各机构与所属人员在李庄古镇内安顿下来后，开始各行其是。史语所的日常工作由李方桂主持。未久，李方桂因史语所待遇微薄，入不敷出，索性辞职离开李庄到成都，进入以美钞作后盾的燕京大学任教，史语所代所长一职由董作宾出任。
按照工作计划，史语所考古组人员开箱整理安阳殷墟出土的甲骨。李济指导人员整理殷墟出土的陶器；梁思永做侯家庄大墓出土资料研究。后来增加的四组吴定良等人整理殷墟出土的人头骨；凌纯声、芮逸夫等则筹划做少数民族风土人情的调查。一、二组人员继续研究自己的课业，各项工作逐渐步入正轨，李庄板栗坳（栗峰山庄）不时闪动着学者们忙碌的身影。当大家在这个新环境中渐渐适应并略感寂寞之时，有客人自远方而来。
1941年6月27日，西南联合大学常委梅贻琦、总务长郑天挺、中文系主任罗常培，自四川泸州码头乘船，溯江而上，朝万里长江第一古镇——李庄进发。
梅氏一行自5月中旬陆续从昆明飞到战时陪都重庆，在处理了一堆繁杂公务后，向国民政府教育部汇报并商谈解决叙永分校回迁事宜。
叙永小城坐落在川江以南，位于泸州的正南方，属于川、黔、滇边境之地，素有“鸡鸣三省”之称。此处有永宁河通往长江，往南可入云、贵高原，与西边的南溪李庄虽有一段距离，但同属于川南地区，两地在各方面多有联系。中央研究院史语所、同济大学等机构从昆明迁李庄时，叙永是必经之地。史语所的石璋如在押运物资从昆明迁往李庄的途中，曾在叙永附近翻车于河中，晚年他对叙永及西南联大分校的情况曾有片断回忆：“叙永算是一个关口，也不算小地方，不过查得没有蓝田坝厉害……当时很多搬迁的机构来到叙永附近，像西南联大就把招考的新生搬到叙永上课，结果有很多在昆明考上的学生，千里迢迢来到叙永上课，但是在叙永上课的地方很小，是借用一间小庙来用。我们在叙永的时候，联大正准备教室的布置，尚未正式上课。”
梅贻琦一行于6月9日由重庆到达叙永分校，因交通闭塞，地理位置偏僻，分校师生整日窝在破旧荒凉的野庙中上课，条件简陋，生活极端困苦，女生宿舍设在帝王宫，食堂设在城隍庙，更是多有不便。因是在小庙及周边安置课堂与宿舍，城内的电灯不能接通，晚上只有用一只小碗或小碟，灌上桐油或菜籽油，点燃灯芯照明。时间不长，埋头学习的学生眼毛、鼻孔已被熏得乌黑，倘不小心用手一抹，便成了戏曲中的黑脸包公。师生们整日伴着一堆黑乎乎的泥菩萨上课下课，文化生活几乎为零，不但青年学生难以忍受，即是随来的教授也觉得不好。梅贻琦等到来后，“助教多愿回昆，学生闻返昆讯皆大高兴”。对于战争局势的判断，叙水分校教授们的看法尽管有所不同，但又多倾向于“昆明敌所必取，而我方自亦必据守，但昆明如失则叙府（宜宾）继陷，而川南川东亦必不稳定矣。此种推测数月之后或能证明”。
鉴于师生返昆心切和前途未卜的情形，梅贻琦等三人返回泸州后，于6月19日分别致信昆明西南联大主持日常事务的常委蒋梦麟、教务长潘光旦等人，谓“详告叙永分校诸君对于取消分校之意见，正反各列五条，末附本人意见……总之无论如何以早决定为宜。如叙校迁回，同仁及眷属旅费应酌予增加”。
蒋梦麟等接信后，同意叙永回迁昆明，并上报教育部，着手筹措旅费等事宜。梅贻琦一行得知蒋的意见，颇感欣慰，表示在四川多待些时日，自泸州溯江而上，对抗战期间迁往乐山、成都的学术、教育机构作一番考察。
因泸州方面一时无船上行，梅贻琦等人只好坐地苦等，9天之后，总算于6月27日登上长丰轮，一路颠簸动荡来到李庄。此行的目的除了看望迁往该地的老朋友，还有一项任务必须完成，那便是由昆明迁往李庄的北大文科研究所部分青年学子的论文需要答辩，郑天挺作为该所的副所长，罗常培身为直接授业的导师，需完成各自应负的责任。李庄古镇在泸州去乐山一线的长江边上，此行正可一举两得。
