陶孟和的死，除了他的家人、亲属、门生故旧陷入悲痛，有一个与陶氏似乎并无多少瓜葛的女性，在致唁电表示哀悼的同时，内心分外伤感凄凉。这位女性便是南京博物院院长曾昭燏。
按辈分，曾昭燏与陶孟和属于两代知识分子，无论是在昆明初识还是在李庄为邻，只是偶尔有业务上的往来，并没有建立起亲近的私人关系。但到了抗战结束还都南京，随着国内政治形势狂飙突进式的进展，二人对时局的看法和政治上的关系也发生了质变，开始作为一个沟里的盟友发表言论并双双引起中共的注意和重用。
抗战胜利复员之际，曾昭燏先后参加“战时文物损失清理委员会”和“战区文物保存委员会”等组织工作，由于此前李济辞去中央博物院筹备处主任，受领中国代表团赴日本追查“北京人”头盖骨化石等任务，李推荐的梁思成又表示舍南京而赴北平到清华工作，中博筹备处主任一职便由曾昭燏代理，1947年5月由教育部次长杭立武兼任，曾昭燏担任专门设计委员、总干事，主持日常工作。这一时期，曾昭燏最为热心的是中央博物院建设事宜。
抗战爆发后，中央博物院筹备处人员匆忙撤出南京，拟定的博物院三个馆的工程建筑只完成了人文馆，而最重要的大殿等主体工程只完成了大半，且在日据期间又遭部分毁坏，急需扩充、整修、完善，使其成为一个名副其实的国立中央博物院。对于这段经历，曾昭燏回忆说：
1946年11月，伪国大的召开，等于替和谈关了门，但我没有注意这些事情，因为有新的工作占据了我。博物院负责人李济因他父亲的病而留重庆，南京方面的事全由我管，我便趁此机会，找到傅斯年、翁文灏两人，向伪教育部要了一大笔钱（伪国币廿三亿多）来修建博物院的陈列室，在一个多月之内，找建筑师作好了计划。要到了款子，招了标，与营造厂订立了合同……1947年1月，在曾昭燏具体操持下，中央博物院主体大殿修建工程开始，至年底按计划竣工，这座当年由著名建筑师徐敬直设计，梁思成修订并最终定案的仿辽建筑的博物院，至此才算初具规模。此项工作使曾昭燏在政学两界人士和同事心目中的地位得到了大幅度提升。其间，曾昭燏充分展示了她的聪明才智和处理行政事务的能力。继大殿之后，一个造型优美坚固的陈列室又很快建成并陈列藏品向民众开放。在官场混乱、贪污腐化遍及宇内的堕落风气下，这座建筑透明得体的运转机制和不凡的业绩，犹如一潭死水掀起微澜，令人精神一振，朱家骅、翁文灏、胡适、傅斯年等政学两界的大腕倍加赞许。1947年10月19日，胡适在日记中记载：“曾昭燏女士邀在中央博物院吃蟹，饭后与俞大维谈。看博物院新建筑，甚赞叹其在大困难之中成此伟大建筑。”除了与曾氏友善的学界中人，即是国民党内部纯粹的官僚政客也不得不点头为这伟大的建筑与曾昭燏的主政能力表示由衷敬佩。
因了这一缘故，后来一度担任过南京博物院院长的梁白泉猜测，曾昭燏之所以在1949年坚决地留在大陆，“很可能是因为中央博物院筹备处大殿和陈列厅凝结着她的汗水和情感，也可能是她以为如日中天的考古事业还是在大陆”。这个推测的前半句自不待言，那渗透着自己心血的陈列室与博物院大殿，就像自己亲生的婴儿，当然是倾注情感与恋恋不舍的。而后半句则与当年夏鼐对郭宝钧所说的那句“我们还有前途”颇为相近。若从曾昭燏的生命轨迹与思想转变情形深入探究，又非如此简单，内中暗含的隐秘曲折自是复杂得多，此点从曾昭燏留存的日记和向组织部门提交的“自传”暗含的密码系统可以窥探出一点门道。
