傅斯年摇晃着肥胖的身躯，喘着粗气踏进西南联大大门后的情形，学校“罢联”内部简报以答问的形式在题为《关于“一二·一”惨案的谈话》中说道：
傅常委归来后，罢委会交际股即派代表二人前往晋谒。傅常委说：“我是2日下午在重庆听到同学被屠杀的事情时，晓得非回来不可了。4日在机场等了一上午，到昆明已是下午四点，没有赶到教授会议。今日上午拜访了卢主席，下午去看关麟征，我对他说：‘我代表学校当局，对于这次屠杀事件不胜其愤慨，我以前跟你是朋友，现在是站在对立的地位了。’关麟征说：‘那何必，我们还是朋友。’我说：‘你杀了同学，比杀了我的儿女还要使我伤心。’关麟征说：‘你怎么说是我杀了同学呢？’我跟他争辩了一大顿。”当代表问到傅常委怎样处理这件事时，傅常委说：“我尽我所有力量，依照教授会议所决定的去做，请你们转告同学们，请他们信任我和先生们，假如我有一点不站在同学的立场上做，我就对不起自己良心的。”代表出来的时候问：“傅常委是不是要等这事情完全解决了才走呢？”傅常委说：“当然。”
很明显，傅斯年是挟政府之命，以学校负责人的身份带着平息事态的重任飞抵昆明的。行前，朱家骅专门请示过蒋介石，蒋认为傅斯年是合适的人选，也会在政府与联大师生之间周旋，并不至于和其他政客一样引起知识分子的反感。傅斯年对事件经过稍作了解，便以他的精明和以往处理学潮的经验，认为必须坚持将学生复课与惩凶事项分别办理，只有如此，方有处置的可能，这个想法与朱家骅不谋而合。第二天，朱家骅自重庆拍发密电告诉傅斯年并转冯友兰、周炳琳和姚从吾，说“学潮若不早息，影响所及实匪浅解”，同时认为“一俟事实明了，凶必严惩，弟可保证”。但又站在政府立场上，竭力主张“复课与惩凶似应分别办理，至复课至关重要”，要求傅斯年等“全力协助，约同其他至友，劝导学生早日上课，最好能俟复课后再来较妥，否则罢课久延或将波及他处，致难收拾”。
12月5日，重庆《新华日报》以《昆明学生流血惨案》为题发表社论，指出：云南当局“一面在昆明动手，一面在重庆的官办报纸上已登着皇皇大文，硬指反对内战的教授和学生都是共产党所煽动，来作为把他们当做‘匪徒’，用美国机关枪来对付的理由。像这样的周密布置和舆论配合，那是段祺瑞和宋哲元万万及不上的”。与此同时，全国其他报刊相继刊发文章，矛头直指国民党当局，昆明惨案成为重庆大街小巷议论的热门话题。
当各种说辞传到蒋介石耳中时，蒋明显有些不耐烦起来。据唐纵日记12月6日载：“美国务卿贝尔纳斯至函安德逊阐明美国在华政策，主张建立一‘强大团结民主之中国’，设法协助中国完成国内之团结与稳定，基于机会均等及尊重国家主权原则循正当合法之途径努力。由此可知马歇尔元帅使华，其任务在调查苏联在远东之势力与动态，并将相当修改赫尔利对华之态度，而用各种方法与力量以促成中国之团结与民主运动。”又记：“主座两次电话询问昆明学潮情形。主座致卢主席电，谓如不能解决，即应解散其学校，另将学生集训。”
这则日记透出的信息是，蒋介石的焦急与焦虑不安，与国际大环境有着密切关联，他极不愿因为昆明的血案而在国际政治旋涡中造成被动。但事实上，眼见昆明学潮有蔓延全国之势，蒋所谓解散学校、集训学生，也只是一时气极的疯话罢了，诚如历史学家黄仁宇所分析的蒋介石的性格和处世手段：“当历史已在他蒋介石眼前和手下高速地展开，他无从采取通常合乎情理的方法对付。于是他以直觉作判断，先以道义为手段，不及则杂之以权宜，多时仁厚，偶尔心狠。被逼不得已则以宗教哲学思想和御己的纪律坚持下去。”