创立于1918年的北京大学文科研究所，是以培养文、史、哲等学科研究生为主的学术机构。1921年称北京大学研究所国学门，后改称北京大学研究院文史部，由沈兼士、刘半农担任正副主任，当年顾颉刚、罗尔纲等人曾在该机构担任编辑员。1934年始称北京大学文科研究所，由北大文学院院长胡适兼任所长，傅斯年为副所长。该研究所自组建之初，就具有学术资料丰富、工作范围广泛等与众不同的特点，且在不同阶段的工作重点也不尽相同。如在历史、考古、整理编纂清朝内阁大库档案、参加1928－1929年西北科学考察团考古调查并整理所获居延汉简等学术活动，都取得过举世瞩目的业绩。抗日战争爆发后，北大文科研究所停办。1939年春，西南联大在昆明稳住阵脚，北大文学院一些大牌教授，深感一个具有光辉人文传统的研究所中断数载而未恢复，实有负创立者、特别是胡适所长的心愿，应借联大成立之机，在昆明重新鸣锣开张，以展示国人不屈之意志，并培养一批学术种子。这一想法得到了傅斯年的大力拥护与支持。在征得北大校长蒋梦麟同意后，于这年5月在昆明再度恢复。
由于胡适此时正在美国办外交，所长一职暂由傅斯年代理，原北大秘书长郑天挺担任副所长。文科研究所下设语言、文字、文学、哲学、史学等组，各组导师分工如下：
文字组导师：唐兰：
文学组导师：罗庸、杨振声等；哲学组导师：汤用彤；史学组导师：陈寅恪、姚从吾、向达、郑天挺等；语言组导师：罗常培、李方桂、丁声树等。
据说语言组导师本来还有魏建功，因魏和罗常培闹别扭，不久离开北大，赴四川白沙女子师范学院等院任教，其导师之职自然化为乌有。
恢复后的北大文科研究所导师阵容之强大，远过于国内任何一所大学，师生暂借住中研院史语所在昆明靛花巷三号租来的房子学习与生活，形成了一个特殊的学术小圈子。第一届招收学生实到者十人（语言组招收的女生陈三苏未曾报到），分为文学、哲学、史学、语言四组。因后来移居昆明郊外龙泉镇龙头村宝台山响应寺弥勒殿，很有点中国古代书院的味道，而书院的总负责人称山长，因而罗常培戏称郑天挺为“山长”，十名弟子号称“宝台山北大十翰林”。第一届研究生名单与专业分别是：
文学组：逯钦立、阴法鲁；哲学组：任继愈、王明；史学组：杨志玖、汪篯、阎文儒；语言组：马学良、周法高、刘念和；文字组：第一届未招生。
第二届与下一届的研究生有：王玉哲、殷焕先、高华年、董澍、王永兴、李孝定、王叔岷、王利器等，前后几届加在一起约20人。
对于昆明宝台山的这段生活，第二届文字组研究生王玉哲有过这样一段回忆：“北大文科研究所的导师，如罗常培先生、汤用彤先生、郑天挺先生，大部分时间和我们住在这里。他们除了到联大上课时进城外，一般都和我们共同生活，朝夕相处。所居乡村，仅数十户，平时荒僻清冷，几不闻人声。研究所坐落在龙头村旁的宝台山上，设备简陋，我们住的几间小土房既是宿舍，又是图书室，连作［做］饭、吃饭也在里面。隔壁是只住有一两个老僧的破落寺院，从不见他们拜佛、诵经，而外面香客亦复鲜过。这也增加了我们似乎旧式书院的清静生活。几十个师生除了每天读书之外，便促膝纵谈学问，别无他事。由于乡下没有电灯，晚上我们是在菜油灯下攻读的……那时我们研究所的所长是傅斯年先生，但是真正关心我们学习和生活的，却是作副所长的郑先生。”
因傅斯年并不常在龙头村或宝台山，所内事务大都由郑天挺主持，才有这样一个笑话传出。说的是：“每当有人来文科所访问，守门的那位老司阍就一定会问：您是找正所长，还是找副所长？接着解释说：正所长是傅（副）所长，副所长是郑（正）所长。”有一天，一位少壮军官模样的人来到昆明拜访傅斯年，当他费尽力气一路打听摸到龙头村宝台山文科研究所，那位忠于职责的守门老司阍挡住去路，开始用昆明土话没完没了地解释起正所长与副所长的关系来。时正值盛暑溽热，来者越听越糊涂，以为眼前这个老家伙装疯卖傻，原地兜圈儿故意与自己为难，遂抬手抹了一把脸上的汗水，不耐烦地用山东话道：“你就不要给我瞎鸡巴胡扯蛋了，我要见的是傅所长，你装什么孙子？”言毕，顺手赏给了对方一个响亮的嘴巴。
