中国加入世界贸易组织是“中美国”形成道路上的重要环节。1999年，世界贸易组织批准中国加入，2001年12月中国正式成为世界贸易组织成员国。此时，美国刚刚遭受了“9·11”恐怖袭击。美国、欧洲以及世界上大多数国家都将矛头指向了基地组织和阿富汗塔利班武装政权，历史由此发生了重大转折。中国成为世界贸易组织成员国是现代国际社会的一件大事，但中国加入全球自由贸易体系并不意味着流血和牺牲，而美国对恐怖主义开战就如同把未来作为惊险的赌注。
贸易谈判是一项长期、艰苦而枯燥的工作，它涉及数百个行业和上千种商品的谈判，以及无法用数量衡量的国家利益的博弈。世界上任何一个国家都会在全球贸易中保护自己国家的农业，因为从历史上看，无论处于何种社会制度之下，国家政府所面临的最大挑战都是能否保障持续的、充足的粮食供给。参与全球自由贸易会挤垮很多国家原本健康的农业，因此在贸易谈判中争取有利的条件是与其他国家开展贸易竞争的基础。粮食也是商品，与其他商品一样，粮食产量在世界各地也不均衡，有的地区是重要的产粮基地，而有的地区则要依靠粮食进口。粮食谈判是国际贸易谈判的核心，也是造成谈判过程复杂而艰难的原因之一。
在贸易谈判中，国内工业和制造业是另一个热点话题。发展中国家有充足的理由担心它们的工业无法与技术更加纯熟、资本更加雄厚的发达国家竞争。而发达国家则想通过自由贸易协定降低发展中国家的贸易壁垒，从而扩大发达国家的产品在世界上的销售范围。这样的想法也是可以理解的。因此，在各个国际贸易组织中，发展中国家和发达国家的博弈无时不在。当每一次有新的国家，尤其是像中国这样的大国申请加入世界贸易组织时，各种敏感话题就会浮出水面，成为申请国能否加入的核心问题。
20世纪90年代，中国加入世界贸易组织的过程还是比较顺利的，主要因为这一时期是中美两国关系自1949年以来最好的时期。克林顿政府的决策不只是由总统作出的，还有全世界最优秀的经济学家的参与，如劳埃德·本特森、罗伯特·鲁宾、劳伦斯·萨默斯、艾伦·格林斯潘等。他们都相信，全球自由贸易不仅会使美国受益，还将惠及整个世界。美国的自信、强大的经济和军事实力，加之因互联网的兴起而造就的新的世界秩序，都预示着美国将成为未来国际社会和平与稳定的首要力量。美国最大的挑战来自中国，因为中国是共产主义在全球最大的支柱。而如今中国也在吸收西方世界的一些思想。
在江泽民作为领导核心的时期，中国政府致力于加入世界贸易组织，这一举动表明，一方面中国要成为参与世界发展的大国，另一方面也是一个有利的信号——中国政府要将改革进行下去，并带领中国人民建设更加繁荣的社会。中国政府决定，由朱镕基总理负责监督中国加入世界贸易组织的谈判进程，这也意味着中国政府在中国加入世界贸易组织这一问题上的严肃态度。朱镕基承担这一工作，是向国际社会表明：中国要坚持邓小平开创的改革路线并将改革进行到底。
中国的快速发展和财富积累激发了中国人强烈的民族主义情绪，如今这种情绪中还有一些对西方“帝国主义”的不信任。因为在19世纪末和20世纪初，中国曾遭受过西方列强的侵略。
中国对西方世界的不信任情绪从未像今天这样公开化。每一次当美国参议员和国会代表就中国的人权、民主和法治等问题提出异议时，中国都会认为这是西方国家对中国内政的干涉。当美国代表反对中国以发展中国家的身份加入世界贸易组织时，中国方面将之视为对中国主权的削弱，并认为这是西方国家试图干涉中国内政的图谋。
中美关系在1949年以后出现逐步恶化的趋势，美国兴起了“谁丢失了中国”的讨论，美国对中国加入国际组织采取了遏制政策。这种情况直到尼克松访华才有所改变。1972年，尼克松出人意料地访问北京并与毛泽东会晤，这为两国摒弃意识形态纷争，在互利合作的基础上建立新的外交关系打下了基础。然而，中国对美国的“不信任”却始终伴随着两国关系的发展。