蒋在处理此次学潮的一系列做法，正应了黄仁宇对其性格的判断和归纳。蒋采取的措施仍是加紧安抚学生，如下令批准立即枪决陈奇达、刘友沼以表当局态度。这一做法在得不到学生和舆论认可的情形下，蒋介石开始“杂之以权宜”，下令关麟征停职，着其立即赴渝报告。
关麟征预感大事不妙，为顾全脸面，于12月7日，向重庆拍发电报自请处分。电云：委员长蒋：
自昆明学潮发生以来，职深知其中有人操纵，含有政治阴谋，故无时不在戒慎恐惧，本钧座之意旨，小心防范，以免事态扩大，殃及无辜。而东日（一日）午联大文法学院与军官第二总队之斗殴及联大师范学院之惨案，陡然而起，职已竭尽诸种方法，以求补救。缉凶慰抚，凡于职分应尽之事，无不废寝忘食，竭尽绵薄。今投弹凶手陈奇达、刘友治均已就捕，并于卢主席主持之下，约请各界首长约百余人公开会审，据供确系受共党分子姜凯嗾使，凶器亦姜所与，事态已明，学潮理应告一段落。然恐奸人绝不以此为足，仍将利用学生并其生命，以为遂行其阴谋之工具，而职身负治安之责，事前防范未周，以致可爱青年死者四人，伤者十余，拟请先于撤职，并以法议处，以平奸人之愤，兼慰罹难学生之心，且为失职者戒。谨请鉴核。
职 关麟征叩残酷的现实与社会各界强烈反响以及傅斯年等人的态度，促使蒋介石不得不作出让步。决定将关麟征“明令停职，听候处分”，由青年军编练总监霍揆彰中将接替其职。同时撇开李宗黄，正式授权由卢汉出面主持惨案的调查和善后事宜。
12月8日，昆明《中央日报》刊登了关麟征的自请处分电文，同时发表了蒋介石于7日草就的《告昆明教育界书》。书云：“昆市发生学潮，学生课业中辍，已逾旬日，妨害青年学业，贻误建国前途，兴念及此，痛心无已！我国抗战八年，牺牲惨重。今胜利甫告实现，复兴时机不可复得，正宜同德同心，积极黾勉，进行建国之工作，乃讹言流传，波及学府，演成如此不幸之事件，此真所谓仇者所快而亲者所痛也。……中正爱护青年，不啻自身之子弟，更不忍我纯洁之青年学生，有自误误国之举动……”
在说了一通冠冕堂皇的话之后，蒋氏笔锋一转，态度颇为强硬且暗含杀机地继续说道：“中正维护教育，保持纪纲，皆属责无旁贷。对于此次事件，必当根据是非与法纪，作公平负责之处理，决不有所偏袒，亦不有所姑息。唯我各校教职员对于学校对于国家亦均负有神圣之责任，应导学生于正轨，为社会做表率，切不可任令罢课风潮再有迁延，造成学校与社会无政府无秩序之状态，以贻国家之羞。目前一切问题必以恢复课业为前提，以正常手续为解决，否则政府纵如何爱护青年，亦不能放弃其维护教育安定秩序之职责。切望我各校当局与教职员诸君，深体此意，对全体学生剀切劝导，务令即日上课，恢复常态，勿负余谆切之期望，至深企盼！”最后署名是：蒋中正手启。
深知蒋介石脾气的朱家骅，已从这封公开书中嗅出了软中带硬，且真有解散学校的意味。朱氏深恐学潮扩大会迫使蒋出此下策，故一面请示蒋介石，允派教育部次长朱经农急飞昆明，会同各方处理死伤学生的善后问题，一面向傅斯年等拍发急电，强调：“主席七日文告，对昆市不幸事件指示公平处理，政府已负责处理，我昆市各校即应恢复常态克日复课。务请诸兄会同各校教授同仁对吾青年学子剀切劝勉，应以学业学校为重，而更应以教育前途及国家荣誉为重。吾人职责贵在善后，一切有利善后之意见及办法，政府无不采纳，然一切有违善后及有碍教育事业之举动，自应摈除。”
朱经农飞抵昆明后，转交了一封蒋介石致傅斯年亲笔信，曰：
孟真先生：
