曾昭燏禀承和坚持的独身主义，可谓生逢其时，但又并不得意。在一个纷乱并渐渐失去理智的社会里，她所得到的不是心灵的安静与快慰，相反的却是沉滓泛起的鼓噪与不怀好意的流言甚至毒箭。面对内心的苦痛，她只好躲到无人处，或像鲁迅所说自己痛苦时索性躺在荒山里，在草莽中，舔着自己的伤口。但这个躲时避世的方法，仍无法使她的伤口愈合，无休止的思想改造运动一直伴随着她形影不离，且逼迫其走出荒野直面酷烈的人生苦痛。湘乡荷叶塘曾氏家族从前是一种荣耀的世家身份，而如今已完全变成一座压在自己头顶上推之难去、避之不及的大山，随着改天换地的时势巨变与政治风浪兴起，曾家和太平天国在南京的陈年旧事，于新的历史交叉点上又阴阳差错地再度掀动起来——尽管矛头指向的是“汉奸、刽子手曾国藩”，而没有指向原本无辜的曾昭燏。1949年底，国共两党彻底翻盘，江山易主后，整个大陆掀起了一股歌颂农民造反的热潮，鼓吹社会的进步是农民战争直接作用的结果。一些政客文人见风使舵，很快把精力集中到农民造反与革命的主题上来，借题发挥，兴风作浪。在这一历史背景下，南京市开始筹备太平天国起义百年纪念会并筹建纪念馆，而已是太平天国史研究专家的罗尔纲奉命与文物考古人员，在太平军当年活动的主要区域南京、上海、苏州、无锡、绍兴等地收集、鉴定有关太平天国史料，并为即将举行的大规模展览作准备。在搜集史料过程中，发现了许多与太平天国相关的遗迹和文物。1952年，在南京堂子街72号、74号住宅，发现了疑似太平天国壁画的东西。这年12月7日，罗尔纲邀请曾昭燏、潘菽、胡小石等文物专家前往堂子街实际勘察并确定为原物。曾昭燏事后执笔撰写了《南京堂子街太平天国某王府遗址调查报告》一文刊布。随后几年间，大量太平天国史料陆续被发现，据罗尔纲在1954年底批判胡适运动时所说，除了具有头等的人民艺术价值的太平天国壁画，另有“苏州忠王府的建筑经过鉴定了，太平天国结婚证书在绍兴发现了，天朝元勋曾水源的墓在南京发现了，太平天国实行耕者有其田的政策也得到文献证实了，在解放前我所见太平天国文献不到四百种，现在已发现了一千二百多种了，这一切的一切，使我深切地体会到党和政府领导的无比正确”。
就在罗尔纲于全国政协大会上颇为得意自豪地说这个话的时候，当年随他一道前往堂子街鉴定壁画的曾昭燏，对政治始终保持高度警觉，如同躲在窝中受惊的野兔，一有风吹草动便迅速拿出相应的脱险对策，在太平天国问题上也是如此，否则就落入圈套。据后来一度担任过南京博物院院长的梁白泉说“上边每有个什么运动，她（曾昭燏）总是闻风而动”，当批判胡适唯心主义思想兴起时，她又“闻风而动”，立即把胡适当年亲自题名赠与她的一部印刷精美的《胡适文存》从箱底翻出来交给了“组织”。梁白泉此言，意在表达曾昭燏对党的忠诚和对政治运动的热情，但观其后来的言行，便可知这个“闻风而动”实是一种表象，内在的真相则是隐含着曾氏内心的恐惧与自保策略的无奈之举。
曾昭燏与胡适的交往并不多，由于她与其兄曾昭抡，以及陈寅恪、俞大维、傅斯年等学界名流和军政要人等亲友保持着千丝万缕的联系，与胡适相识进而相知则是自然和顺理成章的事情。