老阍身子一歪差点倒地，待站稳脚跟，一看对方黑塔一样的块头，面露愠色，眼角有凶光透出，不敢再行多言，急忙转身跑到所内一间小黑屋，把郑天挺叫了出来，结果双方大眼瞪小眼，并不认识。因了这次尴尬事件，宝台上的研究生们在窃笑的同时，又戏编一副对联，曰：
郑所长是副所长，傅所长是正所长，郑、傅所长掌研所。
甄宝玉是假宝玉，贾宝玉是真宝玉，甄、贾宝玉共红楼。
晚年的郑天挺在教育界人士的怂恿下，曾想把这段特殊而有意义的生活写一长文留世，且把当时的学生名之为“宝台山子”，惜文未成而身已殁，令人扼腕。
尽管傅斯年因兼职过多，对研究所事务和学生学业管理、指导较少，但也倾注了大量心血，特别是在导师的聘任和处理各方关系方面着力甚多。1940年8月26日，傅在写给驻美大使胡适的信中曾这样道及：
北大事，我这一年亦颇尽力，近则焦头烂额矣。北大文科研究所去年恢复，向中英庚款会捐了点小款，除教授兼导师外，请了向觉明（南按：向达）作专任导师，邓广铭作助教，考了十个学生，皆极用功，有绝佳者，以学生论，前无如此之盛。汤公公道尽职，指导有方，莘田大卖气力，知无不为，皆极可佩。此外如毅生、公超、膺中皆热心，只有从吾胡闹。此人近办青年团，自以为得意。其人外似忠厚，实多忌猜，绝不肯请胜己之教员，寅恪断为‘愚而诈’，盖知人之言也。近彼大骂受颐无学问，我真不能忍耐，即与之绝交。我自求代理此事，一年中为此进城不少，又由史语所借了一大批书，弄得史语所中颇有怨言，真不值得。
傅斯年提到的受颐即陈受颐，原是留美毕业生，归国后辞却境外大学聘请，受胡适之聘到北大历史系任教，并做过一段时间的系主任，深得胡适与傅斯年尊敬。此时在昆明，受到正担任北大历史系主任姚从吾的排挤，傅斯年为之大鸣不平。傅在信中提到的“从吾胡闹”之从吾，即姚士鳌，号从吾，河南襄城人，1920年毕业于北大史学系，留学德国柏林大学，其间结识了傅斯年、陈寅恪、毛子水、俞大维、罗家伦、何思源等人，算是欧美派的一个人物。1934年归国后出任北京大学史学系教授，两年后出任系主任，抗战时期任西南联大史学系教授，但其为人为学一直不为傅、陈等欧美派重量级学者所重。由于这种关系，抗战胜利各校复员后，姚从吾没有再进北大，而是跑到他的老家河南大学做了校长。1948年6月，解放军围攻开封的战役打响，姚从吾负隅顽抗，最后见开封陷落，大势已去，便混于百姓中逃出城外。后企图在苏州恢复河南大学，刚及成形，便在解放战争隆隆炮火中仓皇逃往台湾，不久在台湾大学谋得了一份教职，得以继续从事教书匠生活。姚在台大的一个名叫李敖的学生，曾对其形象作过这样的描述：“大二时候，我选了姚从吾老师的‘辽金元史’。此公挺着一个大肚皮，讲课时最喜欢用手去揉搓，满头白发，造型厚实朴拙，他一大把年纪，却对我们满口自称‘兄弟’。第一堂课下来，班上女生众口纷纷，笑谓他怎么跟我们称兄道弟呀？他那么老，被他称‘兄弟’，多倒霉呀！姚从吾老师有满口乱牙，我从没见过一个人有那样乱的牙。他的牙，每颗都很大，并且N多，我始终怀疑他不是‘重瞳’而是‘重牙’，牙齿比一般人要多。当然我这样说，毫无根据，但从亚里士多德把他老婆的牙齿数目搞错一点上看，这种牙多之感，可见也不唯我独有也！姚从吾老师长得一副中原老农相，这副相其实救了他。他在河南大学校长任上，共产党打开封，他在乱军之中，能够逃出，吉人农夫相之故也！吴组湘老师在《姚从吾师尽瘁史学》中回忆，说姚老师当时‘化装为一老农’得以逃出，我看了，一直暗笑。——姚者造型原装即一老农，又何须化装啊！姚从吾老师学名姚士鳌，从德国留学回来，做北京大学历史系主任。他虽喝过洋墨水，但是出身河南襄城，人还是土土的。学生们乃把‘姚士鳌’戏呼为‘姚土鳖’，深为他所忌，乃用姚从吾之名代之。有一次同我两人照相，洗好后，我送他一张，背面题‘士鳌老师惠存’等字样。后来一个偶然机会，又看到这张照片，背后‘士鳌’两字已被他偷偷涂去，自改为‘从吾’矣！”