1951年10月3日，在大举清理阶级队伍的风潮中，按上级组织部门要求，曾昭燏以戴罪之心、模仿湘乡荷叶镇曾氏家族所藏太平天国忠王李秀成兵败被俘所写的《李秀成供词》，写出了数万字的供状式《自传》，谋篇布局为十一个部分，目录如下：
一、我的家庭和它的经济状况二、我的社会关系三、我的童年四、我的中学时代五、我在大学读书和中学教书的时代六、我在国外读书的时代七、我回国后在抗战中的七年八、抗战胜利后三年零八个月的我九、我与美国人的关系十、解放后我的认识十一、总结《自传》按程序逐级上交，并经中央高层组织内查外调核实一番，作为“秘密”案卷封存于冰冷阴暗的铁柜中，除曾氏自己和少数几个参与调查者，外人对案卷内容自是无法窥知。后来有关部门对曾昭燏含冤去世平反昭雪时，曾氏的同事与一批具有文化良知的知识分子为其撰文纪念时，对她的人生经历，特别是在江山易色、政权鼎革之际的所思所想，以及政治思想转变的内因外力等仍是茫然无知，只能凭借日常生活中所见所闻的，来替这位考古文博界杰出的女性说几句公道话，以表彰我民族“独立之精神，自由之思想”。
这一尴尬局面延续了几十年，直到2009年才得以打破。是年春，南京博物院在“纪念故院长曾昭燏百年诞辰”专题筹划中，由精明强干的龚良院长亲自出面，特别提请上级有关“组织”打开了陈封的卷宗，复制出了列入“秘密”级的曾昭燏《自传》的大部分，以作曾氏生平研究的参考材料。就像20世纪五六十年代《李秀成供词》被重新发现和定位一样，透过曾氏《自传》那一页页泛黄的纸片，许多悬而未决、争论不休的隐秘得以揭开。
从曾昭燏《自传》可以看到，湘乡曾氏家族子弟一直秉承曾国藩“耕读持家”的家训，以及“居官不过偶然之事，居家乃是长久之计”的教诲，而子弟们也确实按照这位曾文正公指引的“大道”走了下去。只是这条路走得也不平坦，从龚自珍、曾国藩两代人意识到老大中华“颓世”难挽和“洋患”逼人，直到历史进入急剧变革又动荡不安的国民时代，这条“大道”渐渐淤塞成“小道”，最后竟变成了一条死胡同。悠忽间，社会进入了一个“革命”的大时代，在这个大时代鼎盛的1927年，鲁迅写下了这样的话：“今年在南方，听得大家叫‘革命’，正如去年在北方，听得大家叫‘讨赤’的一样盛大。……一是在一方的指挥刀的掩护之下，斥骂他的敌手的，一是纸面上写着许多‘打，打’，‘杀，杀’，或‘血，血’的。”就在这鲜血喷溅，哀哭啸叫的“大时代”中，每一个中国人都有幸或不幸地被裹挟于政治旋涡，并随着旋涡的消长而升降沉浮，于生死间游荡或者翻滚儿。诚如鲁迅在这一年冬天所说：“中国现在是一个进向大时代的时代。但这所谓大，并不一定指可以由此得生，而也可以由此得死。”时在湖南的大儒叶德辉被农民协会砍了头，在北京的王国维惊恐跳湖，皆缘于这一既可以得生又可以得死的“大时代”。
就在这股打打杀杀加“血，血”的“革命”声浪中，曾昭燏所在长沙艺芳学校校长曾宝荪仍固执己见，不赞成学生参加政治活动。对此，曾昭燏在《自传》中有过这样一段回忆：“一九二五年初秋，到二六年初夏的这十个月，是很平凡的过去的，五卅运动的余波，省港罢工的大运动，对于这个保守的女子中学，没有发生什么大的影响，但北伐军的炮声，终于把这深闺绣门的美梦惊醒了，革命军攻入湖南的时候，我们不知道它是什么性质，只知道赵恒惕走了唐生智来，唐生智走了叶闻鑫来。叶挥队还把欢迎唐生智的军队的学生打伤了，我们派人去慰问。”又说：“北伐军占领长沙后，全长沙市学生界的示威游行，提灯游行，讲读、贴标语，我们学校一概不参加，这在革命群众的心目中，当然认为是反动的，许多人来同我们的学生会来谈，我们不理睬，报纸上起始对我们责难，我们起初不理，后来分辩，责难得急了，招架不来，我们校长表面上辞了职，由教员学生组织了维持会来负学校的责任，我也是维持会的一个负责人。”