从亚洲金融危机的阴影中走出来后，中国领导人决心加快中国的发展速度。中国领导人致力于将国际贸易谈判向前推进一步。通常情况下，发展中国家在申请加入某个由西方国家（美国或者欧盟）主导的国际组织时，处于谈判下风，而中国则不同，因为中国不欠西方国家的债务。当朱镕基意识到中国必须在谈判中作出让步时，中国国有资本的优势就显现出来了，并成为中国在国际自由贸易面前不受损失的保护伞。中国仍然对国家资本的流入和流出进行严格控制，资本控制措施如同一个大坝将全球资本的巨浪拦截在外了。为了加入世界贸易组织，中国同意逐步削减关税，并逐渐向外国企业开放国内市场。但是，朱镕基心中有一个时间表，他没有在加快开放中国市场的时间问题上向西方国家妥协。中国政府的策略很简单：同意世界贸易组织对中国提出的加入条件，但是在降低国家贸易壁垒的时间问题上，中国坚持用10年的时间逐步放开国内市场。20世纪90年代初，俄罗斯由于开放国内市场步伐过快，从而导致了诸多问题的出现。中国在这个问题上当然不会再犯同样的错误。
中国在开放国内市场的时间表上的坚持引起了美国的不满，很多美国国会议员和企业领导人都认为中国的经济秩序与典型的发展中国家不同。中国拥有更多的社会阶层，经济更加成熟，更有潜力成为美国的竞争对手。事实证明，美国人的担心是正确的，20世纪90年代末，中国经济的发展水平较前些年有了长足的进步。但是，中国仍然是一个农业大国，沿海的发展和北方工业地区的落后并存，当时国家经济发展主要依赖政府的财政投入。
经过无数次会议和数千小时的讨论后，参加谈判的各国部长和贸易官员就很多问题进行了磋商。这些问题主要包括：美国和其他外国保险公司何时、在什么条件下可以在中国开展业务？外国企业可以拥有中国电信公司多大的份额？外国银行在中国可以开展哪些业务，什么时候可以开展这些业务？中国对国内工业（如钢铁业和纺织业）的保护究竟要维持在什么限度内？外国律师事务所在中国何处可以合法经营？这些问题一旦达成一致，最后的协议签署工作就留给当时中国总理朱镕基和美国总统克林顿了。
虽然世界贸易组织有100多个成员国，但是美国以其强大的实力，对世界贸易组织的决定具有实质上的否决权。当然，其他成员国捆绑在一起也可以对美国的决策起到牵制作用。1999年春天，随着中国加入世界贸易组织的谈判进入最后阶段，华盛顿方面产生了对中国加入世界贸易组织的焦虑。然而在中国，也有一部分人反对选择加入由美国主导的全球自由贸易体系。
为了解决所有的棘手问题，朱镕基于1999年4月抵达华盛顿。这时克林顿被“莱温斯基性丑闻案”搞得十分疲惫，媒体的焦点都集中于此，无暇顾及其他。就连美国出兵科索沃、伊拉克禁飞区上空气氛紧张、将对中美关系未来几十年发展产生重大影响的朱镕基访美等事件，都无法取代“莱温斯基性丑闻案”占据报纸头条的位置。
朱镕基在美国展开了一系列的魅力外交攻势，他在公开场合亮相，还接受媒体专访。在接受《华尔街日报》采访时，朱镕基强调，中国已经无数次对美国所提出的要求让步，尤其是放松了关于外国企业拥有中国公司控股权的限制。他说：为什么中国要作出这些让步？原因是，我们想要维系中美两国之间的友好合作前景，以此为基础建立两国间建设性的战略伙伴关系……我们始终认为，中国不是美国的对手，更不是美国的敌人，而是美国可以信赖的朋友。
与中国有贸易关系的企业愿意听到这样的声音，如美国的联邦快递公司，然而其他企业则对中国领导人的如此表态不以为然。美国企业界热衷于看到中美关系正常化，并支持中美两国开展双边贸易。左翼人士认为，美国企业这样做是以美国工人的利益和国家经济安全为代价的。而右翼人士则坚持“冷战思维”，把共产党视为仇敌，拒绝与中国往来。无论是左翼还是右翼，反对加强中美关系的人都担心，中美两国走得太近会使中国轻易地获得美国的资本和技术，中国人会利用这些资本和技术发展军事、加强国力，在一些关键问题上与西方抗衡。
