1945年11月9日至16日，蒋介石召开复员整军会议，卢汉被召，从越南飞到重庆参加会议。蒋招卢参加此次会议的意图，是要把滇军调往东北战场，参加即将与共军进行的决战。卢汉抵渝后，以主动请求“辞去本兼各职”的方式，试探蒋介石的态度。蒋原打算免去卢汉的省主席职务，以实现对李宗黄的许诺，但鉴于昆明方面复杂的局势，感到时机仍未成熟，只好挽留卢说：“李宗黄在云南搞得不洽人意，需要你去就主席职。安定地方。”
此时卢汉已受控制，尽管对蒋介石的做法和意图心生不满，但无法立即实施反制，同时又得到了“云南王”这把令人眼热心动的虎皮交椅，一时觉得进退皆不合心愿，在蒋的威逼利诱下，最终以复杂的心情同意出任云南省主席。作为交换条件，卢答应蒋把自己指挥的滇军全部交出，以开往东北参加反共内战。
当卢汉借机去看望在重庆已被监视的龙云时，龙极其愤怒地责备卢汉在昆明事变时违约，没有“闻讯火速回军”，以致云南被蒋介石夺去。痛责之后，龙又密告卢：明年1月就要召开全国政协会议，在“政治协商会议期间，我们的军队仍留在越南，暂勿回滇，看看会议的发展情况，如果国内实现和平，即可回滇进行退役复员工作，恢复地方秩序。万一破裂，你们就在越南通电反对内战，与各民主党派一致行动。你们可以即刻通电反蒋，打回云南，肃清蒋介石在云南的一切势力”。
此时，龙云的境遇让人很容易联想起1924年直奉第二次大战时，作为空头民国大总统的曹馄给他的爱将、直系第二号人物，时驻守洛阳、兵权在握的吴佩孚将军发出的那封请求其率兵讨奉的电报：“你就是我，我就是你，你让我怎么办，我就怎么办。亲戚虽亲，不如自己亲。”这个时候，与笼中之囚几近相同的龙云，看来真的是到了“尚能饭否”的烈士暮年，糊涂得可以了。所谓时势互动，此一时彼一时。尽管龙云自以为与卢汉亲如兄弟，但兄弟再亲也比不上自己亲，卢迫于形势和为自己的前途考虑，早已暗中和蒋介石达成了协议，哪里还管什么率部回昆回滇，拉杆子率兵造反起事？因而，卢对龙云提出的策略支支吾吾不置可否。此举令龙大感失望，但仍幻想其他入越的滇军将领能起来反蒋，使自己东山再起，重新登上“云南王”的宝座。
未久，赴越受降的滇军第六十军军长曾泽生，第九十三军军长卢浚泉，连同五个师长潘朔端、陇耀、白肇学、许仪浚、李韵涛和参谋长佴晓清等均被电召到重庆开会。龙云请诸位将领吃饭，谈话中除了指责10月3日昆明事变时入越滇军没有回救外，又对他们说：“政协将开会，时局很快有变化，滇军不能盲从，千万不能开到东北，应该回到云南，不能听任李宗黄、关麟征等摧残地方。”饭后又特别约请曾泽生、卢浚泉两人密谈，指示三点（一）回越后召集全体将领开会，宣布蒋介石独裁罪状，公开反蒋；（二）把越南受降的事交给胡志明，你们带领滇军打回昆明，拯救故乡；（三）蒋介石正在布置反共内战，10月3日就是内战的第一枪。他搞掉云南后就要打共产党了，云南子弟兵不能去当反共内战的炮灰。所谓落地的凤凰不如鸡，虎落平川遭狗欺。同卢汉的表现一样，几位滇军将领对这位早已剥鳞断尾、奄奄一息，只有几根黑黄胡须于怒气中微微颤动的干瘪“土龙王”，表面上哼哼哈哈虚与委蛇，内心却想着各自的心事，打着有利于自己的算盘，哪里还顾及这位落魄的昔日上司一相情愿和不识时务地瞎唠叨？未久，世人看到的事实是，入越受降的滇军全部调去东北参加内战，龙云得知后痛心不已。1946年5月，第六十军第一八四师师长潘朔端率部在海城起义；1948年10月，第六十军军长曾泽生率部在长春起义，投向共军，算是为滇军保存了一点家底，但这一切与龙云没有什么关系了。1949年12月9日，在中共大军压境下，卢汉以识时务者为俊杰的方式，率部举行了昆明起义，云南宣告和平解放。当然，这是后话。
