就在傅斯年为梁思永、林徽因的病情处心积虑谋划筹款、医治之时，史语所与中央博物院筹备处最为宏大和重要的支柱——李济，由于家庭突遭不幸，又出现了坍塌崩毁的迹象。抗战爆发后，李济带着一家老小六口（父亲郢客老人、妻子、女儿凤徵、鹤徵、幼子光谟），从南京到重庆、长沙、桂林、越南直至昆明，辗转数千里，备受艰难困苦，总算有了一个喘息的机会。万没想到，1940年夏，在史语所议迁李庄时，14岁的二女儿鹤徵突患急性胰腺炎，因得不到药物及时治疗而死去。一枝含苞待放的鲜花，无声无息地凋落在红土结成的高原之上，在西南边陲那温暖的阳光照耀下，永久地与青山茂林做伴了。
心中滴血的李济夫妇在巨大悲恸中，来到爱女的坟茔作最后辞别，旋即含泪打点行装，带领全家匆忙迁往李庄。积在心头的哀痛尚未淡去，1942年初春，在李庄中学读书即将毕业，17岁的大女儿凤徵又不幸身染伤寒，一病不起。因李庄缺医少药，终于不治。爱女临走的那天下午，握着父亲李济的手，有气无力地说：“爸爸，我要活下去，我要考同济大学，在李庄读书，永远不离开您和妈妈，还有爷爷……”纵然如伟大的学者李济博士，连同迁入李庄的同济大学医学院数位留德“海龟”教授共同努力，亦回天乏术，只能眼睁睁地看着女儿美丽的双眸悄然滑下两滴泪珠，带着无尽的遗憾，走了。
凤徵的墓地选在李庄郊外一座小山冈的平坦之处，这是李庄乡绅张官周出于对郢客老人和李济父子的敬重，特地从自家的园地中辟出无偿出让的一块地方。小小的山冈之上，痛失爱女的李夫人撕心裂肺的呼喊，在荒草萋萋的山野回荡。李济的眼睛里汪着一潭痛楚的泪水，将一把把温润的泥土轻轻地撒在女儿的墓穴里。一片片于西南早春盛开的黄色花瓣被抛向天际，于新起的坟茔上空飘舞飞旋。没有葬礼，没有悼词，唯有滚滚的江水和阵阵袭来的山风，让人感到生命的凄美与哀伤。
从1940年到1942年的两年间，李济的两个爱女一“鹤”一“凤”，撇下风烛残年的祖父、悲痛欲绝的双亲以及年少的弟弟，悄无声息地撒手人寰，乘风而去。
面对接踵而至的灾难，李济的心灵受到了重创，在一夜接一夜痛苦的失眠与哀叹中，精神支柱开始倾斜。彻骨的凄凉与过度的悲伤，终于使李济病倒床头。李济的父亲李权（郢客）老人，这位满清王朝末年的小京官，著名的词人雅士，面对两个从小围在自己身边唧唧喳喳，小鸟一样惹人爱怜的孙女不幸夭亡，更是悲情难抑，身体很快垮了下去，不久即中风瘫痪在床，生活不能自理。老爷子自感将不久于人世，遂立下遗嘱，一旦自己魂归道山，让家人在其墓碑上镌刻“词人郢客李权之墓”以示纪念。五年之后，当身衰体残，骨瘦如柴的郢客老人在南京去世时，李济按照遗嘱一字未改地书写了碑文，算是实践了老人的遗愿。在凄凉悲苦的心境中，李济勉强从病床上支起身体找到傅斯年，于李庄郊外板栗坳一个月高风清的晚上进行了一次秉烛长谈。按李济的想法，他要辞去史语所考古组主任和中央博物院筹备处主任之职，去掉安在自己头上的两顶“官帽”，以便摆脱行政事务繁扰，调整心态，做点案头研究工作，借以缓解日甚一日的精神苦痛。对李济的处境，傅斯年深感悲戚，清醒地意识到这根宏大支柱一旦坍塌，对史语所和中央博物院筹备处的工作将意味着什么。在如此艰难困苦的紧要关头，他所做的不是顺水推舟，而是要尽可能地使对方从颓丧委靡中振作起来，在事业上开拓出一片新天地。
1942年3月27日，李济在中央博物院筹备处于李庄镇张家祠租赁的办公室，以忧伤的笔调给傅斯年修书一封，派人送到几里地之外的板栗坳，信中说：
前日所谈，感弟至深。弟亦自知最近生活有大加调整之必要，但恐西北之行（未尝不愿）未必即能生效，或将更生其他枝节。数月以来，失眠已成一习惯，中夜辗转，窃念研究所自成立以来，所成就之人才多矣，而弟愧不在其列，有负知己，诚自不安，然此亦非弟一人之咎。弟自觉念日最迫切之需要，为解脱，而非光辉。衷心所祈求者为数年安静之时间。若再不能得，或将成为一永久之废物矣。
