就在柳州沦陷之时，骄悍的日军一部北进贵州，进攻黔南重镇独山，威胁贵阳，震动重庆，世界各方的焦点都骤然投向远东战场上的核心——中国大陆东南地区。中外许多军事战略家和观察家指出：由于长江三峡的险峻与沿途布置、修筑的军事工事，使日军当年打到湖北宜昌后，主动放弃了穿越三峡继续西进的作战计划。因为当时的广东韶关等地还在中国军队手中，日本沿长江一线孤军深入，不但要冒很大的军事风险，而且要付出惨重代价，单独突破陪都重庆在战略上没有多大的实际意义。因此，日军处于战略上的考虑，在三峡地区没有策划大规模进攻，其间对三峡一线的轰炸并不是为大举进攻作准备，只是作震慑性的骚扰。但当日本军队此次完成“一号作战计划”，打通大陆交通线的时候，便有了进攻重庆，占领整个西南地区，切断唯一的外援通道——滇缅公路，从而达到全面征服中国的目的。为完成这一“宏伟的计划与梦想”，日军经过多方考证权衡，选择的进攻方向就是贵州的独山。
独山被日军占领，如同一把锋利的尖刀，从侧部刺向中国的软肋。且这尖刀如同狂飙突降，来势凶猛迅疾，难以抵挡，中华民族又一次面临覆亡的危险。凶讯传出，举国皆惊，一时人心惶惶，感到又一次大难临头。国民政府召开紧急会议，商讨放弃重庆，迁都西昌或大西北的计划。
就在日本大军迫近，即将饮马川江之际，10月11日至14日，蒋介石在重庆召集国民政府党政军各界大员、各省市政府要人、各级三民主义青年团负责人及教育界人士150余人，举行“发动知识青年从军会议”，讨论知识青年从军方案，决定成立知识青年从军委员会，指定张伯苓、莫德惠、何应钦、白崇禧、陈立夫、张厉生、周钟岳、顾毓琇、谷正纲、张治中、康泽等为委员。会议决定从全国各地招募10万名知识青年编成新军，投入战场。蒋介石亲自指定蒋经国、蒋纬国两个儿子加入青年军，共赴国难。
消息很快在全国范围内传播开来，《中央日报》、中央广播电台等新闻媒体开始配合这一计划高声鼓噪。诸如“一寸山河一寸血，十万青年十万兵”“国家第一，民族至上…‘军事第一，军人第一”“国破家亡君何在”“皮之不存，毛将焉附”等宣传口号，连篇累牍地见诸报刊、广播。迫于外敌压力与舆论盅惑，各地知识青年特别是各高校师生经过短暂彷徨、观望之后，终于被调动起来，加入了青年军的行列，但在精神、气势上明显不能和第一次报名参军相比拟了。据时任西南联大文学院长、哲学教授冯友兰回忆：“国民党政府的这个措施，如果是在抗战初期，学生们是会争先恐后报名参加的；可是在这个时候，学生们对于抗战最后胜利的信心虽然没有动摇，但是对于国民党政府的幻想已经破灭了，对于青年军的报名疑虑很多，观望不前。当时的教育部为各大学分配了名额，规定了指标。联大的常委会慌了，于是召开动员大会，请教授们向学生劝说。我的发言大意说，抗战已经进行这几年了，以前国家、政府不征发高中以上的学生，实行免役，这是因为当时没有新式武器，还用不着有科技训练的人。现在美国送新式武器来了（南按：此时美国已开始在武器装备方面援华，用于中国本土和缅甸战场），正需要有科技训练的人去使用。如果有科技训练的青年不去从军，叫谁使用呢？这个仗以后怎么打呢？闻一多发言最突出，大意说，现在我们在政治上受压迫，说话也没有人听，这是因为我们手里没有枪。现在有人给我们送枪，这是一个最好的机会。不管怎么样，我们要先把枪接过来，拿在手里，谁要反对我们，我们就先向他下手。这次会开得很热烈。散会以后，我走出校门，看见有人正在那里贴大字报，反对报名从军。我心里很气愤，走上前去，把大字报撕了，并且说，我怀疑这张大字报是中国人写的。这次动员会开过以后，学生报名从军的多起来了，不过几天就超过了指标。”又说：“青年军成立了，蒋介石派霍揆彰到昆明主持训练。后来又把青年军开到印度，接受美国运来的武器，就地训练。到1945年日本就投降了，青年军并没有开到前线和日本作战。”冯氏之说有些含含糊糊，也可以说是意味深长。事实上，西南联大当时的情形远没有如此简单。