且说卢汉接受了蒋介石的命令，没带一兵一卒，如同被拔掉毛的凤凰，剥了皮的老虎，光杆一人回到云南任职。12月1日上午8时许，李宗黄在省政府大厅与卢汉草草交接，即匆匆返回省党部，指使手下党徒冲杀而出。尚不知内情的卢汉专门命人在昆明最著名的酒店茶楼订了丰盛的午宴，准备为自己坐上“云南王”这把虎皮交椅好好庆贺一番。就在诸客到齐，卢汉举杯欲说未说之时，手下的小二慌慌张张地飞奔来报，说大事不好，李宗黄等指挥的一干人马与学生们闹将起来，刺刀、捅条、手榴弹、烧火棍，外加烤牛肉串的铁钎全用上了，且闹出了人命……卢汉于震惊中细听原委，才得知迎接他的不是鲜花美酒，而是四具尸体和一条鲜血淋漓的大腿。面对惨案，卢汉大为震怒，咬牙切齿地大骂着“好一个黄鼠狼，把你娘的”，当场摔掉手中的酒杯，踹翻了两把椅子三个花盆外加两个酒瓶子。卢氏认为，此举显然是李宗黄为给自己难堪而采取的借刀杀人之计。但鉴于已经形成的局面，自己立足未稳，只好强压火气，集中精力小心慎谨地周旋于上下左右，静观待变。
血案发生后，云南省警备总司令关麟征以军事大员的身份煞有介事地到校园视察，以遮人耳目。据当时学生自治联合会编印的一份报告载：“关麟征于十二月一日来联大新校舍询问‘一二·一’惨案真相，当经本人向他说明真相后，关麟征说：‘这一切由我负责，我负责治安的，一定代你们把这件事查明，凶犯抓到手后，我当你们面把他杀了。我一到这里来，就倒霉，首先是匪警，现在又是学生们发生事情。学生的事情最不好办了，我对付你们这件事，比对付十万大敌还要困难，真伤脑筋透了，学生发生事情，没有理也是有理的。’（同学大哄：‘我们绝对讲理。’）接着同学要求他负责医药棺材费用，关满口承认，拍着胸脯说：‘不成问题，一切由我负责。’随后又有同学提议说：‘没有汽车把受伤同学运到医院去。’关说：‘没有问题，到警备司令部去，我们派一辆车送他们走。’后来，关就走了。”从这段记载中可以看出，此时的关氏还沉浸在一派趾高气扬的亢奋加糊涂中，尚没有意识到这一惨案的严重后果。
12月2日，叶企孙以西南联大代常委的名义给教育部部长朱家骅发电，报告了惨案发生经过和死伤人员数量，并云“已将事实经过就近通知钧部周司长及云南警备司令部，请求察看，及采取处置外，理合据实陈报钧部，仰祈鉴核，除分呈蒋主席宋院长外，并请钧座来昆，亲加处理，不胜迫切待命之至”！
未久，国民党中央宣传小组汇报会也得知昆明惨案情形，并有所讨论。蒋介石侍从室专门负责情报工作的唐纵会后立即与关麟征通了电话，并于当晚赶写报告呈送蒋介石。这个时候，昆明方面的军政大员已嗅出校园血案对自己前途命运凶多吉少的气味，于是关麟征与李宗黄之间，国民党特务派系的“中统”与“军统”之间，三青团与便衣队之间开始乱将起来。为保护自身，推卸责任，攻打联大师范学院的李宗黄系统的党团分子、特工人员与关麟征、邱清泉系统的第五军便衣队、军官总队学员吵作一团，由互相推诿到相互指责，直至发生互殴和恶斗。