事实上，在陈垣跳出来向胡适打响第一枪之前，“倒胡”运动已经开始，只是在声势上没有陈氏这一枪直接和响亮，因而少为大众所知。
吴晗等人以军管会的名义接收北大、清华、师大后，即按照中共高层的旨意开始组织人员讨论胡适与“胡适思想问题”。冯友兰、俞平伯、朱光潜、沈尹默等众多学者出于各种原因，皆不同程度地在会议上向昔日的朋友、今日的仇寇胡适发难，并信誓旦旦地向中共派到学校的军代表承诺，一定要抛弃胡适四处贩卖的自由主义歪理邪说，膺服伟大的、在中国革命航程中具有灯塔地位和重大意义的马列主义光辉理论云云。稍后，以中共军代表身份进入清华园，实际主持校务的吴晗，在把冯友兰头顶的清华校务委员会委员、文学院院长两顶帽子整肃掉之后，继续对这位在西南联大时代差点成为国民党中央委员的哲学家实施排挤打压。无端丢掉官帽又遭挤压的冯友兰“心不自安”，开始琢磨在这改朝换代的大动荡、大混乱中如何见风使舵，东山再起。经过一段时间的冥思苦想，终于想出了一个奇招，但因事关重大，加之机会尚未成熟，这个奇招迟迟未能出台亮相。
苦苦等待的机会还是到来了，1949年10月5日，即新中国成立后的第五天，冯友兰风闻清华大学有许多教授开始向毛泽东写信表忠心，遂决定加以仿效，并要有所超越。在一番冥思苦想后，强按内心急促的跳动，泼墨挥毫写就一封效忠信，密封后托人送给已“缚住苍龙”的毛泽东主席。信中，冯沉痛地斥骂自己过去两次加入国民党，且差点当上了中央委员，谓自己在校内校外散布封建哲学，帮了国民党的忙，成了革命的反面典型与活教材。今后一定要痛改前非，改造思想，认真学习马列毛泽东思想，重新做人，争取用五年时间重新写出一部马列主义史观的哲学史，在学术上立功赎罪云云。
毛泽东接信，于10月13日写了回信，由一名解放军下级军官骑摩托车送至清华园冯友兰家中。信曰：
友兰先生：
十月五日来函已悉。我们是欢迎人们进步的。像你这样的人，过去犯过错误，现在准备改正错误，如果能实践，那是好的。也不必急于求效，可以慢慢地改，总以采 取老实态度为宜。此复，敬颂教祺！
毛泽东十月十三日冯友兰于1918年夏天北大毕业之际，正是毛泽东从湖南进京并在北大图书馆当一名助理之时，仅是一个暑假前后的交错，使冯友兰失去了见到毛泽东的机会。倏忽间31年过去，已是江河改色，天翻地覆，冯氏望着天安门城楼上那个高大的身影和展开的巨手，知道自己今生今世无法与之抗衡了，遂以识时务者为俊杰的中国古训，以“自骂”和“献忠”的双重招数，表明自己心理上的臣服和行动上的自觉，同时勾起毛对北大往事的回忆，以便开恩眷顾，来个鼓励奖掖。想不到毛泽东并不买这位原北大学生的陈年老账，反而板起面孔，公事公办式地劈头盖脸给了一顿教训。冯“颇有意外之感”，垂头丧气，一时竟不知如何是好。对这次献媚表忠的失败，许多年后，冯在自述中说：“信中最重要的一句话：‘总要采取老实态度为宜’，我不懂。而且心中有一点反感，我当时想，什么是老实态度，我有什么不老实。经过了三十年的锻炼，我现在才开始懂得这句话了。”冯认为自己当初决心在五年之内重写一部中国哲学史，实在是“肤浅之至，幼稚之极”。理由是掌握马克思主义的立场、观点，谈何容易，至于要应用到哲学史的研究工作中去，那就更困难了，“岂是三年五载的时间所能完成的”？因而，“明眼人一看就知道是大话、空话、假话。夸夸其谈，没有实际的内容，这就不是老实态度”。