作为负责人的曾昭燏带领一班学生向当时任湖南省教育厅厅长董维键请愿，请求维持学校正常教学。时任湖南省农民协会秘书长及主席的柳直荀（南按：毛泽东在《蝶恋花·答李叔一》“我失骄杨君失柳”之“柳”）妻子李淑一之妹与曾昭燏同学，遂一同率人找到柳直荀交涉，希望柳能拉艺芳一把。但柳氏不以为然，且态度蛮横强硬地指斥“艺芳女子中学是个反动的学校，不应存在”。经了柳直荀这一番表态，艺芳学校面临分崩离析的危险，尽管曾昭燏等奔走呼号，还是于1927年4月8日被毁，学生被迫解散。对于这一经过，曾昭燏回忆说：“一九二七年的四月八日，住在我们学校隔壁毛主席所创办的船山学社里面的农民协会的梭镖队，持着教育厅的命令，来解散我们的学校，我们认为这是不公平的事，抗拒着不接受命令，大家抢着把学校的东西往附近的同学家里搬，卫护着校长出了大门，然后大家集合在教室里，唱歌，用墨水在墙上写‘艺芳精神不死’的标语。然后大家呼口号，整队出门。”在梭镖横飞，哀号奔逃的大混乱中，曾昭燏率一班学生掩护主要教职人员离校，校政主持者曾宝荪与曾约农逃往汉口避难。曾昭燏与艺芳学校校舍总监、曾宝荪表姐萧孝徽，左景馨（南按：左宗棠曾孙女，曾留学英国，后为艺芳教师），陈昭炳，彭坚等师生租赁长沙“遵道会”房舍，将小学和初中部恢复起来，并轮流兼任教员和后勤人员，勉力苦撑。
随后的日子，曾昭燏与她领导的“同学维持会”一直为复校奔走呼号，在亲朋好友和社会同情者的帮助下，是年10月，终于把毛泽东所办船山学社农民协会占据的曾国藩祠中的“浩园”夺回。外避汉口的曾宝荪接到曾昭燏拍发的电报，立即返回长沙欲图东山再起，并在1928年春得以复校。此次事件，是曾昭燏首次亲身与找上门来的政治势力接触和面对面的交锋对垒，显示了潜伏于身中果敢决断的性格，其临危不乱的组织领导才能此时已初露锋芒。这一时期，曾昭燏除了与“革命”者展开斗争，还目睹了“汤翯事件”并经历了营救失败的痛苦和迷茫（南按：前文已述）。曾氏从英国归来到昆明，一度想当新闻记者的愿望，就由早年这一悲剧性事件刺激而萌发。
当艺芳学校恢复之后，曾昭燏接受的仍是埋头读书、“不要问政治”、“爱你的仇敌”等具有基督教义色彩的教育。直到第二年考入南京中央大学，仍尽力躲避政治干扰。曾氏在《自传》中说，她与二哥曾昭抡整日忙于各自的事务，“除上课外，他关在他的实验室里，我关在我的实验室或图书馆里（我是外文系学生，兼有化学系的课，第二年才转到国文系），晚上回来后他做功课，我们没有时间讲话，更没有时间谈政治，那时我对于政治的认识是非常模糊的。”尽管后来在留学海外期间深受国内抗战悲情的刺激，一度对时事和政治产生了兴趣，但仍属于对家国、亲人的挂怀，以及海外游子的特殊情形造成，一旦回归国内进入学术研究领域，对政治的兴趣又趋缓下来。当曾昭燏随中央博物院迁入四川李庄并随吴金鼎率领的发掘团到彭山进行田野考古调查发掘时，其心态基本如前。只是，这个时候与政治紧密相连的社会现实不断刺激着她的神经而令人难以回避。对此，曾昭燏曾有过这样一段交代：