从信中可以看出，前天晚上的交谈，傅斯年除了给予同情、理解和好言相慰，还为李济想出了一些解脱之法，如到西北地区进行田野调查等，以缓解对方的精神压力与恶劣的情绪。但一直处于极度痛苦与悲伤中的李济，虽被傅氏的真诚与热情所感动，终未能回心转意。
三天之后，傅斯年回信，再次以诚挚坦率之言劝慰：
惠书敬悉，深感！深感！大约四十为一大关，过此不能不宝爱时光矣，弟之大症，有一好处，即能辞去总干事也。虽今日治学未必有望，而在总干事任中必无望。援庵①之“开快车”（彼亦同感而言），寅恪之“损之又损”②，前者弟不能，后者弟亦求其如是矣。兄目前之事，不在博物院，而在精神之集中。博物院事，似乎办事人不比史语所少，兄可不必多操心（此人劝我语，兄或鉴于裘事③，然彼等事不能再有？亦不可有反常之心理也）。安阳报告固为一事，此外似尚须有一大工作，方可对得起此生。弟所以劝兄一往西北者此也。总之，治学到我辈阶段，无所著述，甚为可惜。兄之一生，至少须于安阳之外再有一大事，方对得起读书三十年也。然西北不过是一法；其他亦有法，要看战事如何耳。我之一病大约是一无结局，故此等问题多不敢想也。
傅斯年推心置腹的一席话，令李济不好意思再僵持下去，只好带着一颗悲伤、抑郁、孤独的滴血之心，在史语所考古组与中央博物院筹备处之间艰难支撑。就当时的情形言，无论哪一个方面，都不容许李济轻易对呕心沥血为之经营的事业撒手不管。何况此时以史语所为主体组织的西北科学考察团之事正在紧张地筹划之中，中央博物院的主力人马，对岷江流域彭山一带的田野发掘刚刚取得大捷，并酝酿对牧马山墓葬大规模发掘。头戴中央研究院史语所考古组主任、中央博物院筹备处主任两顶“官帽”的李济，此时如同干手插进湿面里，想抖搂得一干二净几乎是不可能的。历史给予他的，只能像在驻美大使任上的胡适自嘲的那样：“做了过河卒子，只能拼命向前。”
早在1941年春，受“西北考察热”影响，在李济倡议下，经傅斯年、朱家骅及时任国民政府教育部部长陈立夫等实权派要员批准，拟组织一个西北科学考察团和川康古迹考察团，对西北敦煌一带和四川、西康两省的古迹作一次大规模调查和发掘。西北科学考察团由中研院史语所、中博筹备处、中国地理所三家合作，并从西南联大文学院抽调以研究中西交通史闻名的北大文科研究所导师向达（觉明）出任团长。由于事涉多家机构，此事一直在不间断地联系、组织中，迟迟未能成行。而川康古迹考察团却较为顺利地按计划实施起来。
川康古迹考察团由抗战期间流亡李庄的中研院史语所、中博筹备处、中国营造学社三家机构联合组成。考察团以吴金鼎为团长，全面主持工作。1941年1月，吴金鼎率队赴叙府一带作考古调查和发掘，并在较短的时间内，就获得南溪葬地、九家村崖墓、双江头、旧州城等遗址。同年3月至4月，考察团由叙府沿岷江而上，至成都及周边地区，在新津发现堡子山葬地，旧县城故址。继而在彭山发现蔡家山葬地、双江葬地；在温江发现古城埂遗址；在成都发现青羊宫葬地；在郫县发现马镇古城等颇有考古价值的遗址。
调查工作告一段落，考察团成员撤回李庄休整。1941年5月，吴金鼎再度率中央研究院考察团自李庄乘船溯江而上，沿急流湍急的岷江直奔彭山而去。
当考察团一行抵达彭山地区后，经过调查走访，发现此处山岭相连，古迹颇多。自汉代始，随着各类墓葬制度和丧葬风俗的兴起，彭山县境成为四川汉代崖墓分布最为广泛、密集和重要的地区。考察团将地理方位与崖墓的分布情况作了大致了解后，决定以彭山县城东北约五公里，位于武阳江、府河与岷江交汇处的江口一带群山定为考察重点，并把江口镇东南一座名叫寂照庵的寺庙做工作站安营扎寨。此后以江口附近山中崖墓为起点，开始一路向西连排式发掘。尽管考察团人数不多，却是一支意气风发、才华横溢的精锐之师，尤其吴金鼎、曾昭燏、夏鼐三人，作为中央博物院乃至整个中国考古与博物馆界最明亮的新星，横亘于中国西南知识分子群落之中，光彩夺目，令人无法忽略他们的存在。而三人周身散发出的强劲势力与刚健锋芒，以及从大洋彼岸带来的最为新鲜的蔚蓝色思想与科技之光，也将随着此次调查发掘，在中国西南地区创造出前所未有的辉煌。