对于丈夫的这些作为，马皇后深为忧虑。
马皇后是一位极有正义感又极善良的皇后，有时她的善良得甚至显得天真。朱元璋定天下的时候，她虽然对丈夫千依百顺，只要丈夫需要，她就做一切力所能及之事，如亲制军衣军鞋，又如统率部属妻儿，或者将所有财物尽数犒军。不过这些事情对于她来说，只是恪守夫唱夫随而已，对于丈夫的雄心壮志，她也表示赞襄，只是她同时热切地希望并向丈夫进言：“男儿建功立业，你要定天下当然是好事，可最好是多行仁义以正道取胜，尽量不杀人少杀人才好。”
对于妻子的说法，朱元璋“善之”，不过可以想见他也只是“善”妻子的温柔敦厚，对于自己娶了个好女人高兴，而不是“善”妻子的意见。此后无论行军还是施政，他仍然往往在一片草菅人命的血雨腥风中进行。在权势富贵的斗争中，君子行径和偶尔的善念，只会让自己陷入万劫不复的境地。而朱元璋不但将这一点奉行不渝，而且发挥到了极端。朱元璋一定不明白，妻子读了那许多书史，怎么在这方面偏跟自己差这么远。
为了劝谏丈夫宽待臣民，凡事三思，马皇后以“宋多贤后”的名义，在后宫中讲训宋朝家法。对于皇后的用意，曾有识窍的宫妃试图阻止，说宋朝治国理家过于仁厚，不足以效法。马皇后立即反驳：“过于仁厚有何不好？总要比刻薄好吧！”她又有意反问妃嫔：“黄老之术是什么？为何汉初窦太后好此？”妃嫔答道：“清净无为为本。若绝仁弃义，民复教慈，是其教矣。”马皇后据此叹道：“孝慈即仁义也，讵有绝仁义而为孝慈者哉？”
朱元璋时常因为宫人的细微过错发怒，每逢这时马皇后也故意发怒，抢在朱元璋处罚之前下令将犯错的宫女送往宫正司议罪。朱元璋对妻子的做法非常不解，问皇后为什么？马皇后回答：“帝王不应以自己的一时喜恶决定刑罚封赏。陛下你在大怒之时判罪，只怕宫女所受处罚会过于畸重。交给宫正议罪就会合适些。也希望陛下你在朝堂之上不要凭一时情绪就决定臣民罪罚，将论罪之人交给司法机构会更好些。”
可惜，朱元璋虽知妻子谏言的用意，但是他仍然不愿改变自己的处事方法。马皇后不得己，只能趁着他退朝还宫时，抓住少得可怜的机会劝说。亏了马皇后的力量，总算还是有好些人的性命得到了缓救。
曾经有人向朱元璋报告，说参军郭景祥的儿子企图谋杀父亲，朱元璋立即暴怒，下令处死这个儿子。此事幸亏被马皇后听见，她立刻拦住，说：“郭景祥只有这么一个儿子，万一人言有误，你这不是把郭家的后代都给绝了吗？！”朱元璋这才反应过来，连忙召回杀手，派人去调查，果然是有人企图借皇帝的凶暴性子坑害郭家。
李文忠是朱元璋早死的大姐的儿子，自幼跟随在朱元璋身边，做了他的养子，十九岁便成为一员骁将，为明王朝第三大功臣，于洪武二年封曹国公。他后来奉命镇守严州，有人告他行止不法，朱元璋也立即听信，打算将他召回来处治。马皇后劝说道：“临阵换将不宜，何况文忠多年紧随，一向贤能，难道别人一句话就可以这么相信？”这才救了李文忠的性命。而事实不久大白，果是诬告。
宋濂是明初大儒，被公认为是世间第一才子，不但是太子老师，还主持编撰了《元史》。他本人也一向小心谨慎，总算平安退休。偏偏他的孙子宋慎被牵连进了“胡惟庸案”，倒霉的宋濂明明毫无过错竟也不能幸免，朱元璋非要把一大把年纪的他捉来处死不可。
面对老师的悲惨结局，太子朱标伤心欲绝，苦苦向父亲哀求，马皇后也去求情：“老百姓对子弟们的师父，尚且要礼敬终身，何况天子之家？再说宋濂早已无官无职隐居乡里，也不可能被人网罗谋逆。”朱元璋却不肯听从。丈夫对无罪的老臣如此无情，马皇后感到非常悲愤，于是当朱元璋吃饭的时候，她摆了满桌素菜，一点酒肉都没有。朱元璋问妻子为什么？马皇后回答：“妾要为宋先生做福事。”朱元璋见妻儿如此场面，没了办法，饭也不吃，丢下筷子就走了。
第二天，朱元璋终于下令免掉宋濂的死刑，改为谪配茂州。只可惜老迈的宋濂难以面对家破人亡子孙丧命的惨境，到茂州后不久还是忧愤而死了。
沈秀是中国富豪史中的一个奇迹，此人出身贫寒却白手起家，在明初时已经成为富可敌国的人物，以致于人们传说他拣到了一只“聚宝盆”，又说他挖到了逃亡的元将元帝藏财，称之为“沈万三”。在修筑南京城墙时，初建的明王朝财力有限，沈万三主动提出要出三分之一的费用，又愿意出钱犒军。