此时发生的惊天动地的皖南事变，我们竟一点不知道。在彭山工作了一年，也同在大理一样只从第三者的态度来看世界发展。苏德战争的发生，使我又兴奋一下，但只兴奋而已，国际上复杂的局势，使我不愿多想。但不论你如何不愿意过问政治，许多血淋淋的景象呈现到你眼前来。例如成都附近各县在抽壮丁时各种离奇和惨无人道的事实，以及壮丁入伍后种种被虐待的情形，在老百姓口中传播着，就在我们发掘的地方附近，一个青年农民为着躲壮丁竟跳入粪坑内，把头脸埋在粪里，差一点闷死，我听见这些事，直觉地认识到国民党这样残虐，决不能长久。
就在差不多相同的时间，曾昭燏的二哥、时任教于西南联大的曾昭抡也发生着变化，并逐渐向政治祭坛靠近。这一转变，从曾氏留存的1940年日记可窥其一斑。5月25日，曾昭抡记载道：
晚七时半，联大化学会在昆北五号开会，欢送毕业生，挽我出席。到会学生共五十余人，惟女生则一人未到。教员中只有杨石先、曹本熹与我三人。今晚我之讲演，大为成功。内容系勉励学生，于今后十年中，努力奋斗，以求一生事业之成功，且不妨怀有极大之野心云云。
同年12月18日又记载：
五时，应约往访仲兄（南按：曾昭承）。仲兄相告，谓胡小石告彼，党部向重庆告密，谓林同济在此组织新政党，以《战国策》为其机关刊物。其常相往来之友人中，以我列第一名。按《战国策》论调右倾，主张独裁，与我之政治主张，正系相反。此项消息，真是离奇。暑假中林、何等与党部合作，举行学术讲演会，关系似颇亲密，不料今竟相忌至此。国民党之不能容人，于此可见。
出于自己的政治主张和对国民党的不满，到了1944年，曾昭抡索性加入了中国民主同盟，并作为这个民主党派中举足轻重的一员，与中共地下党携手合作，会同闻一多、吴晗等辈，与国民党或明或暗地唱起了对台戏。以此开始，曾昭抡彻底卷入政治旋涡，在“不是你死，就是我活”的斗争哲学风行的时代大潮中升降沉浮，直至惨遭横祸，命赴黄泉，算是为政治鞠躬尽瘁之一典型的悲剧人物。
对于曾昭抡的思想转变，曾昭燏深受影响，并由逐渐认同到敬佩，认为曾昭抡投身民主运动，纵论时局风云的气魄与决心，“为自己所钦佩”。在潜移默化中，曾昭燏原本有些动荡却被强压于内心深处的思想，像春雨过后的小草慢慢从枯枝败叶下探出头来，欲接受风霜雨雪的吹打与洗礼，其生长的根苗渐渐向以红色为主调的左方倾斜。到了1947年，几个隐形的助推器潜入她的身边，曾氏漂流的速度骤然加快，差一点漂出身在的江湖，跃上红色的彼岸。对此，曾昭燏列举了一个颇具传奇色彩的个案以示明证：
我的一位堂侄女曾宪楷忽到南京来，住在我这里。宪楷与我是中学同学，她有一位胞妹名宪植，在大革命时代就加入了共产党，后来成为叶剑英将军的爱人。在抗战初起的时候，因为统一战线的成立，宪植同着许多老同志回到了湖南，宪楷因之而与叶剑英将军、周恩来总理以及其他许多老同志认识，常常往来。宪楷自己虽未参加革命工作，但对于共产党至少有初步的了解，她和我谈一切她所知道关于共产党的事，她说共产党绝对要文化，绝不会仇视知识分子，她劝我尽力保存着博物院这个国家文化的库藏，以待新时代的到来。她的言辞使我消释一切的疑虑，更积极地来做博物院的工作。
曾宪楷是曾国荃的重孙女，国立湖南大学文科学士、燕京大学硕士、历史学家。1948年底进入华北大学任教。这个历史上存在时间较短的华北大学，在国共鼎革之际，其地位盖过了国内所有公、私立大学。校长吴玉章是一名老共产党员，副校长成仿吾尽管是被鲁迅讽刺为“流氓＋才子”的所谓“创造社”成员之一，但他属于左翼阵营的急先锋，也是一位能量很大的人物。这个仅存活了一年多的革命大学，为中共培养了近两万名中青年干部，这些干部中的大多数，像用特殊材料制成的种子撒遍全国，很快在乡村城市生根发芽，成为中共建政后依靠的嫡系和镇压反革命分子的铁杆机器。1950年10月，华北大学改名为中国人民大学，成为根正苗红的中共第二党校，一直站在革命前沿阵地的曾宪楷也随之成为这所党校历史研究所教授，后一度出任副所长等职。曾宪楷诗文俱佳，有著作传世，终身未婚，晚年与其妹，曾任全国政协常委、全国妇联书记处书记的曾宪植同住在一起。