冯友兰总算明白了其中的一点奥秘，为此很有些懊悔地说：“如果我从解放以来，能够一贯采取老实态度……就可能不会犯在批林批孔时期所犯的那种错误。”只可惜冯氏在这方面确实醒悟得太晚，后来发生的对江青“谗媚逢迎”，或许就是他所说的自己醒悟得太晚的悲剧吧。就在冯友兰接到毛泽东书信五天之后的1949年10月19日，新成立的中央人民政府正式决定在原国民党政府“中央研究院”和北平研究院基础上成立中国科学院，任命郭沫若为院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢等四人为副院长。中科院下设考古研究所、近代史研究所等人文科学和自然科学十多个研究所。其中在原北平研究院史学研究所和原中央研究院史语所部分人员基础上成立的考古研究所，由文物局局长郑振铎兼任所长，梁思永、夏鼐为副所长。1950年9月，中央博物院筹备处正式改名为国立南京博物院，隶属于中央文化部文物局领导，任命南京市军管会文教处处长徐平羽为院长，曾昭燏为副院长。与此同时，中共在全国教育科学界进行了一次规模庞大的整编与人事调整，如上海的同济大学原教务长、测绘学家夏坚白出任该校校长，原在昆明西南联大学潮中出力甚多的华岗出任山东大学校长兼党委书记等，一个全新的格局在教育、文化、科学界业已形成。
与冯友兰的糊涂相比，毛泽东一直是醒着的，他在指挥数百万枪杆子以武力推翻蒋家王朝夺得万里江山的同时，十分明晰地认识到，仅仅把原有的文化、教育、学术界各机构来个关停并转，选出几个新骨干予以领导是靠不住的。刚刚从国统区“转新”的一大批知识分子，尽管没有跟着老蒋跑到台湾或逃亡海外，但对共产党怀有观望心理。这些知识分子与即将在全国展开的施政方针格格不入。如此一个急转直下的剧变，在冯友兰等一般书生们看来是极其艰难的，但在身经百战的毛泽东看来却“如烹小鲜”般容易，因为前有苏联老大哥整肃知识分子的成功先例，后有强大的无产阶级专政工具，二者结合，自是攻无不克，战无不胜。毛泽东在权衡之后，按“擒贼先擒王”的中国古代兵法要领，首先对自由主义思想体系中最具影响和号召力的“反动头目”开火，这个“反动头目”显然不是急于献媚表忠心的冯友兰辈，而是冯友兰的老师、号称“五四精神”的楷模，具有自由主义风骨，一贯攻击中共理论与做法的学界“大鳄”胡适之。
尽管此时的胡适像中的猢狲悟空一样，早已借混乱之机一个跟头跳出了如来佛的手掌心，蹦到了美利坚的国土上，但“人还在，心不死”，阴魂不散，精神的幽灵仍在中国大陆花果山水帘洞中徘徊，并在一帮徒子徒孙心目中发挥着别人无法替代的巨大感召力。只有先把胡适这个学术界的精神“教主”撂倒在地，压于五指山下，使其永世不得翻身，才能对满脑子自由主义的知识分子产生杀一儆百的震慑效果，也才能在新的天地里树立革命的、共产党的、毛泽东的绝对权威。——正是出于这样一种深谋远虑，继陈垣打出第一枪之后，批胡运动的号角在九州大地开始吹响。
1950年9月22日，香港《大公报》发表了胡思杜《对我父亲——胡适的批判》一文，文章是胡思杜在华北人民革命大学政治研究学院毕业时“思想总结”的第二部分。未久，此文又在《人民日报》与《中国青年》等报刊转载——这是胡适离开大陆后，继老友陈垣首次向他射击之后打出的又一发子弹。极富历史况味的是，这颗子弹竟出自他的亲生儿子之手。胡适一生情人多多，恋情不断，风流韵事遍及中外，且还造成一个表妹曹诚英因爱生怨直至出家为尼的悲怆结局，但算在他名下的只有江冬秀一个夫人。江冬秀生有三个孩 子，其中一女早夭，长大成人者为长子胡祖望（思祖），得名于胡适的母亲冯顺弟，有光宗耀祖之意。次子胡思杜，由胡适亲赐，寓意“思念杜威”，既表达了胡适对这位美国洋老师的敬重情，更深含他一生对自由主义的坚定信仰。当胡适最后一次由大陆赴美时，他的大儿子胡祖望已在美国工作、生活。而在北平图书馆工作的胡思杜却鬼使神差地拒绝随父母南飞留在了北平，不久即被新生的中共政权从图书馆弄出来，送入华北人民革命大学学习改造。
