1949年2月初，即北平和平解放后几天，受中共中央委托，吴晗、钱俊瑞等人接管了北京大学。继而，吴晗又以北平市军管会副代表的身份接管了清华大学和北平师范大学。至时，整个北平最重要的三所国立大学已完全握于中共的掌心。
这年5月，北平市军事管制委员会所属文化接管委员会决定，北大、清华、师大等三所大学成立校务委员会，以委员会为学校最高领导机构，主任相当于原来的校长之职。北大校务委员会常委、主任汤用彤，一批亲共教授如许德珩、钱端升、曾昭抡、袁翰青、向达、闻家驷等六人，另加讲师、助教和学生代表各一人共九人为常委。北大的教务长是曾昭抡，秘书长郑天挺，文学院院长汤用彤，理学院院长饶毓泰，法学院院长钱端升，工学院院长马大猷，农学院院长俞大绂，图书馆馆长向达。清华大学校务委员会常委、主任叶企孙；常务委员有陈岱孙、张奚若、吴晗、钱伟长、周培源、费孝通、樊恭僬（助教代表）、吕应中（学生代表）。教务长周培源，秘书长陈新民，文学院院长冯友兰，理学院院长叶企孙，法学院院长陈岱孙，工学院院长施嘉炀，农学院院长汤佩松，图书馆馆长潘光旦。师范大学校务委员会常委兼主任为毛泽东早年在湖南第一师范读书时的历史老师、语言文字学家黎锦熙。随着三校高层领导班子重组，北平教育界算是揭开了改朝换代后崭新一页。而这一页书写的第一个篇章，就是炮击“美帝国主义走狗胡适”。
1948年那个寒冷的冬日，吴晗奉中共高层之命派人劝胡适留在北大不要南飞，但胡适没有听从这位即将在中共阵营中蹿升发达的前爱徒的劝说，毅然登机南行。到达国民政府首都南京，胡对人多次提起自己曾说过不止一遍的话：“吴晗可惜，走错了路。”此话传入吴晗耳中，吴颇不以为然，认为这位前老师脑子灌水，老糊涂了。当北平地覆天翻，半壁江山易主，蛰伏在西柏坡一间黑屋里的吴晗露出头来，在乍暖还寒的阳光照耀下，以接收大员的特殊身份，气宇轩昂地接管、掌控了北大、清华局势时，大有飘飘然羽化登仙之感。面对北大红楼那斑驳的墙舍、老态龙钟的身影，正在羽化途中的吴晗蓦然回首往事前尘，越发感到胡适南飞是典型的狗坐轿子——不识抬举，是真正的“走错了路”。
对于“走错了路”的胡适，中共方面鉴于他那巨大的存在和影响，仍希望其回心转意，一头扎进自己的怀抱，最好是以翻然悔悟的形象，做含泪趴伏状轱辘到自己的套内。于是，中共采取双管齐下的战略对其进行两面夹击，具体操作方法是：一、继续派人通过秘密渠道做胡的政治思想工作；二、公开讨伐，施以颜色。而以公开声讨为主，暗中动作为辅。决策既定，立即施行，时年70岁的白胡子老头陈垣（字援庵），在炮火声中蛰伏了一阵子之后，随着风声渐息，再度出山，披挂上阵，于花落春去的北平照准“胡走狗”的屁股打响了第一枪。
1949年5月11日，《人民日报》发表出时任辅仁大学校长陈垣《给胡适之的一封公开信》，信中道：
去年十二月十三夜，得到你临行前的一封信，讨论杨惺吾《邻苏老人年谱》中的问题。……当我接到这封信时，围城已很紧张，看报上说你已经乘飞机南下了。真使我觉得无限怅惆。记得去年我们曾谈过几回，关于北平的将来，中国的将来，你曾对我说：“共产党来了，决无自由。”并且举克兰钦可的《我选择自由》一书为证。我不懂哲学，不懂英文，凡是关于这两方面的东西，我都请教你。我以为你比我看得远，比我看得多，你这样对我说，必定有事实的根据，所以这个错误的思想，曾在我脑里起了很大的作用。但是我也曾亲眼看见大批的青年都已走到解放区，又有多少青年，正在走向这条道路的时候，我想难道这许多青年——酷爱自由的青年们都不知道那里是“决无自由”的吗？况且又有好些旧朋友在那里，于是你的话在我脑海里开始起了疑问。