直至20世纪末，对曾宪楷生平研究几乎一片空白。随着新世纪到来和以曾国藩为首的曾氏家族秘史被重新发掘、研究，其后世子孙亦成为研究的重点对象，曾宪楷的事迹，特别是国共鼎革之际从事的一些隐秘活动也引起了研究者注意。据学术界初步研究的结果显示，20世纪40年代，中共高层通过叶剑英夫人曾宪植，令曾宪楷以隐蔽的身份，周旋于曾氏家族中的自由知识分子，以及与其有姻亲关系的民主党派人士中间做“政治思想工作”。当时手握中央博物院实际权柄的曾昭燏则是重点争取的对象之一，于是便有了曾宪楷肩负政治使命突来南京与曾昭燏同居一室的经历。
曾宪楷不辱使命，其目的显然是达到了，仅几个月，曾昭燏的思想就有了重大转变，并在政治上朝着红色彼岸奔涌向前。不仅如此，曾昭燏在准备突出国民党官僚体制和思想钳制的多重围困之时，也试图把身边的亲友、师生一同拉上彼岸，免得与蒋家王朝这艘古船一同沉没，其“政治思想工作”触角，竟伸向了国民党政府的铁杆支持者傅斯年。对于这段看上去有些不可思议的经历，曾昭燏在《自传》中作了这样的供述：
傅斯年……在思想上对我的影响相当的大……至于我对他怎样呢？我虽和他长期在一起，而且非常接近，但我看不出他反革命的本质，我看见他反孔宋，反对官僚资本，反对二陈，我崇拜他，认为他有正义感，我看见他生活的严肃，对于自己的刻苦，对于朋友的肯帮忙，我认为他的死心塌地的帮国民党，只是对于蒋介石私人的感情，而和社会主义在基本上没有什么冲突。我佩服他的学问与才能，因为他始终如一的对我的关切与支持，我对他有“知己之感”。当抗战期间我还在四川的时候，我的思想不大能超越他的范围，直至抗战胜利回到南京以后，我逐渐认识清楚，而他愈来越反动，我不能正言劝他，因为他是很固执的，我只能用旁的方法，想使他和国民党脱离关系。在一九四七年，他要出国养病，而一再拖延，不愿出去，我用尽方法催他，通过俞大綵的关系催他，等他到美国以后，我又继续地写信去，劝他不要再回来。我希望他能逃过蒋家王朝覆亡的那一幕（我知道时候不久了）。免得他自己卷入旋涡中去，也希望他在国外能比较清楚的观察国内的情形，而改变他的思想，不过我一切的努力都是徒劳，他于一九四八年七月回到南京来，不到半年他便逃到台湾，不到一年南京便解放了。
尽管在傅斯年身上施展的连环妙法随着傅氏的归国而基本宣布破灭，但曾昭燏的政治热情却随着国共实力彼此消长，以及国民党腐败现象的膨胀蔓延而变得高涨起来。而与生俱来的“果敢、负气、质直”性格也在新的环境中得到了激活，“湖湘士风”的精神传衍已融入了她的身心并令其感到亢奋。当时俞大絪正在南京暂居，姑嫂来往频繁，在政治观念上已站在丈夫曾昭抡一边的俞大絪，亦无形地对曾昭燏施加着影响。曾昭燏回忆说：“一九四七年八月至一九四八年十一月，她在南京，我们时常见面，互相讨论问题，对于政治上的见解，她是大致和昭抡相同的，因此她对我可说有帮助。”
