当胡适、陈寅恪及其家眷与毛子水等教授乘坐的飞机抵达南京明故宫机场时，王世杰、朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国等前往迎接。对这一不可多见的历史性场景，随行的《申报》记者作了如下报道：
胡适夫妇抵京［本报南京15电］北大校长胡适及夫人，十五日下午六时三刻自平乘空运大队专机飞抵首都，同行者有名史学家陈寅恪教授阖家，前平市副市长张伯谨夫妇及北平英文时事日报社长王云槐等。按总统日前曾遣专机于十四日赴平迎胡氏南来，然以故都局势陡紧，机场不能使用，致专机未克降落，乃延至十五日始完成是项使命。胡氏下机后，与莅临机场欢迎之王世杰、朱家骅、蒋经国、傅斯年、杭立武等握手寒暄。据云：平市军情十五日已趋松弛，人心颇为安定，旋即偕夫人赴总统府方面预为准备之寓邸休息，入晚除朱家骅等往访，谈平市教育界情况外，甚少宾客，且因旅途疲劳，就寝颇早，亦未外出。
就在胡适、陈寅恪等人飞南京的当天，国民政府行政院第二十九次会议通过，正式免除台大校长庄长恭职务，任命傅斯年为国立台湾大学校长并公示。对于这份公示，傅斯年并未理会，仍将全部精力用在抢救学人的奔波中。眼见与胡适同飞南京的学界名流太少，第二天，傅斯年再拟一快函代电，通过航空系统由平津路局转致北大秘书长郑天挺，急切要求对方再作努力。函曰：
天挺：
空运队可即派两架机到平，兄前信中所开三批名单，作一次走，又中航机亦可能到平，其他可走者，应即准备勿延，与剿总联络，务即办好送斯年。
此页乞转 北大郑秘书长天挺或清华梅校长！
弟 傅斯年一、今日（十六）中航五架大部空归，想校方未接头好，可惜之至，以后必须先集中，每人只能带随身行李，剿总协助，如协助胡校长是必须的！
二、通知时请千万勿犹疑，犹疑即失去机会。
三、必须事先集中，与中航联络好。
四、凡北大郑秘书长、或清华梅校长、或师大袁校长出证之搭客（教授及眷属）均不必在北平付款，在京由教育部直付。
又，大维甚记念其令妹大缜，乞兄务必问她一下，给她一个机会，至感！
一、决定二、集中三、与交通联络好四、剿总协助今日胡先生与总统谈及由总统指定三人小组，陈雪屏、蒋经国及弟，大绂则由弟联络，大维大买（卖）力气，每日调度至可感。只要以上□办好，而机接（新旧）可行（南按：原文如此），飞机要原原（源源）而来的。
十二月十六日快函发出，傅斯年与陈雪屏联名再向石树德发一急电：
急 平津路局石局长树德兄，请译转梅校长、袁校长、郑秘书长，筱晨，有一机到，如顺利当续有机到，名单包括四类：（一）各院校馆所行政负责人，如梅、李、袁、陈、胡、郑、贺、霍、褚、沈、汤、冯、舲、饶等。（二）因政治关系必离者，如朱、雷、刘、毛、梅、齐等。（三）中央研究院院士，如景钺、通夫、大绂、宗恩、宝騄等。（四）在学术上有贡献并自愿南来者，如今甫、莘田、廉澄、思亮、祖圣、三强、济慈、政烺、从文、廷祥、循正等，请会同分配列为数批，连眷属，约三百人，分次乘机，务须与剿总实斋兄，路局志仁兄切实联系，机到即走，不能观望稍有迟疑不决。
斯年 雪屏 铣十六日同日上午，陈寅恪携家眷由南京悄然赴上海，在俞大维弟弟俞大纲家中住了下来。一个月后，陈氏没有随国民党政府迁台，而是携家转赴老同事陈序经任校长的广州岭南大学任教（后并于中山大学）。自此，一代史学大师终生留在了南国这块潮湿温热的土地上。
陈寅恪赴上海，胡适与傅斯年应该知晓，在如此的乱世中，若上海有合适的住处，移至此处亦不失为一个好的办法，故并未放在心上。只是令胡、傅二人都没有料到的是，这一别竟是海天相隔，成为永诀。