在兜完圈子之后，陈垣毫不犹豫地扣动了端在手中很久的二十四响驳壳枪的扳机，一串子弹喷射而出：
我现在明白了毛泽东的政治主张和实际情况，我愿贡献你这种版本，校正你孤证偏见的危险……在三十年前，你是青年“导师”，你在这是非分明胜败昭然的时候，竟脱离了青年而加入反人民的集团，你为什么不再回到新青年的行列中来呢？我以为你不应当再坚持以前的错误成见，应当有敢于否定过去观点错误的勇气。你应该转向人民……我现在很挚诚的告诉你，你应该正视现实，你应该转向人民，翻然觉悟，真心真意的向青年们学习，重新用真正的科学的方法来分析，批判你过去所有的学识，拿来为广大的人民服务，再见吧！希望我们将来能在一条路上相见。
在民国后期的学术界，就纯粹的史学而言，堪与陈寅恪较劲匹敌者，陈垣算是一位。作为一个药商儿子的陈氏虽没有受过正规史学教育，但靠自己的勤奋，著作宏富，成就斐然，在中国宗教史、元史、中西交通史及历史文献学等领域皆有开创性贡献，成为世界闻名的史学大师。20世纪20年代初，陈垣就被公认为与王国维齐名的世界级学者。1922年胡适曾断言：“南方史学勤苦而太信古，北方史学能疑古而学问太简陋，将来中国的新史学须有北方的疑古精神和南方的勤学工夫。”而“能够融南北之长而去其短者，首推王国维与陈垣”。1933年4月15日，前来中国访学的法国汉学家伯希和离开北京时，对前来送行的陈垣、胡适等学术界名流发表了简短的演讲，其中说：“中国近代之世界学者，惟王国维及陈先生两人……不幸国维死矣，鲁殿灵光，长受士人之爱护者，独吾陈君也。”自30年代中期以后，陈垣与学界异军突起的陈寅恪并称为“史学二陈”。正是鉴于陈垣既是稀世罕有其匹的史学大师，又是辅仁大学校长，胡适于解放军围城的逃死之际，想到的第一个人不是陈寅恪而是他。出乎胡氏意料的是，陈垣拒绝邀请，没有随其南飞，继续留在北平做他的校长。尽管此前胡、陈交谊笃深，且在五个月前还信函往还，但五个月后，陈垣竟像幼儿园的小朋友一样，如此痛快、绝情地与“我的朋友胡适之”决裂，说明政治形势急转直下，世道人心已发生了巨大裂变。
6月18日，在美国的胡适首次见到了陈垣的公开信，这是由友人送来的英文杂志FarEastern Bulletin（《远东通讯》，第2卷第22号，香港1949年6月4日）转载的《人民日报》信文内容。胡适眯着眼睛呈微笑状粗略阅毕，第一个反应是“其第一段引我给他最后—信的末段（Dec。13＇48），此决非伪作的。全函下流的幼稚话，读了使我不快。此公老了，此信大概真是他写的？”6月20日，胡适细读了陈垣公开信英译本，“更信此信不是伪造的（？），可怜！”
6月21日，胡适从6月15日的《华侨日报》上读到这封公开信的中文本，在当天的日记中记载：“我读了更信此信不是假造的，此公七十岁了，竟丑态毕露如此，甚可怜惜！”
尽管胡适在情绪上认定此信就是陈氏所写，但在心理上又不愿承认，而从情理上推断，陈氏的思想转变也没有如此快捷，因而对于信的真伪，胡适又在心中打起鼓来。到了6月24日，胡适又找来公开信的中文本，仔细阅读琢磨后，在日记中载道：“我今天细想，陈垣先生大概不至于‘学习’得那么快，如信中提及‘萧军批评’，此是最近几个月前发生的事件，作伪的人未免做得太过火了！”为了彻底查明此信的真伪，胡适还找来对陈垣熟悉、时正在美国的另一史家蒋廷黻，两人商讨后的结论是：“均疑陈援庵的公开信是他先写了一信，共产党用作底子，留下了一小部分作‘幌子’（如第一节），另由一个党内作者伪造其余部分。”这个猜想基本上是最后结论，但对于善于考证且无证不信的胡氏来说，心中仍不踏实。