1948年1月，赴欧美考察原子弹制造方法的曾昭抡已由欧洲转赴香港待机归国，曾昭燏与之多有信函来往，曾昭抡劝这位小妹不仅在政治思想上倾向红色一边，最好要像一些急进的左派知识分子如清华大学的吴晗等人一样付诸行动，与二嫂俞大絪一起投奔中共控制的解放区参加革命。这个另类的设想令曾昭燏兴奋了好一阵子，但最终未付诸行动，其理由是：“第一，对于博物院认为是自己制造的东西，已经有感情上的留恋，不愿意在半途离它而去；第二，认为自己以前没有勇气参加革命，现在人家没有你，革命也可成功了，你去凑热闹干什么，不如保存着博物院，对于将来国家的贡献也许还要大些，而自己保存这个宝藏，总是有功无过。”曾昭燏这个说法既合乎情感又具有理性，应当是真实可信的。这年4月，中共山东兵团已攻克号称“鲁中堡垒”的潍县，山东解放区连成一片，兵锋之强劲，大有饮马长江，直捣南京之势。国民党卫戍司令部于恐慌中急调城外宪兵进城守护，因事出仓促，进城官兵无房可住，军方欲强占中央博物院的房舍充作兵营。作为实际负责人的总干事曾昭燏自是不能相让，于是与军方展开了一场拉锯战。军方态度强悍蛮横，势欲开进，曾昭燏动用各种人脉资源，“费了九牛二虎之力，找了许多大官们出来说话，才没有让这些军人驻进来。”在这样一种危难情形下，曾昭燏要想一个人悄悄溜走，于情于理皆不相合，更无法向与自己同甘共苦的同事们交代，她所做的只能是苦撑待变，以图将来。
这年冬天，国民党政府开始将中央博物院筹备处所藏珍品运往台湾。曾昭燏认为此举不妥，力加阻止，但总是胳膊拧不过大腿。焦急忧虑中，只好致快函向当时与中共关系密切的郑振铎、徐森玉等文化界名流求援。11月29日，曾昭燏得到徐森玉自上海发来的快信，内称“此意既出于行政院及教育部，本院在京理事又皆赞同，先生即不以为然亦无法违命。”
徐氏对曾氏的举措表示支持和同情，但深知大局如斯，无法挽狂澜于既倒，只有安慰而已。12月4日，国民政府军政大员在行政院院长室召开国立中央博物院第三届理事会第三次会议，决定选择最精品文物随同故宫古物迁台。曾昭燏列席了会议并做记录，虽当场提出抗议，但无人理睬。盛怒之下，曾昭燏于12月6日致中央博物院筹备处主任杭立武一函，曰：
立武钧鉴：
前日本院理事会开会，决议将本院所藏文物选择精品壹百贰拾箱运至台湾。此决议纯为诸物之安全着想，凡爱护民族文化之遗存者，必无异辞。惟是夜即闻招商局江亚轮在吴淞口外爆炸沉没消息。爆炸原因陈说不一，最大可能为触浮雷或船中置爆炸物，交通当局深以航行安全为虑。又昨日有从台湾来者，谓台湾屡次要求托管运动，皆一部分美侨策动主持。今美国态度昭然若揭。若万一南京有失，美国既不愿意放弃其军事根据地之台湾，又不愿卷入中国战事旋涡之中，最巧妙方法为支持台湾人要求托管或宣布独立。此运动若成，则所有运台文物恐无运出之日。此次遵照理事会决议，所选诸物多独一无二之国宝，若存京文物，安然无恙，而运出文物，在途中或到台之后， 万一有何损失，则主持此事者，永为民族罪人。职对此事虽无责任，然为本院保管文物已七八年，对于诸物有浓厚之感情，知有各种危险，岂可缄默。望钧座陈之本院理事长，转商各理事，慎重考虑，权衡轻重，要求较安全之策，则幸甚矣。谨此上陈，伏乞垂鉴。并赐复为祷。祈请钧安！
职 曾昭燏谨上 卅七年十二月六日杭立武比曾昭燏大5岁，1923年毕业于金陵大学文学院。同年以第一名的成绩考取安徽省公费留学名额，赴英国伦敦大学深造，其间赴美国威斯康辛大学担任名誉研究员，获硕士学位后返英伦继续学习，1929年获伦敦大学政治学博士学位。回国后任国立中央大学政治系教授并一度兼任系主任。1931年任中英庚款董事会总干事，1932年创立中国政治学会并兼任总干事，1933年在南京成立中英文化协会，此后中法、中比、中瑞、中美等文化协会亦相继成立。抗战期间，任国民参政会参议员、美国联合援华会会长。1944年任国民政府教育部常务次长，1946年转任政务次长，1948年开始负责运送国宝到台湾。