关于胡适一生教育老婆与栽培儿子的故事多多，可惜并不太成功，夫人江冬秀除了在麻将桌上广显神通，成为大牌的“麻将名星”，连写一封家信的能力都不具备，如此思想才能要为儿子树立榜样，如同天方夜谭。早年的胡适曾说“不要儿子，儿子自己来了”，又说“思杜是我创造的”，意思是说中国应该选择杜威的哲学理论指导实践，并要一代代“思杜”下去。胡适对儿子如此命名，既是思念杜威老人，更是内心深处接纳自由主义思想的期望。但他没有想到，这个儿子竟在大地陆沉、自己流亡的艰难处境中，从背后给他射来一枪，称他是“反动政权的忠实走狗”。
胡思杜在《对我父亲——胡适的批判》一文中宣称：自己刚被送入华北革命大学时，仍认为父亲“作恶无多”。但经过“学代选举前两次检讨会，使我了解在这个问题上自己仍是站在反动的臭虫立场。结合《社会发展史》、《国家与革命》、《中国革命简史》的学习”，使自己翻然猛醒，自己的父亲原来是“反动阶级的忠臣，人民的敌人”。而这个敌人“始终在蒙蔽人民，使人民不能早日认识蒋匪帮黑幕，不能早日发现美帝狠毒的真相；并替蒋匪帮在美国筹计借款，出卖人民利益，助肥四大家族，巩固蒋匪政府。这次出走，并在美国进行第三党活动，替美国国务院掌管维持中国留学生的巨款（四百万美元，收受这笔款的人大都是反动分子，民主个人主义者的资助和养成费），甘心为美国服务”。又说：“在他没有回到人民的怀抱以前，他总是人民的敌人，也是我自己的敌人，在决心背叛自己阶级的今日，我感受了在父亲问题上有划分敌我的必要。”对此，胡思杜表示，除了在思想上划分敌我，还要在个人感情上划分敌我，即与胡适脱离骨血相连的父子关系。
胡思杜文章在香港发表后，电讯于第二天便传遍美国并在各大报如《纽约时报》等显要位置登出，稍迟又出现在众多的畅销杂志如《时代周刊》等刊物上，一时舆论沸腾，众人侧目。
就在胡思杜文章发表的三天之前，即9月19日，美国出版的Foreign Affairs（《外交事务》），发表了胡适花费四十天工夫写就的《斯大林征服世界战略下的中国》一文。文章主要论述决定中国和亚洲命运的是两个历史事件，即张贼学良弄出的那个西安事变和美英苏三个邪恶轴心搞出的臭名昭著的雅尔塔密约，而这两件大事使共产党得到喘息并从中渔利，最终导致了国民党丢失了大陆江山。胡适在文中不乏替国民党台湾当局“说话”与开脱之意，真正动机如他给傅斯年信中所说：“夏间发愤写了一篇长文给Foreign Affairs，十月号发表，题为Calin’s Grand Strategy。主旨是要人知道中国的崩溃不是像Acheson等人说的毛泽东从山洞里出来，蒋介石的军队就不战而溃了，我要人知道这是经过二十五年苦斗以后的失败。这段二十五年的故事是值得提纲挈领说一次的……”
因了胡思杜的战斗檄文以及表示脱离父子关系的声明，胡适的《斯大林征服世界战略下的中国》一文也受到广泛关注，许多报刊把二者联系起来加以评头论足。胡适面对儿子措辞激烈的言辞，不相信自己亲手抚养长大的“小三”会作如此说。同前些时候他不相信老友陈垣会对自己射来锋矢一样，他认为此举仍是共产党耍的布袋戏，故意蒙蔽大众和对胡适本人施行刺激，以达到不可告人的政治目的。对此，胡适在24日日记一条剪报旁加了如下两句话：
小儿此文是奉命发表的。儿子思杜留在北平，昨天忽然变成了新闻人物！此当是共产党得我发表长文的消息之后的反攻。
不管如何猜测，这个被胡氏夫妇称为“小三”的儿子确实成了新闻人物，当胡思杜与老胡适决裂的电讯传遍美国的同时，自然地传遍台湾。1950年9月23日，台湾《中央日报》第二版刊登了9月22日路透社香港电：
胡适的儿子胡思杜今日在左翼的《大公报》发表一文，斥其父为“反动分子，其罪行早和美帝有关”。胡思杜刻在北平，他声言和他父亲脱离关系，因为胡适是“人民的敌人”。
