1939年的战事与以前的战事显示出了完全不同的特点。自卢沟桥事变以后，日军在战争中基本上可以做到守必固，攻必克。但日军在战略上所犯的错误就是低估了中国政府与民众抵抗的决心，除了决心之外，中华民族坚忍的民族性格也展现无遗。
抗日战争进入1939年后，日军在正面战场上停止了全局性的战略进攻，转而致力于保守和巩固已占领区域，企图消灭占领区内的中国敌后游击部队。正面战场上出现了短暂的寂静，盘踞于武汉的日本第十一军成为中国第五、九战区的主要对手。对于正面战场上的中国军队，日军则采取攻势防御，只进行局部性的进攻。采取这种攻势主要有两种意图：一是占领某些战略要点，改善自身所处的战略态势——攻占南昌的行动即是如此；二是捕捉机会打击和消耗中国军队主力，挫伤中方的士气——随枣会战和第一次长沙会战中的日军行动即是如此。中国军队在南昌、随枣、长沙、枣宜、昆仑关等战役中的顽强表现使日军感到中国军队仍旧有不容轻视的实力。在这两种战役中，每次攻势持续的时间均甚短暂，一般在两周左右，而且攻势结束后都几乎退至攻击前的防线。日军兵力短绌的痼疾在辽阔的中国战场上已无法遮掩了。
1939年，日军占领了海南岛。这个行动是日军有机会便会南进东南亚的信号。在中国大陆，日军为了确保武汉的安全，决定占领武汉周围的战略要地。日军选择的第一个攻击目标是江西省会南昌，它南有浙赣铁路，城郊还筑有飞机场，使长江方面的日军感到威胁。
江西春季多雨，1939年3月3日起，连日降雨，修水河水暴涨3米。隶属第九战区的第十九集团军在修水河南岸的工事大部被水浸没，日军乘此机会发起进攻，20日，日军集中200多门大炮猛轰南岸守军阵地，守军损失很重，日军同时施放毒气，引起守军军心恐惧，纷纷向后撤退。
进攻南昌的日军主力是在武汉会战时在南浔线上连遭败绩的第一〇六、一〇一师团，日军第十一军司令官冈村宁次为这两个师团配备了第十一军拥有的大部分坦克与火炮，以确保夺取南昌。日军强渡修水后，凶猛的石井坦克联队3天后已向南深入120公里，将尚未从混乱中恢复过来的守军抛在后面。26日，日军先锋已经兵临南昌城下，与守卫赣江的中国军队激战，并向中正桥冲击。南昌城内守军很少，援军还在途中，城防空虚，中国军队在危急之际炸毁了中正桥。日军于26日傍晚乘民船渡过宽达千米的赣江，次日会攻南昌，守军两个团在经过激烈巷战后于深夜撤离南昌。日军只用了10天便占领了南昌，还顺势南下切断了浙赣铁路。
4月间，国民政府军事委员会决定发动春季攻势，第三、第九战区负责反攻南昌。由于在防守南昌的战斗中，一些高级将领远离前线而不能有效指挥，蒋介石下令各集团军总司令须亲赴前方督战。第十九集团军司令罗卓英根据军事委员会的计划，以3个军攻击南浔线以截断南昌日军的后援，而以上官云相的第三十二集团军担负奇袭南昌的任务。4月22日，战斗全面展开。
日军占领南昌后，以为大功告成，便从南昌撤走不少兵力，没有料到中国军队在新败之余又转入反攻，只能被动挨打，固守各据点待援。在南浔线上作战的中国军队包围了西山万寿宫、奉新等地，给日军以沉重打击，但并未能完成切断南浔线的使命。24日晚，攻击南昌的第三十二集团军所部一个便衣队混入南昌城，当攻击部队第七十九师、预五师进抵城郊后，便衣队便在城内起事，日军一日数惊，但第七十九师师长段朗如胆怯不进，便衣队得不到外面的配合，只得退到城外。
冈村宁次急调日军海军陆战队进入南昌，而以第一〇一师团在空军支援下转入反攻，双方在南昌东南及正南郊约10公里的范围内展开了一个星期的争夺战。
5月1日，蒋介石限攻城部队于5日前攻占南昌，上官云相将第二十六师投入攻击，再次推进至南昌城下，此时战斗已经失去奇袭性质，部队只能正面强攻南昌，进展困难。5月7日，南昌日军发起反攻，与前来增援的日军夹击第二十六师等部队，第二十九军军长陈安宝、第二十六师师长刘雨卿亲赴前线督战，在战斗中，陈安宝腹部中弹殉国，刘雨卿身负重伤，军心因而动摇，转为退守。5月9日，蒋介石见攻城无望而下达了停止进攻的命令，南昌攻防战自此告一段落。
日军占领南昌解除了武汉日军来自东南部的后顾之忧，但位于武汉西北的第五战区仍使武汉日军难以安枕。1939年4月，日军结束占领南昌的军事行动后，便集中兵力准备围歼第五战区主力。日军从4月中旬开始，在武汉西北的钟祥、安陆、应山一带集结了约4个师团的兵力，企图将第五战区主力消灭于随县、枣阳地区。
日军采用了“分进合击、两翼包围”的战术，5月8日占领了枣阳，并以主力企图歼灭由鄂南移往江北的汤恩伯第三十一集团军。
第五战区部队在稍做抵抗后，迅速撤出包围圈，日军占领枣阳、唐河等地后一无所获，至5月20日仍重新退回钟祥、应山等地集结，第五战区军队迅速跟进，恢复原有阵地，双方恢复战前的对峙态势。
在南昌与随县、枣阳出现的战役特点，到这年稍后的第一次长沙会战再次重演了一回，而且此后于长期对峙中在许多战场频频上演。