回昆以后，体力如何？贤劳为念。关于处理学潮事，已另致各校教职员一书，想可同时察阅，尚望吾兄为一般友好详述之。务希共同为国家为青年与为校誉负其职责也。馀托经农次之面达，不赘。
信中所说的“另寄各校教员一书”，即指报纸公开发表的蒋介石《告昆明教育界书》。想来蒋介石怕傅斯年感到突然，以及产生当局对自己处理此次事件不信任的误会，特写此函以示慰抚。而信的内容显然比报上的言辞要温和得多，这应是蒋在盛怒平息后“以宗教哲学思想和御己”的策略纠结而成。
傅斯年详细研究揣摩了蒋介石的心理，觉得事尚可为，而通过在昆明城几天的内察外调，与师生数度座谈，对惨案经过与师生的愤怒心情也了然于心。根据昆明各方面的形势，傅氏深感惩凶一事必须抓紧，否则夜长梦多，更难收拾。而所谓惩凶并非弄一两个兵差小卒就可以蒙混过关了事，必须惩治真正的主凶、大凶如李、关、邱等军政大员，否则事情不会轻易了结。关麟征辞职后，昆明学界的矛头又转向了李宗黄，并响起了去李倒李的呼声。鉴于此情，12月8日，傅斯年给朱家骅、陈布雷拍发密电，态度鲜明地表达了自己的立场：“此事既由李宗黄、邱清泉等弄糟到此地步，又将关总司令拖入。手榴弹案之内幕，此间各地人士所详知，包括美国外交记者在内，到处宣腾，只有政府先占着地步，然后大多数之教授观念可改。今关总司令既赴渝，李邱二人可否暂时调开？果能如此，教授可发挥甚大之力量，复课有十九把握。纵不能立即复课，教授必对坚持罢课之员生予以道义制裁，下一步无论如何易于办理。再李宗黄至今仍坚持此次学潮由政府派卢汉来而起，对卢汉及云南多数人士猛烈攻击，此公如不暂离昆明，不特学潮无法结束，即大局亦不了。”
朱家骅把傅斯年密电呈报蒋介石，蒋接连要求朱转告傅斯年速劝学生复课，恢复秩序，压根不提去李、邱之事。而这个时候的李宗黄又不识或不愿顾及主子的苦衷，在昆明依然指手画脚，态度倨傲，坚不请辞。同时四处放风，把学潮的责任说成是卢汉就任省主席之职和共产党暗中煽动的结果。碍于自己此前曾向李许下宏愿，蒋介石只好对李的所作所为听而不闻，咬紧牙关，艰难地支撑着地陷一样从四周集来的巨大压力，坚持不为此事给李任何处罚。蒋一面继续暗中请傅斯年等人向昆明学界疏通解释，要学生们先行复课，再容逐步解决李宗黄问题；一面发狠威胁，宣称学生若再不复课，将采取最后严厉之处置，一律开除学籍。
此时，处于第一线前沿阵地，夹在政府与学生之间的傅斯年，由一只“稀有的蟋蟀”（罗家伦语）变成了风箱中的老鼠，两头受气，血压呼呼上蹿。但身在其位，又不能抗命不遵，必须随着风箱中那个鸡毛活塞来回抽动而急速地两头蹿奔，否则就有被挤压而死的可能。当他摇晃着肥胖的身躯，气喘如牛地在各校教授和学生会代表间反复奔忙周旋一阵子后，得到的结论仍是李若不去，自己所做的一切努力皆为徒劳。为在夹缝中求生存、图希望，傅氏经过一番思考，只好暂取“缓兵之计”，以时间换空间，等待柳暗花明的时机。
12月8日，卢汉约集各校教授谈话。9日再约集各校学生代表谈话，表示惩凶、抚恤伤亡学生，赔偿损失，条件是学生们需先行复课，学生一方略表满意。但当学生代表们回校叙及谈话情形后，却遭到另一派学生的强烈反对，对方认为学生代表软弱无能，不应该接受复课，主张改组罢课委员会，并提出了罢免李宗黄，组织联合政府的要求。
12月9日晚，傅斯年向蒋介石再次拍发密电，颇有和稀泥意味地称道：“今日劝导四校学生会代表，彼等已允接受钧座劝谕，早日复课。但时期及丧葬事，明晨由斯年再与彼等细谈。”同日，美国、英国等一些国家的媒体报道了昆明惨案情形，并尖锐抨击美国政府干涉中国内政，引起了较大的国际反响。