杭立武看罢台头光秃秃、连个“先生”的尊称也没赐予，且直呼“立武”其名的信函，甚为恼怒，认为曾氏是不可理喻的妄人，简直是一派胡言乱语，所述内容完全是妇人之见，所谓头发长见识短是也，遂于盛怒中弃之一边不予理睬，仍运用手中掌控的权力，指挥大队人马按原计划迁运中央博物院筹务处所藏珍宝。1949年1月14日，国民政府行政院院长室再度举行第三届理事会第四次会议，出席会议者有朱家骅、张道藩（洪兰友代）、徐森玉（杭立武代）、萨本栋（钱临照代）、傅斯年、王世杰、翁文灏、胡适等，会议决定“尽可能将文物迁运台湾。留下文物，封存于该院（中博）及朝天宫故宫博物院仓库内”。这个决定，仍遭到曾昭燏反对，但无济于事。
自1948年12月至翌年4月，中央博物院筹备处文物分三批运往台湾，总数为852箱，其中包括殷墟卜辞、毛公鼎等出土文物和宫廷文物，皆为国之重宝。曾昭燏眼见自己保管的藏品大势已去，在极度悲愤又无可奈何的伤感中，于1949年4月18日在上海与徐森玉、陶孟和、王家辑、吴有训、周仁等学术界著名专家、学者联合发表公开信，强烈呼吁把运往台湾的文物古籍重新运回大陆，以表明自己的政治态度和所站位置。就在这短暂而混乱的非常时期，曾昭燏与陶孟和因思想与政治观点相近逐渐走到一起，并结成了政治同盟。在国民政府属下几个中央级的人文科学研究机构中，陶孟和与曾昭燏是国民党风雨飘摇中留在大陆最为坚决和高调的两位负责人，而中共控制局势后对二人加以重用也缘于此。
当时曾氏家族及亲友已有许多人在大混乱中出走台湾或香港，如曾昭燏的大哥曾昭承，弟昭拯，妹曾昭楣和妹夫谭季甫，堂姐曾宝荪、堂兄曾约农，另有至亲俞大维家族等，而迁台或香港的大多数亲属都劝其随之前往，曾昭燏不为所动而留了下来。傅斯年赴台之前，特地找曾昭燏约谈，劝其一同赴台到台湾大学教书或做专门的学术研究工作，并谓像曾昭燏这样的家庭出身与社会关系，若留在大陆绝不会被共产党所容，而且她在博物院工作十几年，不知得罪了多少人，将来一定有人乘机报复云云。此时曾昭燏虽在感情上仍对傅斯年感恩戴德，敬佩有加（南按：有人考证曾氏一直暗恋傅斯年），但在政治上已成了两股道上人，因而当场拒绝，傅见事不可为，满含伤感地默默离去。
1949年3月某日，居住在南京五台山的曾昭楣即将与丈夫谭季甫携家飞台北，此时解放军已饮马长江，进入渡江的前夜，南京混乱不堪，大街小巷流窜着各色满脸恐怖哀愁逃难的人群，车站码头更是人满为患，逃生的最大通道下关码头人山人海，不时爆出叫骂与厮打之声，满面的尘土伴着汗水和鲜红的血水在乱拳挥动、棍棒飞舞中喷洒流淌，哭爹喊娘之声不绝于耳，荡漾散发着脂粉气息的六朝古都，再度由天堂变成了人间地狱。在这样一个大背景下，曾昭燏得到妹妹出逃的消息，立即驱车赶到五台山谭公馆探望。这段经历给年轻漂亮的曾昭楣留下了终生难忘的印象：“三十七年冬要从南京撤退来台时，某日清晨燏姐来五台山我家，将她所分得的亡母遗物：金手镯、翠玉镶、金戒指各一只赠我，并谆谆叮嘱，说她孑然一身（燏姐终身未婚），留饰物无用，要我好好保存，想不到这就是我们最后一面。”曾昭楣是曾氏家族成员在新中国成立之前出走海外的最后一人。从此姐妹天各一方，人海两隔，再也没能相见。