就在陈寅恪携家赴上海的这天中午，蒋介石与宋美龄夫妇在黄埔路官邸专门设寿筵宴请胡适与江冬秀夫妇，胡适携傅斯年同行赴宴。平时请客从不备酒的蒋介石，特为胡适准备了上等好酒，提前一天为其贺寿，可谓破格示敬。胡氏当日行止，《申报》作了如下报道：
胡适校长偕夫人于十五日晚抵京后，十六日晨其友好翁文灏、陈立夫、陈雪屏、朱家骅、杭立武等均先后往访。胡氏并于上午十一时访新任台大校长傅斯年于中央研究院，把晤后即于十二时同赴总统官邸，应总统召宴，席间叙谈平教文界动态。晚教长朱家骅在其寓邸为之设宴洗尘，邀司徒大使、傅泾波、杭立武等作陪。京中人士关心平市教界动态者，均纷纷向胡氏探听一切。
就在胡适与傅斯年于中央研究院把晤并即将赴蒋介石官邸赴宴之时，远在千里之外的北京大学部分师生已拉开了校庆序幕，只是心情比南京方面诸位大员更为沉痛悲观。据《申报》驻平记者于当日下午六时三十分发出的专电称：“北大今在炮声中开始校庆节目，因胡适离平，主持乏人，展览讲演皆不能按预定节目进行，势将悄然渡过。在郊外之农院一部学生，今被迫入城，衣物有损失，并饱受虚惊，学生在孑民堂前痛哭流涕。”
12月17日，北大五十周年校庆正式开始，因校长胡适逃离北平，使校庆活动蒙上了一层阴影，其悲凉尴尬情形从媒体的报道中可以看到：
北大渡过校庆北大今在大炮与机枪声中渡过五十校庆，因胡适赴京，公推汤用彤主席，汤氏指出在此时庆祝校庆，应想到如何应付将来，并谓北大始终在进步中。徐悲鸿代表来宾致辞，赞美蔡元培之功绩。周炳琳代表校友致辞，反复强调五十年来之中国可谓多灾多难，北大生于此灾难中，并助成了每次的变故，故在今日枪炮声中，纪念北大五十寿辰，应再勇敢的承担起灾难。今日参加此简单仪式者不及百人，梅贻琦签到后匆匆离去，预定之讲演节目皆流产，展览会停开。
与北平遥相呼应的是，这天下午三时，由南京北大同学会主办的校庆活动在北极阁中央研究院大礼堂举行，这一天也正是胡适57岁生日。整个会场布置简单，礼堂正面悬挂故校长蔡元培遗像，共有200多位校友到场参加。会上，首由胡适“发表沉痛演词”，这是胡氏离平前专门赶写的一篇纪念箴言，本想在北平庆祝活动中演讲，但战争的炮火与局势的变化迫使他怀揣这份演词来到了南京，并于此时此刻以沉重的心情说道：“北京大学今年整五十岁了。在世界的大学之中，这个五十岁的大学只能算一个小孩子。……我曾说过，北京大学是历代的‘太学’的正式继承者，如北大真想用年岁来压倒人，他可以追溯‘太学’起于汉武帝元朔五年（西历纪元前124年）公孙弘奏请为博士设弟子员五十人。那是历史上可信的‘太学’的起源，到今年是两千零七十二年了。这就比世界上任何大学都年高了！但北京大学向来不愿意承认是汉武帝以来的‘太学’的继承人，不愿意卖弄那二千多年的高寿……”
演词中，胡适高度称赞了蔡元培与蒋梦麟主持北大三十年的功绩，谓经过蔡与蒋三十年的不懈努力，才使北大成为“一个继续发展的学术中心”，并称蒋梦麟是“一个理想的校长，有魄力，有担当”的校长。又说：“民国二十年（1931年）九月十七日，新北大开学了。蒋校长和全校师生都很高兴。可怜第二天就是‘九一八’！那晚上日本的军人在沈阳闹出了一件震惊全世界的事件，造成了第二次世界大战的序幕！”但自此之后到卢沟桥事变北大南迁的六年国难之中，北大“工作最勤，从没有间断。现在的地质馆、图书馆、女生宿舍都是那个时期里建筑的。现在北大的许多白发教授，都是那个时期埋头苦干的少壮教授……现在我们又在很危险很艰苦的环境里给北大做五十岁生日。我用很沉重的心情叙述他多灾多难的历史，祝福他长寿康强，祝他能安全的度过眼前的危难正如同他度过五十年中许多次危难一样！”