为给傅斯年以援手，同时达到向“罢联”施压，逼其就范的目的。12月10日，昆明《中央日报》发表云南省主席卢汉《告各校同学书》。第一句话就是：“汉不幸，就职之日，即昆明学潮酿成惨案之时。”接着，看似自责，实则在抽李宗黄耳光地说道：“消弭无由，防护无方，虽为时甚暂，诸君谅我，然职责所在，我岂能无愧于心？谁无父母？谁无子女？使我之子女为惨案中之牺牲者，痛心何如？今日之官吏，即昔日之学生。易地而居，愤慨何如？”当抽完了李宗黄耳光，又巧妙地撇清了自己的责任，落得个一身干净后，卢氏立即板起党国大员的面孔，软硬兼施，劝学生复课，并暗含讥讽地说道：“我蒋主席爱护诸君，有如子弟，昨命汉转致各大学校长一书，披诸报端，谅在见闻，谆谆以上课恢复常态相期望，并谓学生一言一动，应为社会之模范，亦系国家之命脉，必须明辨是非，认清职责，重视课业，遵守纪纲，勿自误误国，为亲者所痛，仇者所快。又昭示对于此次事件，必当根据是非与法纪，作公平负责之处置。三读主席手书，仁爱之怀，溢于言表，此真慈母严父，备于一身。蒋主席为中华民国之元首，汉认为每一中华民国之官吏及国民，均有接受服从其命令之义务。”卢汉暗示自己作为地方长官对罢课不能“袖手不问”，在一定时候可能采取断然措施。最后又说：“忆自抗战，于兹八年，诸君或转徙入滇，或负笈晋省，共甘苦者有日矣。汉今日为地方之长官，昔日固诸君之朋友，今各校行将复员，惜别伊尔，为己为国，愿诸君采纳此一忠告！”
最后几句，看似缠绵动情，实则暗含更大的玄机秘诀，即有意透露如不复课，当局将解散联大的口风，以警告学生，挟制在学潮处理问题上趋于中间派的大多数教授，促使其 为了自身利益转向政府一边。
出乎意料的是，卢汉文告的发表，不但没有达到平息学潮的目的，相反却激起了昆明教育界对李宗黄新一轮的仇恨，“谁无父母？谁无子女？使我之子女为惨案中之牺牲者，痛心何如？今日之官吏，即昔日之学生”。这字字血，声声泪的述说，无不痛扎着师生的心，激发着对李的憎恨之情。按照卢汉的话推演，那便是：你李宗黄也有父母，也有子女，也是从学生时代度过的。如今做了党国大员，不为国家人民福祉谋利，竟丧心病狂地拿起屠刀砍向无辜的学生。天理何在？道义何在？国法何在？李若不被严惩，何以对天下父母儿女？面对当局对李的庇护，深受刺激的学生们更趋激烈地以去李相要挟，并立下宏心大愿，如果李宗黄不去，决不复课。同时一并提出了另外几条要求，令当局回复。
有研究者认为，卢汉发表此文，真正的目的就在于刺激学生，煽动仇恨，借学生之力向重庆最高当局施压，以扳倒李宗黄，拔去这颗眼中钉。此说当然有其道理，但如果既扫荡了李宗黄，又平息了学潮，则是卢汉最愿看到的结果。只是学潮未能平息，去李之声却高涨起来。面对此局，12月11日，昆明《中央日报》转发一条中央社讯：
警备总部息：关总司令麟征以联大手榴弹案曾向委员长自请惩办，此次赴渝又坚请予以严厉处分，并以此次惨案发生，皆因身负治安之责，事前疏于防范所致，请勿追究其他，所有惩罚，皆愿以一身当之云。
