这棵大树顶着。1949年5月，竺可桢由杭州潜往上海，听任鸿隽、陈衡哲夫妇说：“陶孟和颇赞成共产，近来大发议论，于首都陷落前赴京……”
此时的陶孟和决心拉着手下弟兄离开即将崩盘的梁山泊聚义厅，弃暗投明，接受新一轮招安，因而朱家骅的一切努力皆成徒劳。
在中央研究院各研究所中，只有傅斯年主持的史语所在迁台事宜上表现得较为积极，但真要离开生于斯、长于斯的家园，其彷徨、犹豫、痛苦也在心头萦绕不去。据陈槃回忆：“当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师（傅斯年）因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”陈氏之说后来得到了俞大綵的证实。当时俞正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅孟博暗中劝俞不要离开，俞大綵说：“那时我的母亲患严重心脏病住院，大姐大絪，以南京危在旦夕，决奉母先飞广州，转香港就医，她要我同行，与她共同随机照顾病母。我虑及孟真旧病复发，加以他感时忧国，情绪极劣。母亲重病在身，长途飞行，极感忧虑，左右为难，不知何所适从，商之于孟真。他毫不迟疑地说‘你母亲病情严重，此行如有不测，你未能尽孝，将遗恨终生。你非去不可，不要顾虑我。’我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眼药，一旦匪军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”
陈槃的回忆当是可信的，与傅氏一度友善的北大教授、汪伪国民党中央常委兼宣传部长、1941年后为蒋介石侍从室秘书、《中央日报》总主笔陶希圣，也曾有过类似的回忆。陶说：“在徐蚌战事失利之后，我到鸡鸣寺去看孟真；历史语言研究所的图书都在装箱，他的办公房内也是箱箧纵横。他告诉我说：‘现在没有话说，准备一死。’他随手的小箧里面藏着大量的安眠药片。”
傅斯年之所以没有自杀，除了夫人看护有加，与傅本人心中牵挂着史语所同仁和他的故朋亲友亦有极大关系，也正是这一条若隐若现的锁链，最终拴住了他的心并延长了其生命。对此，陈槃还有一段关于傅斯年和中央研究院史语所人员赴台内幕研究中绝对不可忽视的记录：
自三十七年冬，首都告急，群情惶急，不知何以为计。
一日，师［傅斯年］召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣！余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁入适当地区，使国家学术中心维持得 以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽最大努力，妥为介绍安置。”
同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。
师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”
本所迁移之议，于是遂决。
陈氏之说当属事实，但似乎又令人联想起古代坊间小说的某些情节。傅斯年在赴延安会见毛泽东时，谓对方“对于坊间各种小说，连低级兴趣的小说在内，都看得非常之熟。毛泽东从这些材料里去研究民众心理，去利用民众心理的弱点，所以至多不过宋江一流”。其实傅的这段讲演也颇具梁山好汉们特别是宋江之流惯用的伎俩，具有典型的利用民众心理来达到目的的戏剧性效果，想来傅斯年是同样深谙《水浒》等坊间小说精髓的。或许此时的他并未想到利用和欺骗，而是把他的真心诚意借用这一古典戏剧性手法加以表达也未可知，无论如何，他的目的是达到了。全所大部分人员开始于惶恐纷乱中，携妻带子紧急逃亡台湾海峡另一边的孤岛，只有吴定良、夏鼐、郭宝钧、逯钦立等少数人留了下来。
迁台经过是慌乱复杂的，而最终得以成行，除了傅斯年一手造就的史语所具有曾国藩缔造的湘军“兵随将转”的政治格局和习性，促成该所大部人员出逃的原因还有一个意外插曲，这就是济南城被共产党军队攻陷后，山东图书馆馆长王献唐被扫地出门，流浪街头。王氏在学术界属于德高望重的前辈，抗战期间流亡李庄达四年之久，与史语所同仁建立了深厚的感情。闻知这位学界耆老的悲惨际遇，众人在潸然泪下的同时，也联想到了自己日后的命运，遂下决心离开即将被共产党占领的大陆，像当年的徐福桴海东渡一样出走台湾。当史语所一行人登上轮船，心怀凄凉之境，在风高浪激的台湾海峡动荡颠簸时，傅斯年没有离去，仍继续留在南京，担负起抢救学界名宿硕儒奔赴台湾孤岛的重大使命。