当美国公众的目光被“莱温斯基性丑闻案”吸引时，白宫方面和贸易谈判代表还像往常一样工作着。1999年4月末，朱镕基和克林顿就中国加入世界贸易组织的一些重要问题达成一致。尽管美国同意中国以发展中国家的身份加入世界贸易组织，但是中国也在美国的要求面前作出了巨大让步，尤其是在电信领域。当时以电子信息和互联网为代表的“新经济”正值发展的顶峰，电子通信业被视为极为重要的行业。朱镕基同意面向外国电信企业采取更加开放的政策，同时给予美国纺织企业一定的保护。尽管朱镕基在与克林顿的谈判中付出了巨大的努力，但是克林顿最终还是无法签署中美双方已经达成的协议并提交国会批准。其中的原因是，克林顿过多地受到“莱温斯基性丑闻案”的负面影响，并要准备应对来自美国参议院的弹劾。此时，克林顿已经没有把握他与中国的谈判结果能够获得国会通过。
朱镕基的美国之行对中美两国关系的未来而言，具有决定性意义。在朱镕基到达美国之前，除了“莱温斯基性丑闻案”之外，占据美国新闻头条位置的还有在新墨西哥州洛斯阿拉莫斯国家实验室（Los Alamos National Laboratory）发生的“中国核间谍案”。来自中国台湾的华裔科学家李文和（en ho Lee）被怀疑帮助中国窃取美国的核技术，因此，李文和被指控为中国政府从事间谍活动。“李文和案”也对朱镕基访美产生了相当大的负面影响，此后由美国国会委员会发表的《考克斯报告》将这一负面影响推向了极致。
克里斯托弗·考克斯（Copher Cox）是来自加利福尼亚州的一名共和党议员，后来成为美国证券交易委员会主席。他在国会委员会任职期间，用了几个月的时间进行了一项秘密调查，并撰写成了一份700页的报告，也就是所谓的《考克斯报告》。《考克斯报告》声称，中国从20世纪90年代开始就一直在窃取美国的核技术，并利用窃取来的技术发展中国自己的核军工，这可以解释为什么近年来中国核力量呈现突飞猛进的发展态势。该报告还断言，美国过多地依靠大企业对核心机密进行保护，这种做法是不稳妥的。因为企业在追求自身利益最大化的同时，并不能绝对有效地保护这些核心机密的安全，有时候还可能使这些机密有泄露的危险。相对于实现企业的商业目标来说，对涉及国家安全的核心机密的保护有时不会被企业放在优先考虑的位置。《考克斯报告》完成于1999年1月，但直到5月份才被美国国会公开，此时朱镕基已经返回了中国。
《考克斯报告》给已经备受打击的中美关系又添加了不和谐的音符。就在《考克斯报告》被公开前不久，北约的飞机在贝尔格莱德炸毁了中国驻南联盟大使馆。美国向中国道歉时说明的原因是地图错误。中国人表示对美国的解释难以接受：世界上最先进的军事强国怎会犯下如此低级的错误？中国驻南联盟大使馆被炸引发了来自中国国内的抗议。
在美国看来，中国的抗议行动是中国表达不满的信号，它加深了两国之间的隔阂与矛盾。在美国轰炸中国驻南联盟大使馆之前，华盛顿政府就已经通过了一个协议草案，目的在于防止与中国就其加入世界贸易组织的问题达成一致。一直反对中美两国建立友好关系的人认为，中国的抗议活动是中国政府有意为之，持有这一观点的代表人物有北卡罗来纳州的共和党参议员杰西·赫尔姆斯（Jesse houings）。在这样的形势下，1999年5月末，中美两国贸易谈判达成一致的可能性已经很小。
1999年的中国已经与西方世界产生了密切的联系，并想融入全球经济体系当中。由于历史上遭受过西方强国的入侵，中国对美国始终保持警惕。在驻南联盟大使馆被炸后，中国人群情激昂，反美情绪持续高涨。伴随着这种情绪，中美关系迅速恶化，仿佛陷入停滞并向反方向发展。