不只台湾学生称姚士鳌为“姚土鳖”，即在昆明时的研究生们也在背后偷偷地称为“姚土鳖”。而作为极其重视家庭门弟、家学渊源的陈寅恪、傅斯年等破落贵族子弟，平时待人接物最反感的就是一种唯唯诺诺、鬼头倒把的“土鳖”相。试想姚从吾如此一副嫉贤妒能、刁钻刻薄的中原“土鳖”做派，怎能赢得同仁的敬重。姚士鳌不幸，竟阴阳差错地与陈寅恪、傅斯年两只光芒四射的重量级“海龟”共为同学兼同事，因而被得出一个“外似忠厚，实多猜忌”“愚而诈”的结论，也就不能怪对方刻薄寡恩了。
史语所迁往四川李庄，北大文科研究所的研究生本可继续留昆明，因西南联大几乎没有图书可借阅，而史语所藏书丰厚，研究生们不得不像梁思成主持的中国营造学社一样随史语所迁川。1940年9月7日，郑天挺致信在重庆的傅斯年，专门谈及此事。信中说道：
此外尚有一事，即北大研究所址，非追随史语所不可。此事已数向兄言之，而兄皆似不以为然。但细想之，北大无一本书，联大无一本书，若与史语所分离，其结果 必致养成一班浅陋的学者。千百年后探究学术史者若发现此辈浅陋学者，盖我曹之高徒，而此浅陋学风为北大所轫始，岂不大糟！弟亦知若此十余人追随史语所离开联大，在史语所，在吾兄均增加无穷麻烦，但此外实无他策。弟意：万一史语所与联大不能在一地，而研究生必须随史语所者，北大可每年或每学期，请一位教授随同前往，俾稍减史语所之麻烦，并负其他事务责任。兄意如何？如兄意以为可行，则此时即可准备起来也！
此事涉及问题较为复杂，史语所迁川已有中央博物院筹备处、中国营造学社两个机构相依附，如今再加上一个北大文科研究所，实在令傅斯年头痛，但考虑到手心手背都是自己身上的肉，或者“肉烂在锅里”等事理，在郑天挺一再劝说下，傅斯年终于答应下来。据史语所档案显示，北大文科研究所研究生随同史语所先后入川驻李庄者有：马学良、刘念和、任继愈、李孝定、逯钦立、杨志玖等。作为助教的邓广铭和他在北大的同班同学、进所不久的助理研究员、傅斯年的侄子傅乐焕等，也相继迁来李庄。有几位同学因各种情况留在了昆明，如周法高就因为车况问题未能成行。据周回忆说：“语言组的马学良、刘念和都随车去了李庄，而我却在停车场停留了好几天没有去得成。三十余年后，在台湾，当时的总提调石璋如先生曾经对我表示过歉意。后来在1941年秋天，我得到傅所长的同意，命我乘车赴李庄，由公家出路费。当时通常都是坐在卡车司机旁边的空位上，出一笔钱给司机，这样夹带的客人就叫做‘黄鱼’。我就是作为‘黄鱼’被带到四川的。”与周法高命运基本相同的另外几个研究生，也是以此种方法被当做“黄鱼”由卡车司机陆续带到了李庄。
既然史语所所长傅斯年仍为北大研究所代理所长，在李庄为学生们适当安置一个读书的环境是义不容辞的责任。况且，傅斯年办这个研究所的主要目的，就是把毕业生招到史语所留用，北大文科研究所，实际上成了中央研究院史语所的一个预备培训班。当研究生们到达李庄后，全部被安排在板栗坳与史语所同仁一起居住、生活，平时则各人在图书馆看书学习，着手撰写论文。为了显示这股力量的存在，傅斯年还专门让研究生们在居住的门口挂起了一块“北大文科研究所办事处”的牌子，作为一个相对独立的单位彰显于世。若干年之后，当地政府在统计李庄外来学术机构时，北大文科研究所也理所当然地被列入其中了。