沈秀的表现若是遇到了汉唐宋各朝皇帝，多半能得到嘉奖，现如今遇上节庆，百姓们也一样能来个“军民联欢”，送些慰劳品。可惜沈财主偏偏遇上了朱元璋。这位出身赤贫的皇帝对于“富人”有一种近乎畸形的痛恨，听了汇报后立即借题发挥：“一介平民竟敢来犒劳军队，莫明其妙！得要立即杀掉。”马皇后虽然明知丈夫是在胡扯，也只得顺情劝说道：“我听说法令只用于诛杀不法之徒，而不能用于诛杀不祥百姓。沈秀做为不祥之民，自有上天降灾于他，您何必动用刑罚？”朱元璋这才悻悻然地改判沈秀流放云南。
朱元璋又下令犯罪的囚徒筑城，马皇后说：“赎罪罚役，国家至恩。但疲囚加役，恐仍不免死亡。”认为犯人已经疲惫不堪，若再服苦役只怕不免丧命。朱元璋听从了劝告，赦免了众犯人。
凡此种种，都说明了一个事实：当朱元璋以极端的方式大火力猛治家国的时候，人们只有在马皇后这里，才能找到一丝安慰，看到一些指望。
可惜的是，马皇后不是神仙，她也是一个生死病死的普通人。
洪武十八年（公元1385），马皇后卧病。八月，皇后的病情逐渐变重，群臣都请求广觅良医。而朱元璋的情绪也随着妻子的病情起伏不定，他对着各处召来的名医大发雷霆：“如果救不了皇后，我就要你们的命！”
病榻上的马皇后听说了这个消息后劝说朱元璋：“人生在世，生死有命，祷祀又有何用？至于医生，也救不了命数当死之人！何必为我而罪连诸医？”朱元璋虽然应允了妻子，但是对丈夫的冲暴性子非常了解的马皇后却仍然从此拒绝服药，坚决不给丈夫在自己死后杀戮群医的理由。
妻子不肯服药，朱元璋虽然贵为皇帝也没有办法。很快，马皇后的病情急转直下，终于到了弥留的时刻。马皇后临终时，朱元璋守在妻子的身边，问她还有什么话要说吗？马皇后说：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”就在八月丙戌这一天，五十一岁的马皇后离开了人世。九月入葬孝陵，谥“孝慈皇后”。
对于患难与共的妻子如此撒手，朱元璋十分悲痛，他不止一次当众恸哭。虽然他正在盛年，后宫又有许多嫔妃，但他从此再没有继立皇后。在他心目中，世上再没有其它女人配得上享有马秀英的地位。
对于后宫的女人孩子们来说，失去这样一位慈爱善良的皇后就更是无可挽回的损失，从此再没有人能够在易怒好杀的老皇帝面前保护他们，也再没有人能够那样真正发自内心地关爱他们了。宫人们做歌以寄托难抑的思念，歌曰：“我后圣慈，化行家邦。抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。”
也许是始终难忘夫妻之情，当十年后皇太孙朱允炆长大成人的时候，朱元璋为继承人选定的嫡妃是光禄少卿马全的女儿。在老皇帝的心目里，孙儿象自己一样娶姓马的女子为妻，应该是一件很值得安慰的事情。
永乐元年（公元1403），明成祖朱棣追尊母亲为“孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”，嘉靖十七年（公元1538），明世宗朱厚骢再次追尊马秀英为“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”。
史书多称马皇后为“千古贤后”，这样的称谓固然恰当，可是同时也多少让人觉得不是滋味。对于马氏来说，用这样的称谓恐怕既不合她的本意，而且扯上了权力意味，反而对她的品德是一种污渎。如果一定要说，那么马氏就是一个再典型不过的中国女人。看起来似乎柔弱，实际却无比坚韧，平时柔顺无争，面对人世的一切风云变幻时却有无比的勇气充分的智慧明智的判断，能够承担许多大男人都畏葸不前的艰难困苦。最典型的中国女人还往往拥有最难能可贵的善良，即使自己都吃不饱，也要省出口粮怜惜丈夫养活儿女接济别人。而马氏就是这样的一个女人。而她最与众不同的还有一点，正是这一点使无数人心服口服地称她为“千古贤后”。
——在中国皇后群里，出身贫苦的非常多，然而绝大多数在一朝登顶后都贪得无厌只知揽权享乐，从前的少少优点也往往荡然无存，显露出一副暴发户的丑恶嘴脸，对于自己出身的穷苦阶层翻脸无情。——而马氏，却将她的善良睿智克己为人从微贱时一直保持到了睥睨天下之后，并终身如此。