为了化民成俗，朱元璋还对戏曲工作亲自进行指导。他起自民间，深知这类通俗文艺对老百姓有着潜移默化的巨大影响。
从朴素的农民观点来看，成天看戏，不过日子，不是正经人做的事儿，所以洪武年间的民间戏曲工作重点落在禁上。一是限制人看戏，“太祖谓詹同曰，声色乃伐性之斧斤，易以溺人。一有溺焉，则祸败随之。故其为害，甚于鸩毒”。看戏容易让人沉溺享乐，不安心工作，所以他不主张老百姓把太多精力放到玩乐上。对于那些痴迷学戏的人，他十分反感。“洪武二十三年三月，奉圣旨，在京但有军官军人学唱的，割了舌头。”李光地《榕村语录》载：“明太祖于中街立高楼，令卒侦望其上。闻有弦歌饮博者，即缚至倒悬楼上，饮水三日而死。”
他反对老百姓搞迎神赛会，洪武三十年更定的《大明律》规定：“若军民装扮神像，鸣锣击鼓，迎神赛会者，杖一百，罪坐为首之人。里长知而不首者，各笞四十。”（薛永升等《唐明律合编》）二是限制戏剧的内容。朱元璋对戏剧创作和演出有明确的思想导向，即推广有利教化百姓的戏剧，禁绝那些有不健康内容特别是挑战专制秩序的戏曲。元代杂剧内容驳杂，有些戏一味追求无厘头搞笑，神仙皇帝形象不那么庄重，让朱元璋感觉很不舒服。
洪武六年，朱元璋发布诏书，禁止戏台上扮演古代帝王圣贤：“诏礼部申禁教坊司及天下乐人，毋得以古先圣帝明王、忠臣义士为优戏，违者罪之。先是，胡元之俗，往往以先圣贤衣冠为伶人笑侮之饰，以侑燕乐，甚为渎慢，故命禁之。”这一命令后被载入《大明律》：
凡乐人搬做杂剧戏文，不许装扮历代帝王、后妃、忠臣、烈士、先圣、先贤、神像。违者，杖一百。官民之问家容令装扮者，与同罪。其神仙、道扮及义夫、节妇、孝子、顺孙、劝人为善者，不在禁限。
当然，限制的作用是有限的，更聪明的做法是充分发挥戏曲的正面作用。所以朱元璋戏曲工作的另一个重点是树立通俗文艺的样板，引导戏曲创作的新风。有一次，朱元璋看到一出新戏，叫《琵琶记》，内容是说已婚的蔡伯喈中了状元，被宰相选中做女婿。在这出戏中，蔡伯喈不断在种种矛盾中挣扎：因为父母年迈，他不想赴考。但为了给国家作贡献，最终仍然赴试。为了服务君主，他就要做官，做官就要听宰相的话，可他又不想丢弃结发妻子。在内心挣扎斗争中，表现了他忠孝节义俱全的高尚品质。
这出戏是一部标准的主题先行之作，在第一出“副末开场”中，作者就这样点明了创作意图：“今来古往，其间故事几多般。少甚佳人才子，也有神仙幽怪，琐碎不堪观。正是不关风化体，纵好也徒然。”所以他创作这出戏的目的，不是像别的戏那样为了“插科打诨”，逗人一笑，而是为了要宣扬“子孝共妻贤”。
朱元璋看了这出戏后，大为激赏，当场批示说：“《五经》《四书》，是布帛栽粟，家家皆有。高明《琵琶记》，如山珍海味，贵富家不可无。”
认为这出戏在教化民众方面，作用甚至大于儒家经书。戏曲得到最高统治者如此褒扬，有史以来还是第一次。
朱元璋的批示使《琵琶记》成为教化戏曲中一面光彩耀人的旗帜，发挥了巨大的导向作用，促使明初戏曲创作出现了一种“道学风”。戏剧家邱浚在朱元璋思想的指导下创作了一出专门教化民众的《五伦全备记》，他在“副末开场”里这样表明创作目的：“搬演出来，使世上为子的看了便孝，为臣的看了便忠。”这出戏人人高大全，个个都是人伦楷模。形象干瘪，语言酸腐，不堪卒读。这种创作思路，自然导致明初杂剧内容无甚可观。
