1949年4月23日，南京与南京人民被解放。
对这一天的情形和感受，身在中央博物院筹备处的曾昭燏回忆道：“我们凭着窗栅，看国民党匪军，从南京最后的溃退，我们以万分兴奋严肃的心情迎接着新时代的来临。”
4月24日，曾昭燏与留在南京的同事一起站在大门口，迎接解放军渡江部队一个排的官兵进驻中央博物院筹备处院内守卫。5月17日，中央博物院移交中共南京市军事管制委员会。
6月29日，南京市军管会决定成立中央博物院筹备处院务委员会，由曾昭燏、萧温、顾其林、王天木（振铎）、曾志宏等五人为常务委员，全面接管文物和主持日常工作。10月2日早晨6时，曾昭燏率全院同事23人，在博物院大殿前升起了第一面五星红旗。自此，中央博物院筹备处正式易帜，无论是曾昭燏本人还是她的同事，未来的人生与事业都将在红星照耀下中的新政权统治下进行，幸与不幸，是活着还是死去，就看各自的运气和命中的“八”字如何了。
1950年3月9日，遵照新中国中央文化部令，中央博物院筹备处正式改名为国立南京博物院，由中央文化部文物事业管理局直接领导。任命南京市军管会文教处处长、书画鉴定专家徐平羽为院长，曾昭燏为副院长。得令后的中央博物院举行去旧迎新的冠名挂牌大会，曾昭燏履行新职并宣誓，成为中共信任和重用、手握实权的知识分子中坚。对这一变革与人事安排，曾昭燏感到心满意足，她在日记中以一个女性特有的温情与妩媚写道：“今日，是南京博物院正名的日子。这有无限前途的博物院的新生，也是我自己事业的起始。离去年六月二十九日，只八个月零十几日。去年的接管，可以说是起始怀胎时期，今年则真呱呱坠地了。”
曾昭燏主持院务日常工作半个月后，即出面接待号称苏联最权威的考古专家吉谢列夫前往南京博物院的访问。7月3日，应南京人民广播电台邀请，播讲“美帝侵略朝鲜和台湾，驳斥杜鲁门的谰言！指出：‘美帝大量的武器不能在大陆挽救蒋家王朝的覆亡，同样的也不能在一个小岛上挽救国民党匪帮必死的命运”’。同日，接中央文化部通知，南京博物院改为华东文化部领导，院长由徐平羽兼任，副院长曾昭燏主持日常工作。在新的政治环境中，曾昭燏迎来了事业上的第二个高峰。
早在1949年12月，曾昭燏邀请在南京任教的恩师胡小石以及原中国营造学社的刘敦桢（南按：胡、刘二人分别为南京大学中文系与建筑系教授），与文物考古专家朱契、贺昌群、王振铎等名流硕儒，对南京栖霞山附近六朝陵墓及栖霞寺等11处古迹进行调查，提出了切实可行的保护方案。1950年5月1日，曾氏再度约请胡小石等五位专家学者，调查南京祖堂山南唐二陵被盗情况。同年10月，曾昭燏主持对南唐二陵正式发掘——这是新中国成立后于红星照耀下首次运用科学方法发掘的封建帝王陵墓。发掘期间，曾昭燏和全体工作人员同住在荒僻的祖堂山幽栖寺内，每日奔走于居住地和工地之间，过着艰苦的野外考古生活，每天工作十小时以上。随着考古发掘工作推进，两座陵寝的神秘面纱逐渐揭开。
南唐建都于金陵（937—975），是五代十国时期南方一个经济文化相当发达的国家，中主李璟和后主李煜皆为中国文学史上著名的词人，特别是后主李煜的词更是达到了文学史上的巅峰，如“问君能有几多愁，恰似一江春水向东流”等神来之笔，一直为历代读书人称道并流传不衰。王国维在中谓：“词至李后主李煜而眼界始大，感慨遂深，遂变伶工之词而为士大夫之词。……‘自是人生长恨水常东’（《相见欢》），‘流水落花春去也，天上人间’（《浪淘沙》）、《金荃》、《浣花》能有此气象耶？”除了令人惊艳叹绝的词曲，当时的南唐画院亦著称于世，流传的画作被视为稀世之宝，受到历代文人墨客的追捧。
南唐二陵位于南京祖堂山的西南麓，由南唐先主李弁的钦陵和他的儿子李憬的顺陵组成，系依山为陵，相距约100米。李弁及其皇后宋氏的合葬陵居东，称为钦陵，建于公元943年。李璟及其皇后钟氏的合葬陵居西，称为顺陵，建于公元961年。李弁陵因建于南唐国势强盛时；故规模较大，随葬品较丰富；李璟陵建于南唐国势衰弱时，规模略小，随葬品亦不丰富。
中国历史上的“十国”，前后共历时89年，产生了41个地方性的“皇帝”。后人能够看到这些“皇帝”陵墓地宫者只有成都“琴台”的王建墓和南京发掘的南唐二陵，而这三座帝王陵墓的发掘，均与中央博物院人员有密切关系，前者的参与者有吴金鼎、王振铎等人，后者有曾昭燏与南博的同事。由于南唐遗迹留存者很少，因而曾昭燏主持发掘的两座地下宫殿的建筑、彩画、雕刻，以及出土的陶俑等遗物皆弥足珍贵，为研究南唐历史提供了重要参考资料。
