1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字作为留念。尚以齐鲁之士自居和自豪的傅斯年，挥毫写下了“归骨于田横之岛”短幅相赠。众人见之，顿生凄怆之感，更想不到竟一语成谶。抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入台大的兴建改革之中。
台湾大学的前身为台北帝国大学，是日本在中日甲午海战之后，强占台湾并于1928年创建的一所综合性大学。1945年抗日战争胜利，台湾重新回归中国。当时国民政府派中央研究院植物研究所所长罗宗洛赴台接管该校，并改名为“国立台湾大学”，罗任校长。此时的台大经济拮据，举步维艰，刚上任的罗宗洛大有乱杆子扑头——痛中带晕之感，于是很快挂冠回沪，专任他的植物研究所所长去了。此后国民政府又相继委派中央大学教授陆志鸿和北平研究院研究员庄长恭出任台大校长，此二人又都因地方长官的冷漠和校内种种困难而辞职。当傅斯年执掌台大时，已是抗战胜利之后第四任校长，而这个时候正是国民党大撤退，台湾地区大动荡、大混乱、大失控时期。学校内部房舍狭小，经费奇缺，校务混乱，学潮迭起。再加上一百多万从大陆撤退的国民党政府军政人员及家眷蜂拥而至，要求入学就读者骤然增加。原在“台北帝大”时代只有几百人的校舍，根本无法容纳狂潮一样汹涌而来的学生，一旦权要显贵人物的子女亲属有人学者稍不如愿，高官大员们便凭借手中权力横生枝节，给学校当局制造麻烦甚至灾难。傅斯年接手后仍是这种令人激愤和无奈的局面。在“台北帝大”时代，学生大都是富家子弟，全部走读，学校不设宿舍。傅斯年执掌台大后，本着“决不让任何学生因经济拮据而丧失他的学业”的办学宗旨，不论学生出身贫富，一律按招考标准予以录取，从而使贫苦人家的孩子得有入学就读的机会。经此嬗变，出身贫穷且远离家乡的学生不断增多，台大的师资力量更显得异常奇缺。尽管在撤离大陆时，朱家骅、傅斯年对这一问题有前瞻性考虑和准备，无奈被“抢救”到台湾的学人实在太少，著名的教授只有沈刚伯、钱思亮、毛子水、郑通和、余又荪、台静农、姚从吾、王国华、东方美、夏德义、李宗侗、英千里、杨树人、潘贯、萨孟武、杜聪明、彭九生、陈振铎等三十几人，显然无法填补大多数学科一流坐椅的空白。所幸的是“中央研究院史语所”大部分人员与数学所几位精英迁往台湾，才算把台大各院系勉强充实起来。如史语所抵台的李济、董作宾、凌纯声、芮逸夫、石璋如、劳榦、高去寻、屈万里，连同晚一辈的陈槃、王叔岷、严耕望、周法高等年轻学者，皆应聘到该校兼课。因了这些条件，台大的师资力量才有所改观。
当然，此时的傅斯年一直没有忘记继续拉拢大陆学人赴台。据留在北大的邓广铭说：傅氏做了台湾大学校长，“此后便经常以朱家骅的名义给北大郑天挺先生打电报，号召北大教授到台湾大学去任教，有时也指名道姓，说要某某人去。记得点过张政烺先生的名，也点过我的名。当时郑先生问我去不去，我说，要论和傅先生的师生关系，我应该响应他的号召，到台湾去。不过，傅先生与蒋介石关系密切，所以跟他去。我与蒋介石没有什么关系，不愿跟他到那孤岛上去。我还和别人开玩笑说，如今国民党的军队是不战、不和、不守，我的态度是不死、不降、不走。我没有做过蒋介石的官，和国民党没任何关系，用不着为他们尽节殉死。我和共产党没仇恨，我在大学教书，人民政府是否让我继续教下去，当然还很难说，但这并不是一个投降不投降的问题。我不跟傅先生去，也不跟国民党走，决意留在北京大学”。邓是北大历史系学生，与傅斯年的侄子傅乐焕既是同班同学又是好友，深得傅的赏识。邓毕业后受傅的邀请赴昆明和李庄出任北京大学文科研究所助教，其间一直受傅的提携。两年后，邓广铭离开李庄，受傅斯年之荐任复旦大学副教授，抗战胜利后随傅到北大出任校长室不挂名的秘书，直到胡适接掌北大仍任此职。再后来转入北大史学系任副教授、教授，并一度出任过历史系主任，算是与北大瓜葛较深的一人。
邓氏所说，是1949年初期事，直到1950年年初，傅斯年一直未放松努力，像北京方面的郑天挺、罗常培、向达、汤用彤、冯友兰、饶毓泰、叶企孙、曾昭抡、钱三强、周一良、沈从文，特别是在南京停留了一宿就由上海转往岭南大学的陈寅恪，多次受到傅的邀请，只是受邀者出于多方面考虑未作响应，仍留在大陆“静观待变”，或躺在床上打着自己的算盘，做着“走进新生活”的美梦。据当年北大文科研究所研究生、后来成为哲学家的任继愈在谈到郑天挺去留问题的一个片断中说：“郑先生接受我们党的指示精神，坚守岗位，安心迎接解放，北大的绝大多数教授在党的影响下没有南逃。当时的一些高级知识分子，虽说不上对共产党有多少了解，但对国民党几十年来的日暮途穷，倒行逆施，毫无希望，是十分清楚的。有一次有事到办公室，正遇上有位清华大学教授和他通电话，问他走不走。郑先生用安详稳定的口气，慢条斯理地说：‘不——走。’胡适在南京天天盼北平来的飞机，离开北平最后一架飞机，胡亲自去飞机场迎接。只接到北大一位历史系的教授毛子水。这个人与国民党特务头子戴笠是好朋友，他心虚，仓皇逃走了。郑先生把北京大学的物资、档案，完整地移交到人民手中。旧北大从此结束，新北大从此开始。”