闻一多原是最不赞成学生从军的教授，1937年卢沟桥事变爆发，有人倡导学生从军，闻氏反对，早些时候他曾对北平艺专的学生说：“一个学生的价值远高于一个兵士的价值，学生报国，应该从事更艰深的工作才对。”按他的观点，学生参军是浪费人才，并认为学生乃民族文化精神的传人，肩负着民族复兴与未来发展的重大历史使命，多保留几个读书种子，让他们的脑袋留在教室、实验室或研究室，俯下身来做学问或科学研究，比把脑袋别在裤腰间出没于血肉横飞、人头乱滚的战场，意义要大得多，对民族整体的贡献，也比军人伟大得多。如果没有科学文化精英的存在，单靠军人是不可能拯救中华民族危亡的，更谈不到伟大的民族复兴云云。当民族危亡迫在眉睫，国民党腐败日重日深之时，闻一多哀其不幸、怒其不争，政治观点发生突变，又一度产生了以学生兵作为新生力量，来改造国民党这支旧式封建军队的短暂幻想，认为青年学生们从军不仅是必要的，也是必需的。就在日军即将实现“一号作战计划”，打通大陆交通线，攻占独山的前夜，在一次由驻昆国民党第五军军长邱清泉主持召开的时事讨论会上，闻一多曾激愤地说道：“盟军各个战场，现在都在收复失地，只有我们还在继续失地！这样的政府，这样的军队要它何用？”未久，他在课堂上讲到国际国内战争形势，及国民党军方的腐败无能，慷慨陈词：“这样的政府，这样的军队，已经到了非改造不可的地步了！”从这个时候开始，闻氏一改过去的态度，积极呼吁青年学生们参军报国。
当学生们报名应征入伍，即将离开西南联大时，在欢送会上，闻一多要求学生日后不要成为骑在人民头上耀武扬威的军阀与官僚老爷，而要积极参与改造这支旧军队，使之成为具有国际水准的现代化军队和国家依仗的真正栋梁等。遗憾的是，闻氏只是一相情愿，历史告诉世人的，不但这些年轻学子未能改变这支旧式军队的模式，自己的鲜活生命与满腔热情连同那美丽的梦想，也一同被这支军队有形无形的巨轮碾得粉碎，由此演化成为一个时代的悲剧。
面对风起云涌的国际国内局势，作为西南联大实际主持工作的梅贻琦，极其清醒、沉着地驾驭了政局。从联大保存下来的材料看，在几次征召入伍的鼓噪声中，梅贻琦从来没有主动要求教师或研究生弃学从军，整个西南联大的从军者，大都是本科以下学历的青年学生。即使在这类学生中，梅贻琦亦尽可能地保留下一批最有希望的读书种子，使人文特别是科学知识结构不至于出现断层或后继无人，如理科方面的杨振宁、黄昆、唐敖庆、郝诒纯等一批经过严格筛选的优秀学子，均被完整地保存于清华研究生院中。而李政道、邓稼先等稍年轻的学术苗子，也无一例外地被保留了下来。这一大批学人为日后为中华民族振兴以及世界人类科学的进步作出了杰出贡献。