按当时的行政划分，南京博物院属于华东区下属的文化机构，工作业务范围涉及整个华东六省一市，气势颇为不凡。曾昭燏在南唐二陵发掘成功后，信心倍增，又于1954年3月，以华东文物工作队队长的身份，率领南博同仁与山东省文管会，共同发掘了著名的山东沂南汉代画像石墓，收获颇丰。前后两次重要发掘成果，皆以曾昭燏为主编，撰成《南唐二陵发掘报告》和《沂南古画像石墓发掘报告》分别出版。两部大书中均有曾昭燏单独撰写的章节，她在中央大学随胡小石读书时打下的深厚功底，与伦敦大学留学时学到的新知识，在这两部报告中得到了全面展示，其精辟的见解和渊博的学识，使两部报告的学术地位得到了大幅度提升，为全国学术界所重。
山东沂南汉代画像石墓发掘完毕之日，正是新发现的郑州二里岗商代古城遗址即将大规模发掘之时，同年10月18日，中央文物事业管理局电调华东文物工作队支援发掘，曾昭燏与南京博物院考古部主任尹焕章（南按：抗战前殷墟发掘的参与者，史语所“十兄弟”之一）率队赶赴郑州，与河南省文物工作队第一队合并组成一队，任正副队长事，共同进行郑州二里岗遗址的发掘。1955－1958年，曾昭燏、尹焕章又率领文物工作队先后四次对南京北阴阳营遗址进行考古发掘。其间，安徽寿县发现蔡侯大墓，曾氏率队于1955年5－6月，转赴安徽与当地文物工作者一起对蔡侯墓进行发掘、清理，对出土的大批珍贵文物想法进行有效保护、收藏。1960年，曾氏再度率队赴江苏连云港，对二涧遗址进行了首次发掘……一次次的考古发掘，使曾昭燏在国内外所学知识得到了充分发挥，也使南京博物院迎来了历史上最为辉煌的时代。未久，曾昭燏又与尹焕章合作完成了《试论湖熟文化》一文，随后又系统整理江苏地区考古资料，写出了《江苏古代历史上的两个问题》长篇论文，刊发于《江海学刊》。这一切，意味着曾昭燏与南京博物院研究人员的学术业绩进入了黄金时代，此为曾氏个人之幸，更是整个南京博物院全体同仁的光荣。
为使已发表的学术论文更趋成熟，并为新的课题研究打下基础，曾昭燏认为必须到各地实际调查访问，广泛搜集资料加以鉴别研究才能达到国家和世界级的学术水准。两年之后，曾、尹二人开始行动，陆续走访了上海、浙江、广东、山东、湖南、湖北和江西等七个省市，对各地的藏品、遗址与出土器物做了大量的调查研究，终于将初稿修订完成，并作为《江苏省出土文物选集》的“前言”发表。这篇论文是新中国成立以来江苏地区考古的综合研究成果，又是利用考古发现的实物资料印证有关文献记载对江苏古代史问题的一次充分探讨，其力透纸背的功力与深邃的学术洞见，散发出璀璨的光辉而弥久不衰。
与此同时，曾昭燏凭借十几年对博物馆事业的研究和实践，先后撰写了《博物院藏品的征集、保管工作》、《南京博物院十二年远景规划纲要》（草案）等富有前瞻性的计划，为长远发展奠定了坚实的基础。南京博物院作为业内的一个庞然大物蹲立于长江之岸，俯看江南，北望中原，傲视群雄。曾氏领导的南博与夏鼐主持日常工作的中科院考古研究所南北呼应，一个新兴的格局业已形成。曾昭燏与夏鼐作为业内两只硕果仅存的留英“海龟”和这一领域的顶尖学者，被当时文博界称为一对并驾齐驱的魁首，具有“南曾北夏”之称。1954年9月9日，经历了如同一只见尾不见首的飘浮于人间天龙般神秘兮兮的“组织”考验，侥幸得以过关的曾昭燏被“扶正”，正式出任南京博物院院长，掌控全院通盘事务。像年轻的夏鼐进入中国科学院考古所一样，当年曾昭燏不去台湾而留在大陆的抉择，此时看来是明智的。
1956年，曾昭燏作为全国政协委员出席会议，其间受到毛泽东等中央领导人宴请，曾氏也得有机会一睹天颜。就在这次宴会上，毛泽东与曾昭燏等几位女性“碰了杯，喝了酒”，天南地北地畅谈了一通。当问及曾昭燏的身世与职业时，毛自是大感兴趣，对曾氏家族的历史与功绩大谈了一番。毛泽东的母亲是湘乡唐家坨人，少年毛泽东曾在湘乡外祖母家生活并入学读书，对湘乡大贤特别是曾国藩推崇备至。1913年春，毛泽东进入湖南省立第四师范（随即并入第一师范）求学，在为期5年半的学习生涯中，青年毛泽东在恩师杨昌济指导、影响下，认真研究过“立德立功立言三不朽，为师为将为相一完人”的曾国藩思想。从毛当时听课的笔记本《讲堂录》中可以看出其潜心阅读《曾文正公家书》《曾文正公日记》《圣哲画像记》等书。1917年8月23日，毛泽东在致黎锦熙的长信中写道：“天下亦大矣。社会之组织极复杂，而又有数千年之历史，民智污塞，开通为难。……愚于近人，独服曾文正。观其收拾洪杨一役，完满无缺。使以今人换其位，其能如彼之完满乎？”此段叙述，可见青年毛泽东对曾文正公之倾心和仰慕之情。正是这一历史渊源与风云际会，令毛泽东对曾昭燏留下了深刻印象，并在一次讲话中特地提到曾昭燏，说“曾国藩的后代，还有个叫曾昭燏的”云云。