最后，胡适谓自己面临此次灾难“则已如一逃兵”，且称“乃一不名誉之逃兵”。言毕“声泪俱下，与会者几同声一哭”。
胡氏演讲完毕，由蒋梦麟致辞，蒋氏“语音沉重”，谓对时局“不事推测，言及将来，则以‘尽在不言中’五字”结束了简短的演讲，旋由傅斯年致辞。与胡、蒋二人大为不同的是，傅斯年摇动庞大的躯体晃晃悠悠登上讲台，先声夺人，以慷慨悲歌的语气道：“以北大五十年历史创造自由主义成新的精神为基础，认为过去虽未能获得现政府之扶助，但未来共产主义如有所成就，对自由主义将更摧残。”但他相信将来定有一个“朝代”“能就吾五十年来培养之自由主义种子，予以发扬”。据当时报载称：“傅氏自称悲观，但竟以乐观言之，博得多数人破涕为笑。旋复由朱家骅、狄膺致辞后，即至隔壁室痛饮佳酿。据校友会报告，所储佳酿共计百斤，但愿狂饮，不欲剩余。又十七日除为校庆纪念外，同时亦为胡校长诞辰，诸校友今日饮此之意，一为校庆，一为傅斯年之乐观者寿，再一即为胡校长寿。一时杯觞交错，极尽欢洽，至六时始散。”
正可谓：“《水调》数声持酒听，午醉醒来愁未醒。”书生们在南京搞的这场悲感交集的校庆于哭哭笑笑中总算过去，摆在面前的紧迫任务仍是尽快“抢救”陷入围城中的“学人”，鉴于北平方面无一点音信传出，傅斯年于焦急中再发一电：
特快北京大学郑秘书长毅生兄 北平速凑够一机人数约四十人后即急电雪屏，友人可走者均须搭此款机。
斯年元。
尽管南京方面急如星火，因解放军围城正紧，飞机降落与起飞地点皆成问题，南苑机场险象环生。12月19日上午，中央航空公司与中国航空公司联合组成五架大型客机冲破解放军的空中封锁，在南苑机场强行着陆，除抢救本公司人员眷属外还兼及部分文化教育界人士。据搭乘该机的戏剧理论家齐如山回忆说，早已集中的南行者接到号令，乘大卡车由永定门奔赴南苑，越过四五道战壕及卡子赶奔机场。刚要登机，在百步之外就炸响了一个炮弹，浓烟翻滚中，乘客惊慌失措，而飞机驾驶员更是惶恐不安，形势万分危急，所有飞机推助器都转动起来了。运行李的卡车也不敢等装飞机，掉头往城内逃跑，所有行李装了不到百分之一二。乘客更乱，纷纷登机，当最后一位站在飞机舷梯上尚未挤进舱门，飞机已开始前行了。往下一看，箱子、手笼、行李和水果等散落了一地，而最令人难过的是，有一两个小孩留在地上，“斯时飞机已离地，而送客之所有车辆，都已逃回，这两个小儿是无人照管了，真是伤心惨目，然而又无计可施”。——这应是北平南苑机场起飞的最后一批客机，此后机场不堪应用，好在北平“剿总”已在东单一块空地上抢修了跑道，可供小型飞机起降，此处成为南飞人员唯一的通道出口。
12月21日，清华大学校长梅贻琦率领第二批被“抢救”学人，于新修成的东单机场乘机起飞抵达南京。当天晚上，前往采访的《申报》记者发回了如下电讯：
政府派专机飞平救援各大学名教授之工作，因北平城内机场可资使用，已于廿一日开始，第一批教授及其眷属等廿四人，廿一日下午五时分乘专机两架先后飞抵京，其中有清华大学校长梅贻琦及李书华、袁同礼、杨武之、董守义、张颐、张起钧、顾毓珍、赵梅伯、江文锦等。专机抵达时傅斯年、陈雪屏及蒋经国等均至机场欢迎。据梅贻琦氏语记者，北平一周前确甚紧张，现已较前稳定，清华大学一度停课，现已复课，学校对于应变亦已有准备。记者询以如北方各校之校长及教授南来，是否仍如抗战时期相同，设立联合大学，梅氏称现与抗战时期不同，另设联大或无可能。
同日，《申报》驻北平记者于下午七时十分发回电讯，称：