显然，这是重庆方面最高当局欲保李、邱而采取的政治策略，既然身负治安之责的关总司令都认为惨案与他人无关，并愿“以一身当之”，要杀要砍要腰斩，或抽筋剥皮暴尸都愿一人承担，对于李、邱等人又何必非抓住小辫不放，欲扳倒在地或铲除扫荡之而后快？在昆明的傅斯年看到这条消息，比一般的师生更能领会重庆方面的意图。不过，他的领会并不透彻，仅限于表面的以平息学潮为大局的现象，至于更深层的内因则没有去想，或根本无法想到。既然有了关麟征“一身当之”的公告，傅斯年也只好按这个意图再度向学生施压，力图劝说学生代表降低要求，早日复课。但双方在讨价还价时均火气甚大，傅斯年以“五四”学生运动领袖、老前辈的派头自居，感情用事多于理性。但此时“罢联”的代表也正处于情绪激动中，不把这个陌生的、脸上沁着汗水、喘着粗气的大块头常委放在眼里，更不买其当年任五四运动北京学生总指挥的旧账。在联大学生代表们看来，傅斯年当年那一页辉煌的历史已经翻过去了，今非昔比，新的历史使命与辉煌需要新一代年轻人来承担和创造。于是，双方在争执中发生了意见冲突，傅斯年暴跳如雷，差点蹿上去以自己的“体积乘速度”和学生代表来一番对打，幸亏被人拉住方罢，最后的结局当然是不欢而散。事后，傅斯年认为这一切都是因为老妖怪李宗黄所致，盛怒难消中，于11日给朱家骅拍发一封急电，再一次强调“李宗黄如能即去，教授心意可以平”，因为“彼实为主谋主使，去彼则政府占着地步，罔仅受李之愚而已”。
但是，傅斯年显然低估了李宗黄多年的政客生涯在国民党内部形成的影响力，更不清楚此前蒋介石与李氏在云南人事上的密谋以及蒋对李的许愿。1945年10月5日，唐纵在日记中记载：“现云南省政府改组业已完毕，均系主席个人独运匠心，外人鲜有知者。”所谓“鲜有知者”，并不是没有一个外人知晓，但傅斯年肯定是不知其奥堂之妙的。而已跻身于国民党中枢，身为党国大员的朱家骅，在政治舞台的搏杀中，显然比傅看得更远更透，并深知各种政治势力合纵连横、钩心斗角的秘诀要领。此时他虽未必了解蒋与李之间的幕后交易，但显然从蒋宁肯撤换黄埔一期的嫡系爱将关麟征，也不肯动李宗黄一根毫毛，且还要关总司令公开声明“一身当之”的强硬态度这一点，已领悟到其中必有私密和隐情。因而朱以多年官场历练出的政治敏感和判断力，于当日回电，明确告知傅斯年说：“李事一时尚难办到，因此延长必生枝节，务请先行上课，恢复常态，一切俟兄返渝面报主座后似无甚问题。”但“务盼劝导学生即日复课，否则后果莫测，弟亦难负责矣”。
傅斯年接电后陷入了极大痛苦与郁闷，他不能理解蒋的嫡系、堂堂警备总司令、军权在握的关麟征可轻易解决，而一个党棍恶徒李宗黄为何就不能调离昆明？其中到底有何隐情？李宗黄不走，不仅自己说不服学生，就连教授方面也难有说辞。这一点，朱经农抵昆明的次日就曾明显地注意到了。他在给朱家骅的电报中说：此次学潮“不仅为教育界问题，亦不仅为共产党（问题），更有其他方面夹杂在内”，解决起来相当困难。而“目前最大问题即为学生‘抬棺游行’。原拟明日举行，经孟真设法，已允改至十四日游行。有无变化，尚不敢说。倘得五天犹豫时间，或可设法将其打消，否则亦当极力避免冲突。此点党政军方面已均同意”。因了这样的情形，傅斯年越发感到事态严重，心中焦虑不安。血压自然也随之狂长猛蹿。
12日，激愤之情有些平息的学生会代表出于对师长的尊重，主动向傅斯年就昨日双方的不愉快道歉，但又明言几项要求不能改变。既然学生有此强硬姿态，而李宗黄又不能去，傅斯年再度陷入两块巨大夹板之中而无一丝出路的焦虑、失落与惶恐中。在反复权衡后，傅认为集中精力推倒李宗黄这块风刮不进、雨泼不透的铁板，是最为急需和关键的一招，否则皆无出路。主意打定，傅斯年狠下心来，于12日干脆发出一封经朱家骅转呈蒋介石的特急密电，电中先是对自己未能尽到复课之责表示“负罪极深”，接着明确、强硬地指出：“教授对李宗黄极度愤恨”，希望蒋速下去李之决心。据朱家骅档案显示，傅斯年的这封电报，当天便由朱转给了蒋介石，但蒋仍犹豫不决。