朱元璋的后人朱有炖本身就是一个重要剧作家，他一生著作收入《诚斋乐府》，共有杂剧31种。这些杂剧，除了点缀升平、歌功颂德的“庆贺剧”，就是荒诞迷信、消极颓废的“度脱剧”，再不然就是教忠教孝的“节义剧”，没有一出能让人看得下去。
为了教化百姓，朱元璋还重新厘定了鬼神的秩序。
朱元璋胆豪心雄，虽然当过和尚，但并不信迷信。洪武元年，他听说有一些新贵被“神仙之术”迷惑，成天练气功吃仙丹，琢磨着成仙，就把他们找来聊天，说神仙那玩意儿都是骗人的：“假使其术信然，可以长生，何故四海之内，千百年间曾无一人得其术而久传于世者？”就是说，如果练那东西真能长生不老，今天怎么看不到一个长生不老的人活在世上？
洪武五年，一位官员出差，回来后向朱元璋报告，说建昌出了个祥瑞，蛇舌岩上站了一个黄衣人，高声歌唱“龙盘虎踞势岧峣，赤帝重兴胜六朝，八百年终王气复，重华从此继唐尧”。声如洪钟，非常洪亮。歌唱完了，黄衣人就消失了。说是这个事许多人都亲眼所见。
朱元璋听完汇报，并不相信。他说：“明理者非神怪可惑，守正者非谶纬可干。事涉妖妄，岂可信耶？”所以他向来不喜欢搞祥瑞那一套。有一年，淮安等地进献“瑞麦”，群臣称贺，朱元璋斥责说：“盖国家之瑞，不以物为瑞也。”
然而，为了统治国家，朱元璋把目光投向了鬼神的世界。他深知鬼神对普通百姓意义重大。他说：“世之所以成世者，惟人与神耳。”如果“世无鬼神，人无畏矣”。对鬼神的惧怕心理，可以拿来为他所用。
开国之后，他就开始了对鬼神们的管理。洪武三年，朱元璋觉得历代王朝给诸神加上各种各样的封号太多太乱，于是下令清理整顿，整齐划一，统一了鬼神们的名字，规定了他们的等级地位，将“天皇”、“太乙”、“六天”、“五帝”等这些古代礼典中没有记载的神赶出了神仙队伍，又将全国各地城隍诸神号去掉历代所加封爵，只称某府州县城隍之神。
朱元璋对鬼神队伍整顿的另一个重大举措是历史上头一次将城隍及其辖下的众小鬼正式列入国家祀典之中。城隍原本是一种民间信仰，历代都没有入国家法定的祀典。但出身底层的朱元璋深知城隍神的力量。在民间故事中，城隍经常行善报恶，与老百姓生活息息相关。所以洪武二年（公元年），朱元璋“封京都及天下城隍神”，还诏天下府州县立城隍庙，使城隍进入国家的祭祀体系中。
他命令地方官带领百姓每年祭祀城隍，他规定的祭文中这样说：
凡我一府境内人民，倘有忤逆不孝，不敬六亲者；有奸盗诈伪、不畏公法者；有拗曲作直，欺压良善者；有躲避差徭，靠损贫户者；似此顽恶奸邪不良之徒，神必报于城隍，发露其事，使遭受官府。轻则笞决杖断，不得号为良民；重则徒流绞斩，不得生还乡里。若事未发露，必遭阴谴。使举家并染瘟疫，六畜田蚕不利。如有孝顺父命，和睦亲族，畏惧官府，遵守礼法，不作非为，良善正直之人，神必达之城隍，阴加护佑，使其家道安和，农事顺序，父母妻子保守乡里。
因此祭祀城隍的过程，也是一个愚民的过程。他本人曾坦率地对宋濂说，尊崇城隍的目的，不过是威吓百姓而已：“朕立城隍神，使人知畏。人有所畏，则不敢妄为。”