就在傅斯年电报发出的当晚，梅贻琦抵达昆明，这让在夹缝中挣扎突围的傅氏大为惊喜，由此长吁了一口气。
12月2日，正在北平办理清华复员事务的梅贻琦接到了促返的电报，因事务缠身，迟至11日才得以飞返重庆，住进上清寺中央研究院招待所。时李济、梁思成、林徽因等几人皆由四川李庄来到重庆。李济是办理公务，梁陪林于重庆中央医院治病，在这多事之秋，几位师友相见自是一番感慨。梅发现“徽因甚瘦弱，但精神犹甚足”。（南按：此时亦有人传说林因肺病不治，在重庆一家小旅馆里死去，作家李健吾还专门写了悼文）安顿之后，梅贻琦赶到教育部向朱家骅汇报北平事宜并听命，朱对此讲述了昆明方面的情况，要其尽快赴昆处理。晚上，朱家骅设便宴为梅贻琦接风洗尘，陪坐的有中央研究院同仁萨本栋、李济与营造学社的梁思成、林徽因等，席间再次谈及昆明学潮，朱得知蒋介石当天下午又萌发了解散西南联大和云南大学各校的念头，因而“似甚紧张”。见此情形，梅贻琦借着酒劲当面向朱保证，明日即赴昆明，到周末一定争取复课，倘“本周末不能安定复课，则与其经政府解散，毋宁自请停办耳”。联大本来就准备解散复员，只是按原定计划要在明年春夏之间，现在既然政府为平息学潮强行解散，那就干脆由校方提出，这是梅贻琦为顾全上下左右各方的面子而出的下策。
12日上午，梅再度与朱家骅晤谈后告别，由于当日没有去昆明的客机，只好搭乘一架货机于当天晚上8点抵达昆明。梅下机顾不得回家，匆忙“搭公司车至才盛巷，晤孟真、今甫、枚荪、廉澄，以汤面一碗作晚餐，且食且谈，乃详知半月以来之经过。十二点后始返寓，家人惊起开门，略话北平情形，一点半睡”。梅在日记中的寥寥几语，形象生动地勾勒出当天紧张忙碌情形。
12月13日，卢汉在不知梅贻琦已到校的情况下，致函傅斯年和云南大学校长熊庆来，措辞强硬地指出：“务请约束贵校学生，自明日起，停止一切校外活动。否则此一责任应由校方负之。”
同日上午，梅贻琦先后约见叶企孙、钱端升、冯友兰、傅斯年、朱经农等人会谈，朱进门后说自己刚从卢汉处归来，重庆密电告卢，有“十五日以后如不复课（蒋）即准备举动”之语。梅听后未作表示。谈话会结束后，至云大医院慰问受伤未愈的学生，随后又拜访了卢汉与新上任的昆明警备总司令霍揆彰等军政大员，对各种情形有了较为详细的了解。
与梅贻琦的冷静沉着大为不同的是，傅斯年在接到卢汉措辞强硬的函件与朱经农的报告后，心情又见焦虑，脾气显得异常暴燥。由对学生的哀其不幸，演化成了怒其不争，并怀着对“罢联”的愤怒与怨恨在致朱家骅电文中称：“彼等只是以四个棺材拖延日期，似有所待。两大学当局已明白表示，十七日非一律上课不可，月涵到与谈，认为以后我辈当积极行使职权。如近日（仍做）不到，（即）自请解散。”
主意打定，傅与梅联合起来开始对主张继续罢课的师生进行夹击行动。因得到重庆密电，15日是最后期限，故二人在14日紧急召集联大常委会，确定把复课期限拖到17日。选定这一日期，是因为15日恰逢周末，只有周一的17日才能看出是否复课。此举既与蒋介石要求不相冲突，又为校方从中周旋延长了时间，同时这个时间正好也是美国总统特使马歇尔抵达中国的日子。倘学潮即此结束，不啻对马特使献上的一个不是礼物的礼物，对国民政府的形象亦分外增添光彩。
有了这一计划，傅斯年又鼓起信心，经过反复思考琢磨，与梅进行沙盘推演，共同制定了一套攻防战术。第一步，先由联大、云大两校当局出面发布必须复课之最后期限；第二步，如学生违命不遵，则傅与梅宣布辞职，逼教授会走上前台；第三步，教授会全体出面做学生工作，不成，亦全体辞职，以向学生施压；第四步，学生若再不听，则可断然采取“自我解散”之措施，来个树倒猢狲散，各奔东西，干脆又利索地彻底解决问题。
就在傅、梅等人急如星火召开常委会之时，卢汉、霍揆彰联名于14日上午向蒋介石拍发密电，谓：“处理昆明学潮，职等与朱次长、傅校长等已尽最大努力，期早平息，照常上课，经过情形，曾由职汉以亥元（十二月十三日）密报电详呈。昨又由汉函云大、联大两校负责，使学生停止一切校外活动，并限校长于十七日复课，如果无效，决遵钧示为最后之处置，刻已准备待命。”
14日下午5点，梅贻琦特约闻一多谈话，想从侧面摸清“罢联”与中共地下组织方面的反应。二人交谈后，梅对闻的言行颇为失望，当晚在日记中写道：“一多实一理想革命家，其见解、言论可以煽动，未必切实际，难免为阴谋者利用耳。”
15日晨，蒋介石侍从室幕僚唐纵奉命电话昆明梅贻琦问学潮情形，“如果不能如期复课，其不上课之学生一律开除，政府无解散学校之名，而贯彻处理学潮之决心”。梅得电后不敢怠慢，迅速与常委会全体召集学生代表在清华办事处谈话，先由梅说明学校规定17日上课之缘由，及届时不上课后果之严重。继由傅斯年、冯友兰、潘光旦、陈序经、周炳琳等名重一时的大牌教授发言，强调学生不仅应顾及为死难学生申冤，而且亦应为学校前途着想的道理。会后，耐不住来回拉锯之痛苦的教育部次长朱经农离昆返渝汇报。