消息刊出，立即在台岛引起轰动，胡适在台的一些朋友闻讯大为惶恐，生怕胡适受到国民党密布海外势力的打击或暗算。在台湾大学校长任上的傅斯年迅速作出反应，与胡适一样认为胡思杜的言论不是出于本心，乃是共产党胁迫或蒙蔽的结果。为维护胡适父子的声誉并顾及胡适本人的政治处境，傅以胡适手下“斗士”姿态，于9月29日在《中央日报》发表声明，就他所知胡思杜的情况及中共的方针政策为胡思杜解脱，谓胡思杜少年多病，学业不成，尚属天性淳厚之人。1948年夏由在美朋友送其回国。最后，傅斯年说：“共产党对于不作他们工具乃至于反对他们的教育界中人，必尽其诬蔑之能事。《大公报》上这一文，也不过一例罢了。陈垣、胡思杜等都是在极其悲惨的命运中。因为不能出来，别人代他写文，我们也不必责备他了！”
胡思杜的檄文是否出自他自己的意愿和本人之手，或是他人强迫、代笔与修改，已无从查考。可考的是，此文经新中国成立后团中央主办的《中国青年》等一流刊物转载后，迅速在大陆教育文化界产生强烈反响。——这是一个山雨欲来，海啸突至的信号。随后，相关机构发动北大文法两学院讨论“胡适思想问题”，并主使中文、哲学、史学、图书馆四个系科联合举行“控拆会”，由俞平伯、杨振声、顾颉刚，以及自称与胡适有过七年以上交情的汤用彤、朱光潜等人“带头控诉”。随着倒胡、骂胡的巨浪翻转升腾，胡适过去的同事、朋友、学生等大小知识分子在惊悚之余，见风使舵，纷纷跳将出来揭发批判胡适的“反动罪行”，表示与这条“丧家的，美帝国主义走狗”彻底决裂。未久，中共高层又弄出了一个知识分子思想改造运动，全国高校与科研机构在集中力量对老少知识分子精神“洗澡”的同时，也把胡适、张伯苓、梅贻琦等人拉进来一并洗涮一番。据1951年11月30日香港《大公报》北京通讯发布的消息说，京津高等学校教师学习委员会，于11月16日召开第二次委员会议。参加学习的单位，由原定20个院校增至24个院校。另有研究机关如中国科学院、农业科学研究所、卫生部和铁道部的研究所研究人员参加，人数已由3000余人增至6523人。在讨论会上，北京大学汤用彤副校长说“北大最近讨论胡适的问题，比较深入。”南开大学校务委员会杨石先主任委员说：“我们已进行讨论张伯苓的问题。由于张伯苓先生有很长一段时间离开学校，一般教师对他不了解，我们找了几位对张了解的人讨论。”又讯：“十一月十四日晚，北京大学汤副校长召集了十三位老教授，座谈北大一贯的主导思想问题。通过老教授们的亲身体验，并着重从历来的代表人物来进行分析的结果，公认胡适是一个具有代表性的，在旧学术界集反动之大成的人物。会上发言热烈，罗常培先生并联系自己的思想进行批判；特别是向达先生，反映历史系小组讨论时的情况，他们对胡适的学阀作风和反动行为举出许多生动的实例，作了感人的控诉，表现了极大的愤慨。”（南按：时汤用彤已改任副校长，马寅初任校长）同年12月，《新观察》刊发了记者肖离、王真的长篇报道，报道了京津高校6000多名教师参加运动的盛况，其中小标题有“批判胡适、梅贻琦”之语。这篇报道通过媒体的转载传到胡适手中后，胡对此极为重视，在附于日记的同时，又于文中多处加着重号，表示他内心的不服气与无可奈何之情。
只是，此时的中共高层对胡适还存在返回大陆的幻想，于呼呼作响的弹头射出之际，仍暗中派周鲠生、江泽涵等胡适的亲友，从不同渠道劝其返回北京“弃暗投明”。因了这一不为外界所知的缘由，批胡运动在掀了几个波浪之后，于1952年逐渐式微。中共高层在等待胡适回心转意，反水倒戈，但胡适对大陆或明或暗投过去的信息不理不睬，且随着朝鲜战争爆发、美国总统杜鲁门下令第七舰队驶入台湾海峡协防台湾，蒋介石集团得以保全，在美隐居的胡适心气也提高了不少，越来越坚定地支持台湾蒋介石政权。这一不识抬举的做法，为中共下一轮更加猛烈的批胡运动埋下了伏笔。