结果是近百人又以枪刺、板凳、铁铲、烧火棍等器械斗在了一起，打成了一团。与这一打斗场景相映成趣的是，原本团结一致，积极对外的李、关之间也爆发了激烈争吵。李宗黄仍是刚愎自用，骄狂狷介外加几分奸猾狡诈。关麟征具有武人的特殊气质，凶猛激烈，一副炮筒子脾气，头脑相对简单。在11月25日那天布置破坏学生夜间集会游行的联席会议上，关麟征就摆出一副好勇斗狠的架势，声色俱厉地对入会者发号施令道：你们“如果今晚不能完成使命，应当自杀”，从这句话的基调看，关氏不愧是黄埔一期生，蒋介石禀性的忠实承继者。蒋以革命军人自居，经常声色俱厉地斥骂他的部下，并伴有“你们赶快去死”等责难之语，关的“自杀”说，实乃蒋氏“去死”之延续，其霸道蛮横之态尽在此言中。
26日晚，在云南省政府召集的中等以上学校校长会议上，关麟征更是坦承25日晚士兵开枪是他下的命令，并极富霸气又很傻、很天真地说道：“他们有开会自由，我就有放枪自由。”因入会者大都知道关的炮筒子性格和说话无遮拦的脾气，当时一听而过，没有太作计较。然而，当事情发展到军队向学校投掷手榴弹并酿成血案时，关的这句话就被大家再度忆起，并很快在大众中传开，最终演释成“军队有杀人的自由”。此语一出，众口纷传，关麟征则有口难辩，莫可奈何。到了这个时候，关氏在身边谋士的点拨下，静下心来一想，才觉得过去的所作所为，完全上了李宗黄这位老政客的当，后悔自己作为一个军队高级将领，不该莽撞地卷入这种地方性的事件，特别是学潮中来。而事实上，作为军队一方被推出来主持25日以后成立的联合行动委员会（反罢课委员会）之人，乃是中央军第五军军长邱清泉，并不是他警备总司令关麟征，直接调派军官总队学员参与“一二·一”暴力行动的同样也不是他关某人。当血案发生，事情闹大之后，关麟征最记恨的不是邱清泉而是李宗黄。邱清泉外号“邱疯子”，其性格比关麟征还暴戾不驯，且为人处世总是疯疯癫癫令人感觉不踏实。关认为邱作为一位比自己还要直来直去的武人，同样是上了李宗黄这位老党棍的大当，懵懵懂懂钻进了李的裤裆，不知不觉成了他支使的“老二”。于是，在即将需要有人出面承担指使杀人责任时，关麟征自然地站在了邱清泉一边，并竭力设法替邱与所有参与此事件的军人辩白与解脱，因为只有军人得以解脱，他才有解脱的可能，可谓一损俱损，一荣俱荣。此后他在向重庆拍发的密电和对外公开谈话中，一再强调李宗黄与其手下的三青团、特工分子才是导致这次血案真正的罪魁祸首，并明言所有情报都来自于李手下的特工部门，而这些人又不在他的管辖之下，因此对于这类事情他“控制不了局势”，只能坐观其愈演愈烈而无力加以阻止。端坐省党部椅子上惶惶不安的李宗黄，忽见昔日的盟友关麟征欲金蝉脱壳，反戈一击，把所有的罪过一股脑地安到他的头上，想置自己于死地，立时大怒，驱车奔向警备司令部要与关氏理论个明白。
在警备司令部会客厅，李宗黄倚老卖老，以保定军校的老资格，欲教训这位后进的黄埔一期生（南按：黄埔的许多首长和教官都来自于保定军校。从广义上说，保定与黄埔两校有着师承关系）。想不到此时的关麟征已顾不得辈分落差，家长里短了。且目前是文武两官，各管一边，大家都是爷，谁也别把谁当孙子看待。见李宗黄主动找上门来又吵又闹，关麟征怒发冲冠，蓦地从腰间拔出手枪，“咣当”一声拍在桌子上，蹦着高儿对李宗黄咆哮遭“我不想当屠夫，这屠夫就留给你去当吧！”