经过大半年的疑虑与思考，证之对中共新政权形势发展的个人观察，1950年1月9日，胡适下笔写就了《共产党统治下决没有“自由”——跋所谓＜陈垣给胡适的一封公开信＞》予以发表。文中道：“……我在海外看见报纸转载的这封《公开信》，我忍不住叹口气说：‘可怜我的老朋友陈垣先生，现在已没有不说话的自由了！’有许多朋友来问我：这封《公开信》真是陈垣先生写的吗？我的答复是：这信的文字是很漂亮的白话文，陈垣从来不写白话文，也决写不出这样漂亮的白话文；所以在文字方面，这封信完全不是陈垣先生自己写的；百分之一百是别人用他的姓名假造的。”针对公开信的内容，胡适拿出自己擅长考据的绝招，从文字语言的形式和句子的语法结构、信文内容露出的漏洞、过失，及所谓宣传色彩三个方面，不厌其烦地举例归纳，强调此文是“改写”和“伪造”的。最后，胡适得出结论：“这封《陈垣给胡适的一封公开信》最可证明共产党统治下决没有学术思想自由。”
时势运转，风雨无常，常识都不是常新的，考证大师胡适对此文的考证索隐，可谓有对有错。据后来此文的参与者交代，文章虽是由他人代笔，但确是出于陈垣的本意。1990年6月，陈垣弟子刘乃和的弟弟，也是陈垣在辅仁大学的学生刘乃崇，撰写了一篇《不辜负陈援庵老师的教诲》的文章，对当年这封信的公案作了详细交代。刘文说：“有一天，陈老又让乃和姐来叫我，我到他家后，他说他已经看到了新的社会，新的国家，读到了新书，这都是过去没法子知道的，因此愿意把所见所闻告诉那些看不到听不到的人，比如他的老朋友胡适之，就随国民党政府走了，就不可能知道北平解放后的情况。我告诉陈老，我在石家庄看见《新华日报》上刊登蓝公武与胡适的一封信，他立刻说胡适走前也给我写过一封信，说罢就取出给了乃和姐，当时陈老就与柴师（指柴德赓，引者注）、乃和姐和我们共同研究，决定也用公开信的形式把自己所见所闻的新气象写出来。经过陈老反复讲述自己的意见，并征求我们的意见，由乃和姐执笔写出，再经陈老亲笔改定。由陈老与乃和姐同去范文澜范老住处，请他修改……”
继此文之后，直接当事人刘乃和于1994年又发表一篇《陈垣的一生》长文，对这段公案披露道：“我们共同研究也想用公开信的形式，把他所见所闻的新中国的新气象告诉还不知道的人。陈老让我执笔写了文章，4月29日定稿后，送给刚来北平不久的范文澜同志修改，5月11日，《人民日报》以《给胡适之的一封公开信》为题刊出。”二刘所言此信的出笼经过大体可信，只是对陈垣当时内心的探究较少，外人很难窥知陈氏真正的心理动态。信中提到的范文澜就是当年傅斯年访问延安时见到的那位号称头号马列理论专家，时为华北大学副校长兼历史研究室主任的老范。陈垣找范文澜修定此信，除了两人过去有一段交情，显然是怀揣向中共靠拢、表决心的算盘，其复杂的内心并非三言两语说得清楚。但无论如何，陈氏这一步棋在当时的形势下，似是走对了，由于率先对胡适这位昔日的朋友打响了隔海第一枪，尽管只打到屁股上，没有击中命门，令其当场倒地而亡，却引起了中共高层的重视和好感。后来，陈垣又经过一连串的杰出表现与锲而不舍的向党靠拢，终于在79岁的晚年光荣地加入中国共产党，算是了却了一件终身夙愿。