1948年冬，国民党在淮海战场上节节失利，大批伤兵空运到南京，一部分进驻中央博物院筹备处陈列室治疗养伤，搞得整个博物院乌烟瘴气。曾昭燏对此大为不满，在劝说无效的情形下，致函北大教授、著名敦煌文物专家王重民，恳请王氏向时任北京大学校长，也是中央博物院理事的胡适反映。王在12月2日致胡适信中说：“曾昭燏女士来信，说最高（当局）命令中央博物院古物集中，空出房子住荣誉军人，明知先生爱莫能助，但她愿重民转告先生。”由这封信可见曾氏对胡的敬重和仰仗之情。当江山易主，“批胡”与“倒胡”运动山雨欲来时，已成惊弓之鸟的曾昭燏以一套《胡适文存》仓皇应对，于危急中不失体面地蒙混过关，实属无奈中的一个对策。眼看批胡的高潮大幕在全国拉开并逐渐升级，众多文化学术界人士或被迫、或自愿地在报刊电台对着镜子喊王八——既骂胡适的幽灵又骂自己，丧心病狂地歪曲事实并对胡适的影子一顿刀砍斧剁。深受儒家文化熏陶并具有西方教会学校背景的曾昭燏，在表面积极响应的同时，内心的文化良知与道德规范又使她作着脱逃溜滑的准备。当“组织”派出官员挟“运动”之威到南京博物院下达批胡任务时，作为一院之长的曾昭燏只是召集全院人员开会传达指示，让众人现场声讨，会散之后便偃旗息鼓，未再鼓动群众撰写批斗文章在院内张贴和报刊发表，更未亲自出头露面对胡适展开口诛笔伐。当“组织”派人令其书写文章在报上发表，以彰显本省文化思想界对运动的态度和批胡业绩时，曾氏以“与胡适交往不深”为由作了坚决的拒绝。
许多年后，南京博物院研究员陆建芳认为，曾昭燏这个冒有极大政治风险的做法和抉择，除了对胡适的友情和学问人格的认可，更深层次的原因是对胡氏一贯倡导客观看待太平天国，亦即客观对待曾国藩与湘军历史功绩的感激。其说是否属实，尚可探讨，但无论如何，曾昭燏没有卷入这一运动的旋涡，算是她本人和身悬大洋那边的胡适都值得欣慰的一件幸事。然而，所幸之中的不幸是，此时曾国藩已被当局定性为“镇压农民起义的汉奸、刽子手”。而学术界忽传有海外新印《李秀成供状》问世。未久，随着这份《供状》进入大陆，以及罗尔纲对李秀成言行进行颠覆性重新评价和戚本禹的再颠覆，以曾昭燏为代表的曾国藩家族留在大陆的子孙，再度陷入了难堪和痛苦境地。
《李秀成供状》所涉及的内容，是一个在朝野流传了百年的悬案，即太平天国城陷之日，曾国藩在天京匆匆处死太平军将领、忠王李秀成的一段隐情秘事。
在处死之前，曾国潘曾命李秀成写了一份口供，而后将李之供词抄录，一面上报清廷军机处，“以备查考”；一面在安庆刻印公开，题作《李秀成供》，亦有作《克复金陵贼党供招》者，原稿藏于湘乡荷叶塘曾家老宅秘而不宣。
随着太平天国灰飞烟灭以及与其对立的大清王朝灭亡，此事本来告一段落。想不到民国建立之后，另一批农民造反起事和革命口号又兴行起来，洪杨之乱开始被一些人拿来作为革命的先驱和样板加以鼓吹仿效。于是，一股太平天国史研究热潮在军阀混战、枪炮隆隆的中国大地悄然升起。据罗尔纲说：“在抗日战争前，著名历史考据学者陈寅恪先生，得看过《李秀成自述原稿》，他对人说曾国藩不肯把它公布，必有不可告人之隐。其实，何止曾国藩不肯公布，曾家后人也同样不肯公布。明清史专家孟森先生于1936年6月，为北京大学影印《李秀成供》作序，曾以委婉的言辞向曾家后人提了意见，希望他们及时发表原供。孟森的话可说是代表当时社会上对曾家收藏《李秀成自述原稿》不肯公布的舆论，可是曾家后人并不理会。1944年，曾国藩的曾孙曾昭桦因在广西工作的关系，经过家庭会议才勉强答应广西通志馆派人前往抄录。后来那个抄本和十多张照片，一再排印和影印出版。”