当然，若有教师与研究生主动请求从军，梅贻琦亦不加阻拦，任其自便，他自己的一儿一女就先后从联大应征入伍。女儿梅祖彤加入国际救护组织，为抗战效力。梅贻琦的独子，当时就读于西南联大水利工程系二年级的梅祖彦，于1943年11月决定弃学从军。梅贻琦认为当时国家形势动荡，能在大学读书。机会难得，希望儿子把学业完成再作决定，报效 国家的机会以后还有很多。但儿子去意已决，梅未阻拦。当时许多人认为，梅祖彦入伍之后会投奔他的姨夫——国民党名将卫立煌担任总司令的滇西远征军任职，并依靠卫的关系得到照顾和升迁。梅祖彦却出人意料地投奔了并没有人际关系的空军部队当了一名普通的翻译员，直到战争结束一年后的9月，译员工作结束，才遵照美国军方的安排到美国麻州PI复学，插入机械系二年级继续学业。
与西南联大略有不同的是，地处川南长江上游李庄的同济大学，则对此次青年从军保持高涨的热情。据后来赴台湾的同济学生王奂若回忆：“当年重庆市及四川、云、贵各地中学生知识青年投笔从戎者风起云涌，热潮所至，如江水之奔腾，不可遏止。位于四川宜宾李庄的同济同学纷纷响应，于纪念周会上举行从军签名仪式时，鼓声频传，个个摩拳擦掌，怒发冲冠，热血沸腾。同济同学当时签名者达六百余人之多，约占全校三分之一人数，为全国院校从军人数之冠（未签名者多因体弱多病受师长劝阻）。当年，留在同济的德人教授看到这种阵势，都感动得热泪盈眶，伸出大拇指叫好，并高呼‘中国不会亡’！（Republic C nicorben）‘中国一定强’！（Republic Carcken）”
除学生外，同济大学报名者还有几位青年教师，其中一位刚从德国回归的工学博士杨宝林教授也踊跃加入了报名队伍，当时的《中央日报》《扫荡报》等主流媒体，都进行了大篇幅的报道宣传，在全国引起了不小的轰动。
就在同济大学报名参军掀起热潮之际，正在重庆办理公务的傅斯年匆匆赶回李庄召集会议，动员史语所青年研究人员报名参军。在傅斯年看来，国难临头，树立国民的健全人格，守土抗战乃整个民族最为急需的责任和使命。遥想1935年，日本策动“华北特殊化”。时任冀察政务委员的萧振瀛招待北平教育界名人，企图劝说就范。出席招待会的傅斯年闻言拍案而起，当即斥责萧氏卖国求荣，表示坚决反对，誓死不屈。据当年参与此事的陶希圣回忆说：“孟真在萧振瀛的招待会上，悲愤的壮烈的反对华北特殊化，这一号召，震动了北平的教育界，发起了‘一二·九’运动。北京大学同仁在激昂慷慨的气氛中，开了大会，共同宣誓不南迁，不屈服；只要在北平一天，仍然作二十年的打算，坚持到最后一分钟。”
自此，整个北平的混沌空气为之一变。
也就在这一年，傅斯年夫人俞大綵怀有身孕，孩子尚未出生，就预先起了个傅仁轨的名字。按傅氏家族的辈分，自傅斯年以下皆以“乐”字相排，如一直跟随傅斯年读书、工作的傅乐成、傅乐焕、傅乐淑等同族兄妹，即沿用其例。傅斯年为自己的孩子命名而打破常规，并非诸如“破四旧，立四新”式的故弄玄虚或标新立异，而是另有深刻的寓意。据罗家伦回忆：“说到聪明的孩子仁轨的命名，确有一件可纪念的事，有一天孟真对我说，我的太太快要生孩子了，若生的是一个男孩，我要叫他做仁轨。我一时脑筋转不过来，问他说，为什么？他说，你枉费学历史，你忘了中国第一个能在朝鲜对日本兵打歼灭战的，就是唐朝的刘仁轨吗？从这种史迹上，预先为儿子命名，他内心所蕴藏的是多么强烈的国家民族意识。”傅斯年认为，中国之抗战需从每一个有良知有骨气的人做起，政府与统治集团和无数的既得利益者醉生梦死，使广大民众失望绝望，但人民自身可望到别处，“浅看来是绝望，深看来是大有希望。这希望不在天国，不在未来，而在我们的一身之内”。