朱家骅为打消傅斯年的焦虑，防其一怒之下作出立即宣布“解散联大”的下策，在听完朱经农汇报后，于当日（15日）向傅斯年拍发电报，云“李事照弟看法，早已不成问题，主席似亦深知其人此次事件，亦知其处理失当，言行不妥，唯因当时不能全昭真相”。但处理李宗黄之事“似不能于复课以前再有举动”。同时强调，此“亦属情理之常故”，只要“能按期复课，此后问题均能顺利解决，因其他重要各方亦如此看法，并都主张将来李应必去”。又，“此事已与月涵兄言之，日来观察，更证明李去稍缓，无甚难处，兄可将此意暗示教授以解其愤”。
然而，朱家骅的看法只能是他自己隔衣挠庠，瞎子摸象般琢磨猜测得出的判断，与蒋介石内心所想，还隔着一个虽有些干瘪但尚鲜活的肚皮，所谓人心隔肚皮是也。在政治斗争中，蒋毕竟比朱与傅等辈站得更高，看得更远，视野更加博大宏阔。他清晰而明了地意识到，无论现在还是将来，在何时何地，共产党才是他真正的心腹大患。遥想当年，在“九一八”沈阳事变爆发前的1931年8月22日，蒋介石在南昌发表讲话，谓：“倘中国亡于帝国主义，我们还能当亡国奴，尚可苟延残喘；若亡于共产党，则纵肯为奴隶亦不可得。”蒋在处理国内一切纷争的基本立场，从来都是以是否有碍于其统治权威作为衡量的标准。昆明学潮爆发，他断定肯定是共产党阴谋所致，因而在处理李宗黄问题上，除了私人交情与当初的许诺，还有一个不便向外人道的隐秘情结，那就是绝不能让共产党捞到便宜。
于是，12月15日下午，蒋介石电谕朱家骅，声称“此次昆明学潮情形复杂”，责令西南联大和云南大学将“其中主谋及领导分子希速查明具报为要”。在国民党中枢混迹多年的朱家骅自然掂得出这个电谕的分量，遂立即将此电转发西南联大和云南大学，待弄清基本情况后，于当夜电复蒋介石，报告说：“学潮主谋及领导分子，闻各校教授中态度激烈者为联大教授闻一多、潘光旦、吴晗及云大教授潘大逵、尚健庵、楚图南等，整个首要分子名单，已电令各校当局密查具报，除俟查明立即呈报外，谨先电陈。”
就在重庆与昆明之间密电频传过程中，远在延安窑洞的毛泽东，于12月15日为中共中央起草的党内指示《一九四六年解放区工作的方针》明确指出：“目前我党一方面坚持解放区自治自卫立场，坚决反对国民党的进攻，巩固解放区人民已得的果实；一方面，援助国民党区域正在发展的民主运动（以昆明罢课为标志），使反动派陷于孤立，使我党获得广大的同盟者，扩大在我党影响下的民族民主统一战线。”自此，中共中央南方局对昆明学潮地下组织者和领导者加强了联系与指导。
就在毛泽东文章刊发的同一日，美国总统杜鲁门发表对华政策声明，表示赞成“召开全国主要政党代表的国民会议，以谋早日解决目前的内争——以促成中国之统一”。但声明中说：“自治性的军队例如共产党军队那样的存在，乃与中国政治团结不相符合，且实际上使政治团结不能实现。”这表明美国对华政策的目的，是帮助蒋介石国民党解除中共的武装。
12月16日，美国总统特使马歇尔衔命到达中国“调处”内战。同日，周恩来率中共代表团吴玉章、叶剑英等人抵达重庆，出席即将召开的全国政治协商会议。仍然是这一天，西南联大学生自治会召开代表大会讨论后，表示拒绝复课要求，并送给梅贻琦一份书面答复：“经代表大会决议，在条件未圆满解决前不能复课。”——绕了一个大圈，事情还是落到了最初的起点上。
梅、傅等人见此情形，决定实施反制，命人在西南联大张贴布告，以强硬的姿态表示，全体师生一律于17日复课。云南大学80名教授联名发出《告全体同学书》，劝告学生复课。闻一多等另类派教授感到无限期罢课，可能逼迫蒋介石采取“最后措施”，而教授们对当局解散联大也忧心忡忡，颇为凄惶，遂有了让步的念头。此时中共云南省地下工委经过酝酿研究，认为“罢课必须适可而止。应修改复课条件，除惩凶一条由联大教授会提出公诉外，如其他条件得到解决，即可采用停灵复课的办法，以便巩固胜利，积蓄力量，争取全胜”。
据中共联大地下总支书记袁永熙回忆：“会后我见到闻先生，他见面就问：‘你们下一步打算怎么办？’还说：‘罢课不要拖得太久，过去我们在教授会上说话，多数人都支持，现在会上我们成少数派了。’又说：‘教授们从学校利益考虑，都希望早些复课。’我见闻先生这种态度，便将我们开会的情况告诉他。闻先生听了很高兴，说：‘这样好，这样好！我马上去告诉梅先生，他是我的老师。’”
当晚，闻一多与梅贻琦进行了晤谈，梅在当天的日记中记载道：“饭后九点，光旦偕一多来，一多告学生方面可有转机。甚喜，即走告孟真。”