罗尔纲所说前往湘乡荷叶塘曾家抄录《李秀成供》的人，是广西通志馆秘书吕集义，吕氏根据流传本与曾氏家藏秘本两相对勘，补抄下了流传本被曾国藩删除的五千六百余字，并摄影16页返回广西。经罗尔纲鉴定、研究，确定曾氏秘本属于真品，被删内容正是对曾国藩和湘军极其不利的语句。1951年，罗尔纲《忠王李秀成自传原稿笺证》一书由开明书店出版，书中提出了李秀成伪降说，认为忠王此举意在效仿蜀汉大将姜维伪降钟会故智，以图恢复太平天国大业。1957年，该书增订本依然持“伪降”说。就在罗氏的观点如羊群里窜出一头叫驴般在学术界和社会上引起鸣响之时，却遭到部分学者的阻击。1959年，史家赵矢元指出，李秀成“承认太平天国革命已经失败，消失了对革命前途的信心，要求曾国藩招降他的部众，这也是应该承认的”。此后，史家苑书义认为李秀成在生命最后十几天的言行，是对革命前途丧失信心和对封建势力产生幻想的表现，其性质是“妥协投降”。
对于“假降”和“真降”两种不同的观点，各路学者与政客纷纷撰文表态，臧否不一。同时，曾国藩当年是否涂改删节、毁灭了李秀成供词的问题，也一并成为史学界争论的热点。
就在史学界围绕以上问题争得不可开交之际，1962年，忽然传来消息，台北世界书局影印出版了原藏于湘乡荷叶塘曾氏家族的秘本《李秀成供》，题签《李秀成亲供手迹》。这一讳莫如深的秘本，据说是曾约农于1949年离开大陆时，秘密携往台湾的。曾约农与其姊曾宝荪一起离开大陆后由香港转赴台湾定居，继续从事教育工作。临走之前，他们带走了部分湘乡“福厚堂”曾国藩的藏书，其中就有这部对考证太平天国具有重大史料价值的秘藏本《李秀成供》。
《李秀成供》出版的消息在大陆政学两界引起震动，有关方面很快派人通过香港购得此本鉴定。这个影印本清晰地保留着曾国藩等人用朱笔、墨笔进行删改的痕迹，篇幅比曾国藩当年的安庆刻本多出九千余字。经过多方鉴定，影印本为《李秀成供》的真本内容无疑。全本七十四页，全页写满，最末一页最后一句话是“实我不知也，如知”，全篇结束。
从写满的页码和书写的规律来看，李秀成的话似未讲完，下面应有延续，至少要把“如知”这句话讲完。何以成为影印本的现状呢？这意味着李秀成最后一部分供词一定包含着更深的隐秘，或者对曾氏来说极不利的话语。为怕暴露于世，曾国藩或曾家后人便有意把最后一部分撕去销毁了。至于这个真本为何要在此时印出，据罗尔纲推断，因当时广西通志馆抄录本已在社会上广为流传，“这才追使曾家后人不得不把原稿影印公布”。
台湾影印本《李秀成亲供手迹》传入大陆不久，罗尔纲再度提出李秀成“假降”说，一时得到众多学者的呼应，罗氏对李秀成这一颠覆性评价，眼看就要成为不可撼动的铁案，除报刊电台予以呼应外，一些表现李秀成被俘后宁死不屈，图谋东山再起的戏剧也纷纷出笼，在全国各地上演。令罗尔纲和他的拥护者想不到的是，一只更加骄悍的黑马又从羊群中鸣叫着窜出，此人便是号称史学界“新锐”的戚本禹。年轻气盛的戚本禹在题为《评李秀成自述——并与罗尔纲、梁枯庐、吕集义等先生的商榷》一文中，对罗尔纲等人的评价再次进行了颠覆。文章说：“太平天国后期的重要将领忠王李秀成，在1864年7月22日被曾国藩的军队俘虏了。他在敌人的囚笼里写了一个自述。这个自述，从它的史料价值来看，无疑是极其珍贵的；但是，从它的根本立场来看，却是一个背叛太平天国革命事业的‘自白书’。”最后的结论是：忠王不“忠”，李秀成是叛徒，并“认贼作父”。