平国私立院校教授撤退者，第一批廿一日，离平飞京，专机二架载去梅贻琦等廿四人，第二批将续于廿二日成行，教部已商得华北剿总同意，优先运教授撤离，专机系昨飞来，今晨试飞良好，但以市内新机场跑道松软，只能戴重三千磅，下午一时起飞，不离平之教授，决于廿二日成立联合会，并与当局取得联络。
就在梅贻琦等抵达南京的第二天，朱家骅在陈立夫等对立面的挤压下被迫辞教育部长职，政府任命梅贻琦继之。梅自称未能将大部分北平教授接运出来，深感惭愧，表示不能从命，旋提出辞职。如此一来一往，在政学两界产生震动的同时，也加剧了知识分子群体的恐慌。继翁文灏之后新任行政院院长的孙科，见梅氏不肯与自己同船共担艰危，只好请他并不怎么看得上的杭立武出面暂时代理，梅氏由此成为国民党在大陆统治时期最短命的教育部长。
关于梅氏为何放着高官不做，在风浪狂急、命悬一息的危难之时，还要拒绝政府伸过来的一根粗号救命稻草？细究起来，原因极其复杂，除梅氏不想与孙科等一群不成器的鼠辈为伍，正如媒体所言，梅自感没能把清华教授接运出来而“深感惭愧”。这一点并非虚妄，当时的清华大学中文系代主任浦江清在日记中有所披露：“南京派飞机接取若干大学教授，抢救到南京，是开了一个名单的，大概各校都有。北大接到这名单（北大应该抢救的名单，是傅斯年等所拟），秘书长郑天挺觉得不大好办，决定公开，使要离平者登记。结果是名单上有的，不想南行，有些讲师助教们本来有家在南方因故要南行的，抢得此机会。飞机到了南京，若干文化要人到场去接，以为有许多位名教授忠于党国毅然飞回了，竟大失所望，下来了许多不相识不相干的人。据说飞机上有不少空位，袁同礼的老妈子也上了飞机。成为一大悲喜剧。”正是这类悲喜剧的出演，梅贻琦认为自己扔下清华园师生，单独跑出来封官晋爵是不道德的。且当时的梅贻琦志不在此，他清楚地知道自己手握清华基金的分量，而凭借这份厚重的基金，完全可另辟蹊径，实现重建清华的梦想。因而，那顶凌空飞来、说不定哪一刻又飘忽而去的教育部长的纸糊帽子，在梅贻琦看来，不戴是明智的，而日后的事实也证明了他选择的正确。
当然，梅贻琦对自己未尽职责并“深感惭愧”的心理，对南京国民政府而言可能相符，对清华园师生来说就不见得吻合。或者说，清华师生对他的这个“惭愧”就不见得领情了，甚至一部分还表示反感，认为是矫情与荒唐的表现。此点从浦江清的日记中可看出一个大概，浦氏说：“上午出门，看黑板报消息。梅先生已飞京，与胡适等在京成立平津各院校迁移委员会。名称似如此，可笑可鄙。学校既不能迁，同人学生几全体在此，只有几位校长先生及极少数教授得到便利飞出去，还筹备什么南迁？是召集流亡教授，给予优待，我们留在这里的，便视同匪类了！读工字厅前教联会报，对于南京成立平津院校南迁委员会，大致讥评，并对于留在校内的态度不明的摇动分子加以警惕。”这段日记表明，留校人员对这个“南飞计划”与少数南飞人员并不买账，也不认同，且从心底里生发出一股抵触对立情绪。正因这一情绪，又繁衍出对校内态度不明的“动摇分子”加以警惕的敌对之心。而此时的“动摇分子”，不知对暗中射来的可怕的“警惕”眼光是否有所察觉，亦不知有多少此类分子最终南行。但可以想见的是，在不久的将来，随着解放军代表正式接管清华园，要想出走就难上加难。在未来的岁月里，那些未能南行的“动摇分子”，与坐在清华静等解放军前来解放的“坚定”者，形成了水火不容、势不两立的族群，当初的“摇”与“定”，成为革命与反革命的分水岭与试金石。在这块试金石面前，“摇”者成为“定”者监视和镇压的群鬼，而这一严重后果，是“动摇分子”们当初万万没有料到的。