然而，事实并没有看起来那么糟糕。出乎很多人意料的是，在很短的时间内，两国政府又重新回到了谈判桌前。朱镕基在北京重新开始谈判进程，克林顿也在国会内部支持派的扶持下重新开始了总统工作。这次他们选择了避开公众目光，进行秘密会谈。
世界贸易组织也积极推动两国谈判的重新启动。通过签署《北美自由贸易协定》，美国政府和商业界看到了自由贸易带来的好处，因此他们希望自由贸易的领域继续扩大。然而，对于普通民众来说，他们却不愿意看到这一结果，因为他们认为自由贸易发展越迅速，老百姓付出的代价也就越大。当“全球化”一词被广泛使用时，人们对全球化的担忧也显现出来。“新经济”的发展掩盖了世界经济本来的面目，当硅谷的企业变得越来越富有时，数百万美国工人的生活却每况愈下。计算机的应用大幅提高了劳动生产率，但却让大量的工人失去了工作，因为现在生产同样的产品所需要的劳动力减少了。除了技术本身带给普通美国人的威胁以外，中国也被视为美国工人的巨大威胁。中国与10年前的墨西哥一样，被看做美国工作机会的抢夺者。中国的工资水平低于美国，因此在生产成本方面较之美国具有明显的优势。一些美国人原本就反对共产主义，再加上对失去工作机会和工资停滞不前的担心，使这些人形成了一个强大的利益集团，他们不想看到中国和美国走得过近，也不愿意看到美国与世界上其他国家建立紧密联系。
被“莱温斯基性丑闻案”搞得筋疲力尽的克林顿在政治上也陷入了低谷。他关于全球化能带给美国人更多机会的判断在国内变得毫无说服力。由于缺乏政府强有力的政策信号指引，反对派利用这个机会引导公众舆论。与此同时，朱镕基为了推进国有企业改革并使国有企业更具竞争力而不知疲倦地工作，他所进行的银行系统的改革也遇到了巨大的阻力。朱镕基想让中国通过加入世界贸易组织而参与到广泛的全球竞争中来，因为他坚信，只有这样才能尽快使那些效率低下、经营不善的企业在市场竞争中脱胎换骨。
在沉寂了几个月之后，9月中旬，中美两国突然宣布已经就中国加入世界贸易组织达成了一致意见。美国贸易谈判代表沙琳·巴尔舍夫斯基（Charlene Barshefsky）和时任中国外经贸部部长的石广生在两国贸易谈判协议上签字。由巴尔舍夫斯基和石广生签署的协议仿佛向人们表明，这是一个全新的、非同一般的两国协定。
中美两国贸易协定的签署令商界领袖们欢欣鼓舞。美国德州仪器公司的一名管理者说：“这样我们将会在中国获得更好的投资机会。”尽管外国公司在与中国企业的合资中控股比例比想象的要低，但是中美谈判双方制定了一个时间表，将使这一比例逐步提高。外国银行起初不允许在中国从事零售业务，但是几年之后，这些银行可以扩大面向中国普通消费者和公司客户的业务。其他领域的情况也大同小异，如汽车业和保险业。通用汽车公司对中美谈判结果表示满意，它不仅能够取得合资公司更大比例的控股权，还可以在中国建立通用汽车金融服务公司，为公司客户提供贷款和租赁服务。尽管通用汽车公司在美国的经营遇到了困难，但在中国却获得了丰厚的利润。贸易协议还对中国降低进口农产品关税设定了时间表，并就中国降低粮食、钢铁和其他工业品的出口补贴达成了一致意见。原先，中国通过出口补贴对这些行业进行保护。大多数的补贴以及其他贸易壁垒将随着时间的推移而逐步取消，协议规定，这项工作会在2005年全部完成。
中美两国的协议还要等待美国国会的批准，而对中国政府来说，最重要的是要帮助国有企业提高效率，应对市场化的冲击。中国同意美国对纺织业进口保持一定的限制措施，因为在中国，t恤衫、文胸、运动鞋等每一种产品的生产成本都要低于美国。而且，中国还决心在知识产权保护问题上采取更加严厉的措施。