戚文一经发表，在史学界引起了一场更大的震动和争论，各色人物纷纷表达不同看法，致使争论呈越演越烈之势，最后演化成文化思想界最高层的一场角逐。当年被鲁迅指斥为“四条汉子”之一，此时掌控中央宣传部的周扬，对戚文观点予以否定。但自称文艺界“流动哨兵”的江青出于政治目的适时跳将出来，明确指出周扬等人的观点是错误的。正官场得意且不明就里的周氏及其一帮大小喽啰表示不服，双方你来我往地交起手来。江青一看自己的威力不足以制伏周扬等辈，将戚本禹的文章送给毛泽东审阅。毛读了戚文和《忠王李秀成自述》原稿影印本后，作了如下批示：“白纸黑字，铁证如山，晚节不忠，不足为训。”随着这十六字手谕的传达，江青握到了尚方宝剑，寒光闪过，周扬等几条汉子于亢奋中勃起的头颅当场蔫了，角逐的大幕轰然落下，李秀成被定性为“忠王不忠”。
既然大势已定，明白过来的周扬急转航舵，迅速指示中宣部给各地打电话，发布通令：今后凡是歌颂李秀成的文章和戏剧，不要发表和演出。于是，正在上演的话剧《李秀成》被封杀。而竭力主张李秀成“假降”、忠王还“忠”的罗尔纲等人，自然地成了站在革命对立面的人物，被扣上“叛徒李秀成辩护士”的帽子加以整肃。一时间，文化思想领域又掀起了一个批判李秀成运动。在这个运动中，洪秀全成为一个完美无缺的革命的农民领袖；杨秀清定性为“野心家”；韦昌辉为“阶级异己分子”；石达开为“分裂主义者”；李秀成为不折不扣的“叛徒”。整个太平天国的重要人物可谓红脸、黑脸、花脸、白脸各有所得，各得其所了。
就在太平天国历史随着政治形势的变化颠来倒去，主要人物头上的“钢盔”不断变换的十余年间，蹲在南京博物院的曾昭燏，以一种复杂的心境密切关注外界的一举一动。只是不管洪秀全、杨秀清、韦昌辉、石达开，特别是争议最大的李秀成头上的“钢盔”如何变化，作为镇压太平天国的“汉奸、刽子手曾国藩”的黑色“钢盔”则无人为之更换。不但没有更换，随着《李秀成供》的争论与台湾影印本的出现，一种有形无形的压力向整个曾氏家族袭来。一直对曾家后人迟迟不肯交出《李秀成供》真本大为不满的文化学术界人士，对留在大陆的曾氏家族人员未能保住这一珍贵的历史文献，却让一个曾约农偷偷携往台湾并且于国民党掌控的出版机构出版发行，更是满腔恼怒，强烈怀疑曾国藩本人与其后人的险恶用心。这种愤怒和怀疑十几年之后仍不能从心中消失，正如罗尔纲后来所说：“曾国藩为什么不肯公布《李秀成自述原稿》交给清廷呢？这就是陈寅恪先生所说的‘不可告人之隐’。‘不可告人之隐’是什么呢？就是我们上面所举曾国藩那些欺骗清廷、损人利己和把现存原稿七十四页以后毁灭的秘密。”罗氏的激愤之词，代表了学术界多数人的态度，曾一度影响了最高当局并引起部分领导者的不快，红极一时的史学家范文澜也随声唱合，撰文声称曾国藩是地地道道的反革命分子和汉奸刽子手。在如此的政治形势和语境下，身在文化、文物界且主掌一个国家级大型博物院的曾昭燏自是百感交集，痛苦不堪又不能公开言说，只有私下向要好的友人诉说心中的苦闷。有一天，曾氏满面悲愤地对南京大学历史系主任贺昌群说：“范文澜说的‘汉奸刽子手曾国藩’，怎么也想不通；说他是镇压太平天国的刽子手，是不错的；但说他是汉奸，我们曾家绝不能接受，因为这不是事实。”