任氏所言郑天挺答复清华教授“不走”二字应是事实，就郑当时的地位和条件，假若要走，自然是近水楼台先得“机”，但他还是留下了，其中的原因固然复杂，但最后留下来当是郑天挺的本意。至于说到胡适接机与毛子水出逃外加一个特务头子戴笠等人事纠葛，似是一部反谍电影故事，可惜与事实相去甚远。当时欲南飞的人员多多，只要回顾一下“中鼎”号军舰向台湾运送故宫与史语所等机构的国宝时，各色人等争相登船并令百感交集的海军总司令桂永清泪水涟涟一幕即可推知，更从梅贻琦出走以及与学院派教授有明显区别的戏剧理论家、梅兰芳好友齐如山的出走亦可见出当时的紧迫慌乱情形。
就在海峡两岸纷乱动荡的特定历史阶段，还有一些不为人知的明争暗斗和黑幕，据说当时傅斯年很想邀请哲学名家朱光潜到台大任教，但他手下的文学院长沈刚伯生怕朱到台后，对自己的地位形成威胁，暗中作梗，把邀请信息暗中压下，秘而不宣，直到大陆完全解放，朱才得到消息。按朱后来的说法他没有去台之意，但就当时的情形，纵然想抽身起程已无能为力矣。
当时拒绝傅氏敦请赴台而坚持留在大陆的知识分子，除大部分坚守北平、南京、上海等中心城市外，尚有一少部分转赴偏远的岭南、广西和长白山等一带大学任教。逯钦立算是这类学人的一个代表。
1946年晚秋，李庄姑娘罗筱蕖随夫君逯钦立携怀中的幼子，在亲友的泪光里作别故乡，辗转来到了南京，与中央研究院史语所同仁一道在废墟上再造家园，构筑未来的辉煌梦想。1948年年底，当国民党军溃败，江山撼摇，傅斯年来回奔波，竭力动员史语所同仁迁台之时，作为新生代学者队伍精锐的逯钦立自是在被动员之列。只是，出乎傅斯年意料，逯、罗夫妇却犹豫不决，个中原因除了对国民党没有好感，更多的是不忍远离故土，再加上当时夫妇二人已有3个孩子，且与逯的母亲在一起生活，怕到台湾这座孤岛之后生活无以为计，当时盛传到台湾的人只靠吃香蕉皮度日，故拖延下来。正在这时，罗筱蕖收到了她的五哥、中共地下党员罗叔谐自家乡发来的书信，谓“盼了那么多年的解放，临解放又要离开大陆，你们都不是国民党员，不要随他们去殉葬”云云，劝其留下。逯、罗夫妇认为此说有理，决心不去台湾，此举令傅斯年大为不快。
傅斯年与逯钦立属于相隔不远的鲁西小同乡，傅又是师辈人物，对忠厚聪明的逯氏甚有好感，加上他又是逯、罗婚配的媒人，尽管心中怀有不快与不甘，但也无可奈何。据罗筱蕖回忆：“当最后一次傅先生来我们住处劝说时，知道我们留意甚坚，眼睛都红了，泪在眼眶中打转，好像马上就要溢出来。他站起身对逯君说：‘你们都不愿同我下火海，只好我自己去跳了。但筱蕖是我从李庄带出来的，我要对她负责。’遂表示愿意介绍逯钦立到当时尚算安静的广西大学任教。”该大学的校长陈建修是北大老教授，与傅斯年友善，逯钦立夫妇接受了傅的好意，于这年初冬携家带口离开南京抵达桂林。
罗筱蕖的这一说法后来得到了台湾“中央研究院”史语所研究员王汎森的证实，王撰文说：“1948年秋，因为政治上的歧见，逯钦立转赴广西大学中文系任教。”南京一别，成为逯氏夫妇与傅斯年及史语所同仁的最后一面。
1949年秋，西南战局紧张，国民政府大厦将倾，设在桂林的广西大学陷入空前混乱，校领导人与大部分教授纷纷逃往香港躲避。在国民党彻底崩溃的前夜，傅斯年怀着最后一线希望，再度致函逯钦立，劝其出走桂林，随史语所最后一批人员迁台，并寄来了旅费与三个月的薪水。当年嫁给史语所工作人员的几位李庄姑娘如张素萓、张彦云等，此时都已随夫渡过了台湾海峡，而跟董作宾见习的李庄籍青年刘渊临也已迁往台湾，罗筱蕖成为从李庄走出的史语所人员、家眷中唯一一个未成行者，傅斯年信函是历史赋予她的最后一次赴台机会。但经过思考权衡，逯、罗还是没有成行。
1949年11月，桂林被解放军攻陷，受中共地下党指示，逯钦立等少数几位没有逃亡的教授出面维持广西大学校园秩序，并坚持为学生开课。逯在军管会和中共代表的领导下，参加了全校接管工作并被任命为中文系教授、负责人。1951年，逯被选为桂林市人民代表。同年10月，根据中共的号召以及随之展开的对科教队伍调整政策，逯、罗夫妇被调入长春东北师范大学，逯被聘为中文系教授，后出任古典文学教研室主任。罗筱蕖在教材科图书馆工作。自此，夫妇二人开始了悲欣交集的人生之旅。而一直盼望他们赴台的傅斯年，此时早已气绝身亡，归骨于田横之岛了。