不管各国政府作出何种承诺，贸易协定本身和世界贸易组织都会将全球经济引向“比较优势”的轨道，而不再单纯考虑各国的国家利益。比较优势是现代经济学的重要理论，是19世纪初由经济学家大卫·李嘉图最先创立的。比较优势理论主要讲的是，在自由市场中，资本应流向其可能发挥最大效率的地方，而商品则在成本最低的地方生产。在全球自由贸易过程中，一个国家的工业遭受了损失，这个国家的消费者可能会享受到更加低廉的商品和服务。然而，现实情况却是很复杂的。贸易和生产模式的改变可能会使一部分人受益，但同时肯定会牺牲另一部分人的利益。技术的发展使美国、欧盟和其他很多国家的传统生产方式发生了变化，如果再一味地遵循传统经济学理论，那么可会在现实中遇到更大的难题。
总而言之，贸易壁垒和贸易保护在中美两国的谈判过程中被反复协商，中美两国为消除贸易壁垒设定的时间是2005年。反对者们对两国的协议提出了质疑：一旦到时贸易壁垒不复存在，生产按照最大效率和最低成本原则进行配置，资金将流向未来发展潜力巨大的市场，这样一来，任何一个国家都无法掌控自己的经济命运，而且这种情况一旦发生，将无法逆转。
1999年年末，世界贸易组织在美国西雅图召开会议，就下一轮全球贸易协定展开讨论。中国还与美国和欧盟分别进行双边贸易谈判。在西雅图会议召开期间，美国大批反对全球自由贸易的示威者在会场外集结，他们不只是反对中国加入世界贸易组织，还反对自由贸易本身。反对者认为，全球自由贸易如同一场残酷的竞赛，胜利的一方（主要是一些跨国公司）从全球化和自由贸易中得到了好处，而失败的一方（大多数是普通民众）则付出了巨大的代价。
参加世界贸易组织西雅图会议的代表来自135个国家，他们在美国遭遇了民众的愤怒抗议，这种场面自越南战争结束以来在美国还从未有过。催泪弹、碎玻璃、被焚烧的汽车随处可见，有人在骚乱中受伤，有人被警察逮捕。据统计，参加抗议示威活动的多达几万人，他们中有些人针对的是世界贸易组织缺乏环境保护方面的议案，而有些人则因为工人权利问题向世界贸易组织发难。美国最大的工会联盟劳工联合会—产业工会联合会（简称劳联—产联）也对全球自由贸易和中国加入世界贸易组织表示反对。一位劳联—产联的发言人说：“我们认为，一旦中国加入世界贸易组织，我们将没有能力为工人去争取福利。”
克林顿政府并没有忽略抗议者的要求，克林顿和副总统阿尔·戈尔都在全球贸易谈判中尽力保护美国工人的利益。但是，在劳联—产联看来，政府在争取工人权利、改善工厂条件和环境状况方面做得还远远不够。事实上，美国的两党领导人，包括已经获得党内总统候选人提名的戈尔和小布什，都支持世界贸易组织吸纳新的成员国，也愿意看到中国的加入。当然，这与西雅图示威者的意愿是相违背的。
西雅图的抗议活动无法扭转全球贸易自由化的大趋势。参加贸易谈判的各国部长并没有受到示威者的影响，而是坚决推动自由贸易向前发展。他们认为，一个更加开放的全球贸易体系符合所有人的利益。1999年，美国媒体对中国和全球贸易给予了过多关注。从2000年3月开始，媒体的焦点开始转向纳斯达克股市，纳斯达克指数在达到最高点之后开始急转直下，互联网和电信行业的泡沫也随之破灭。在欧洲，欧盟将重点转移到内部事务上来，各成员国对欧盟的扩大和巩固等问题进行商谈。在中国，朱镕基正着手应对国内改革，尤其是银行系统改革和金融体制改革。“9·11”恐怖袭击事件震惊了世界，再次把各国的目光聚焦到一点，共同打击恐怖主义成为全球的共识。在“9·11”恐怖袭击事件发生以前，中美关系还曾经一度紧张。美国一架间谍飞机在中国南海与中国的一架海军飞机相撞，并紧急迫降至中国的一个军用机场。但是由中美撞机事件造成的两国关系紧张很快就被北京申办2008年奥运会的成功所冲淡，因为在国际奥委会会议上，美国支持中国申办。
在经过了一系列的突发事件后，中美关系在1999年之后降至低谷。2001年12月，中国正式加入世界贸易组织，但这并没有引起美国政府的重视，因为此时美国政府的关注焦点在于如何打击阿富汗塔利班政权，如何找到恐怖主义头目本·拉登。而此刻中国正在巩固香港回归后的繁荣，着力将上海打造成世界性的金融中心。