1963年春，曾昭燏借到南方出差之机专程到中山大学拜访了陈寅恪，就台湾影印本《李秀成亲供手迹》一事与陈氏进行了密谈。所谈内容和计谋的应变之策外人不得而知，可以想象的是，话题自然涉及曾国藩、湘军与太平军等陈年旧事。当曾昭燏说到欲购海外新印太平军将领李秀成供状等事宜时，陈寅恪也一定为自己祖辈与曾家三世之交，以及祖父陈宝箴在为曾国藩幕僚期间曾施计活擒幼主洪天贵福之事，于心头涌出一种白云苍狗，沧海桑田，聚散无常的感触。
当年曾国藩特别赏识俞樾“花落春仍在”的诗意，如今是落花流水春去也，寒风苦雨中，已是英雄迟暮，美人白头，只有“我自无语向天行”了。就在曾昭燏访问的当日，陈寅恪于怆怀哀愁中赋诗一首：
银海光销雪满颠，重逢膑足倍凄然。
涧瀍洛下犹馀地，韦杜城南莫问天。
雄信谳词传旧本，昆明灰劫话新烟。
论交三世无穷意，吐向医窗病榻边。
因陈诗向来以隐晦艰涩著称，又有一套独特的密码系统，后来的释家虽破释了涧瀍，指涧水、瀍水，皆流经洛阳注入洛水，后泛指洛阳，而此处的洛阳又喻指曾昭燏所在的南京，以及“单雄信为王世充的将领与李世民为敌，而李秀成作为太平天国的将领与曾国藩为敌”、“谳词，犯人供词，此句扣紧诗题所指的《李秀成亲供手迹》”等诗句的喻意，但仍难读懂和全面破译陈诗中隐含的密码。随着曾昭燏与陈寅恪先后谢世，二人的谈话内容更不为外界所知。稍能透露曾昭燏在批判李秀成运动中内心活动与应变之策的，是1964年曾氏所作《读李秀成自述手迹》诗两首：
一火金陵万屋墟，焚身犹欲救池鱼。
百年心事分明在，试读名王自白书。
万家春树感深思，巷哭江南尽泪痕。
身后是非谁省识，欲从遗墨共招魂。
又：
旷代功勋旷代才，擎天高柱复危榱。
缘何一着差终局，百战英名付劫灰。
鸿毛岱岳须臾事，取舍分明是丈夫。
寄语世人须着意，亲仇有界莫模糊。
诗中的“缘何一着差终局，百战英名付劫灰”句，当是曾昭燏紧跟形势，对已定调的“叛徒”李秀成，因最后十几天“投降变节”而使一世英名付于劫灰的扼腕叹息。最后两句当是警告活着的人，对轻如鸿毛与重如泰山这般人生大事，一定要想好、想开了，不要稀里糊涂地亲家与仇寇不分，把本是狗熊一样的反革命分子当成革命的英雄，或像罗尔纲最初称颂的“反革命的英雄”来对待。特别是最后半句，既是痛惜李秀成“认贼作父”，不该乞降于“伪君子”“反动刽子手”曾国藩，同时旗帜鲜明地宣示自己爱憎分明，界线清晰，坚决与罗尔纲所一口咬定的“中国近代史上第一个反革命的巨魁”曾国藩决裂。
当曾昭燏独自趴在南京博物院一间空寂的屋子里写下这首诗的时候，正是李秀成遇难一百周年。曾氏这首在严酷的政治压力和为自保而苦心孤诣吟出的诗行，与一百年前李秀成身陷囹圄时的“供状”对比，自是令人怅然太息。而这个时候，离曾昭燏身死灵谷塔还有不足一年的时间。