同时又清醒地意识到“中国人之力量，在三四万万农民的潜在力，而不在大城市的统治者及领袖。中国的命运，在死里求生，不在贪生而就死”，“三千年的历史告诉我们，中华民族是灭不了的，而且没有今日天造地昧这形势，民族是复兴不来的”。傅氏对民族抗战与复兴力量的认知，确是高瞻远瞩又细察分毫，准确地参透了中国的病根，把住了胜败的命脉，昔当时大多数党国大员与自誉为高等华人，甚至包括最高领袖蒋介石在内，都没有真正认识到内中的玄机奥妙，或已有意识但又从心理上不予承认并加深隔阂。倒是处于弱小地位的共产党较早地参破了这一玄机并加以利用，日后国共交锋的胜负与不同的命运归宿，也因此而注定——这是傅斯年的过人之处，也是他倾全力维护的国民党政府的一个悲剧。
1943年年初，傅斯年的侄子（傅斯严之子、傅乐成之弟）傅乐德欲报名参军，傅斯年表示支持，不久，傅乐德随青年远征军赴印度北部战场与日军作战。得此消息，傅斯年特别去信勉励道：“你这次从军，实在是好事。此时青年总当以爱国第一，立起志气来，做于国家有益的事。我们这一辈的，太多自暴自弃，或者懒惰无能，把这样的局面交给你们一辈的手中，实在惭愧！只盼中国在你们这一代的手中，成一个近代化的安乐国家。”作为一个对国家民族具有深切使命感的长辈，在自谦的同时，字里行间透视着对这位侄子及新一代中国青年热切的期待。
1944年夏秋，日军为实现“一号作战计划”围困湘中重镇衡阳。在异常酷烈的战事中，国民党精锐方先觉第十军全军覆没，其他战场的国军也连连丧师失地。消息传到李庄，傅斯年心情异常沉重，在泥墙土屋的孤灯下，他展纸研墨，为9岁的儿子傅仁轨书南宋著名爱国将领文天祥《正气歌》、《衣带赞》诸诗，并题跋曰：“其日习数行，期以成诵，今所不解，稍长必求其解。念兹在兹，做人之道，发轨于是，立基于是。若不能看破生死，则必为生死所困，所以异于禽兽者几希矣。”
当年文天祥被俘就义前，曾在衣带中藏有诗文，被后人称为《衣带赞》，其中有“读圣贤书，所学何事”两句，傅斯年经常借以自勉自励。而《衣带赞》开篇即说“孔曰成仁，孟曰取义”，即孔子所说的“杀身以成仁”，孟子所言“舍生以取义”两句。傅在题跋中所书“（人之）所以异于禽兽者几希”则是孟子的名句。可见此时的傅斯年对于孔孟两位大贤立身为人之道信守不渝，虽名为幼小的儿子题书，实乃面对严酷的现实，借古喻今，抒发自己对古代仁人志士的崇敬之情，以及为维护民族大义保持个人节操不惜以身殉道的精神气概。
令傅斯年略为遗憾的是，当他在李庄史语所会议上鼓动青年学者们从军时，竟出乎意料地没有一人响应。傅见此情景，进一步鼓动道：“你们现在不参军，将来抗战结束后，你们的儿女要问你们，爸爸，你在抗日战争中做了些什么？你们将怎么回答呢？”这暗含激将之法，极富煽动性的言辞，仍然没有在众位青年心中引起波澜，其尴尬的局面，令傅斯年有些不快。静默一阵，傅氏没有再强行让对方表态，只是说了句“这样的大事也不是一时就可决定得了的，大家回去再好好想想吧”。言毕宣布散会，自此再也没召集会议提及入伍当兵之事了。
或许由于研究历史的缘故，或是经过无数风雨的吹打历练，此时史语所的青年学者们对政治和国民政府的腐败，以及政客们的所作所为有了较为明晰的理解，已完全不同于同济大学的学生，甚或书呆子博士如杨宝琳者那样幼稚了。他们对国家民族前途，心中自有一番更合乎现实，更经得起实践检验的预见性方略。而这一切，傅斯年早已心知肚明，只是不便摆到桌面上加以提出讨论，各自心照不宣罢了。