李宗黄一看小关在自己这位革命老前辈面前耍起了威风，遂以“永远不为恶势力低头的革命精神”冲上前来，喊了一声：“妈拉个巴子的小关，你想造反不成？！”照准对方那圆滚肥胖得如同西瓜一样的脑袋（南按：关氏身高体壮，江湖上人送外号关胖子，或关老爷）就是一记响亮的耳光。戎装在身，气势如虹，在年龄上正如狼似虎的关麟征，一看这个老浑蛋竟敢跑到自己的一亩三分地里撒野耍泼，简直是太岁头上动土，佛头抹粪，灶王庙里撒尿，头上的火苗“哧”地蹿将上来。愤怒至极的关总司令顾不得多想，猛地后撤一步，做虎步塌腰状，用尽力气照准李宗黄的小腹部就是一个下勾拳。随着“噗”的一声闷响，本来就瘦弱不堪，年近六十的李氏应声倒地，四爪朝天，蹬歪不止。关胖子见状余恨未消，趁势上前又照李的臀部猛踹两脚，直踹得李宗黄嗷嗷叫着大呼“救命”。众位军官卫士围将上来，连拉带扯，总算把盛怒中的关麟征拉到了一边停止攻击。李、关双方互殴后，为了替自己辩白，关麟征派人把联大两位英籍教授找来，专门向其解释事件经过，希望两位教授能站在局外人立场上，理性、公正地分析、看待这次事件的是非曲直，并把真实情况转告国际社会。关一再声明：25日夜晚放枪不是他的指使，自己更不是12月1日惨案的策划人。最后大骂李宗黄不怀好意地设计圈套害了自己，并怒气冲冲地说：“无论出了什么事他们都会把罪名加给我。”
就在云南军政当局内部陷入混乱时，12月3日上午，蒋介石向侍从室的唐纵询问昆明学潮情况，闻后大怒，当即表示“对投弹凶手，饬即电令枪毙”。唐马上用电话向关麟征与省主席卢汉传达了蒋的意旨。下午四时，蒋再次询问昆明局势，表示自己的焦虑与关切，谓：“此次学潮与过去不同，有血案，必须追查杀人凶手以平息民愤和国内外舆论，否则学生的罢课不会停止。”
迫于重庆最高当局的压力，4日上午，云南省地方当局于警备司令部军事审判庭正式开庭“公审”投弹罪犯。审判长由新上任的省主席卢汉担任，邱清泉第五军的军法处长担任主审法官，李宗黄、关麟征为陪审官。昆明各校均没有派代表参加，联大个别教授仅以私人身份旁听。庭审之后，当场宣布陈奇达、刘友治两退伍军官为凶犯，判处死刑，立即枪决；判处从犯陈云楼解渝法办。为把事情与其一贯宣传的共党煽动破坏联系起来，李宗黄又指使党徒画蛇添足地编造了一个离奇故事，大致内容是：据陈、刘二犯交代，他们之行凶，纯为事前在街上偶然遇到一自称姜凯的共产党员所唆使，手榴弹亦为该人所提供，姜凯还给了每人三万法币的报酬云云。这一拙劣的虚构故事用密电传到重庆后，连深居大内的蒋介石都不相信。5日上午，蒋召见侍从室唐纵等人听取昆明惨案的汇报，明确指出：“昆明学生惨案之公开审讯消息，公开指明共产党所为一点，颇不妥。该姜凯如何与陈奇达相遇，其详情应予公布。”其意在于暗示李宗黄等不要继续丢人现眼，捏造的故事太小儿科了，等把故事编造得圆一点再对外公布，否则将为世人所不齿，弄不好还要惹火烧身，牵扯出说不清、道不明、越抹越黑的大乱子。
这个时候蒋介石尚不知道，所谓公开会审与宣判死刑和枪决罪犯，整个过程都是关麟征、邱清泉等玩弄的骗局。所谓凶手陈奇达，系抢劫黄金的第五军炮兵营营长；另一个系捣卖军服的第五军上尉军需。当时二人均关押在第五军军法处。经关、邱等高级将领授意，军法处威逼利诱，二犯同意公开露面并当众承认为惨案的“凶手”。庭审之中，二犯被稀里糊涂地押入囚车在郊外枪决。