中外瞩目的昆明学潮得以暂时平息，学生们又回归教室上起课来。但每一位师生都感觉到，此时整个西南联大的情形已与往昔大不相同了，冥冥中似有一种勾心引魂的神秘东西在校园游荡飘浮，令师生心神不宁且有相互疏远防范的感觉，原来那种温馨浪漫、团结和睦的气氛已随雾飘散，无处寻觅。这个感觉刻骨铭心，令大多数师生难以忘却。许多年后，冯友兰在回忆这段生活时说：“一二·一运动结束以后，联大在表面上平静无事了，其实它所受的内伤是很严重的，最严重的就是教授会从内部分裂了，它以后再不能在重大问题上有一致的态度和行动了。从五四运动以来多年养成的教授会的权威丧失殆尽了。原来三校所共有的‘教授治校’的原则，至此已成为空洞的形式，没有生命力了。”一个生命体自有其诞生、成长、衰老、死亡的过程，一旦消失不会再有。此时的联大已走到了生命阶段的尽头，任何努力已无法挽回曾经有过的繁盛与强劲的局面。而摆在联大教授会面前的当务之急，不是愈合内伤，重整旗鼓，再建“教授治校”的威信和威力，而是解散联大，三校各自设法返回平津，再造未来之新局。
4月12日，西南联大在清华办事处召开教授会议，由梅贻琦报告筹备复员事宜。按此前傅斯年与梅贻琦通信中的设想，鉴于陆海空交通工具难以寻租，联大继续一学期，至9月后再始移动。这一计划遭到了许多教授反对，教授们强烈要求按原计划于5月10日开始迁移。
4月14日下午1时，西南联大昆明校友会为欢送母校师长，在昆明大东门外临江里一七二号龙云公馆举行校友话别会。据说选此地址乃闻一多的主意，为的是让入会者睹物思人，唤起心中的悲愤之情，共有60余位联大教授和200多名学生参加了会议。会上，闻一多按惯例发表了演说，只是此次比往昔更趋激烈。据当时的记录显示，闻一多在说过几句客套话后，接着话锋一转，这样说道：
联大就要分开了，北大、清华和南开，不久就要回到老家去啦！这当然是值得高兴的，我也和大家一样，怀念故乡，怀念清华园。可惜，如今除了那半个中国之外，哪儿也不会有安乐土！比如说，这座美丽的花园，多么幽静！这个会场多么欢畅！你们可也知道：丑恶的东西就躲在旁边，要威胁，要破坏这个会议，要带军警前来检查，要把他们的反动货色硬塞进会场，连这样一点高兴，也不甘心让人享受，连这样一个惜别联欢的会，也违反了什么集会法。现在总算开起来了。但是，这使我不能不想到北平，在那里等待着我们的恐怕不是什么幸福，也许是更丑恶的灾难！
……今天我想说的是，这三个大学都和美国关系很密切，我们都是在美国式的教育里培养出来的，固然也可以学得一些知识和技术，但是经过这八年的检验，可以说，过去受的美国教育实在太坏了。它教我们只顾自己，脱离人民，不顾国家民族，这就是所谓的个人主义吧，几乎害了我一辈子！有些人毕业了，留了洋，干脆不回来了；有的人爬上去了，做了教授，或者当了校长，或者当了大官，有了地位，就显得不同， 想的和说的也和别人不一样啦！其实，这些有什么值得夸耀的呢？……别人又以为我在骂人了。是的，对于反动的不公道的不对的事情，为什么不该骂？前几天有个刊物隐约地骂了蒋介石，于是他的党徒们嚷起来了，说侮辱了什么似的，还有些好心肠的知识分子跟着说这太过分了，难道说，他这些年造了那么多的孽，害了那么多的人民，骂一下都不行吗？咱们应该讲真理，明是非。我有名有姓，我就要骂！
据参加会议的冯友兰回忆，闻一多越说越慷慨激昂，有一段说：
大家都说清华有优良的传统，这不对，清华没有优良传统，有的是半封建半殖民地的教育传统。我受了这种传统的毒害，现在才刚有点觉醒。我向青年学习，学会了一件事，那就是心里想说什么，就说什么。比如我现在想说蒋介石是个混账王八蛋，我就说蒋介石是个混账王八蛋，他就是个混账王八蛋！
闻一多的演说，令在场者大为惊悚，许多人认为有些过分，也有人认为这是闻氏故意耸人听闻，博取声名，当然也有一部分人为之拍手叫好。作为联大驻校的负责人梅贻琦听了别人的转述，自是别有一番滋味在心头。他在当天的日记中写道：
下午昆明联大校友会有“话别”会，余因恶其十二月强梁改组之举动，故未往。晚，勉仲（南按：查良钊）来告开会情形，更为失望。会中由闻一多开谩骂之端，起而继之者亦即把持该会者。对于学校大肆批评，对于教授横加侮辱，果何居心必欲如此乎？民主自由之意义被此辈玷污矣。然学校之将来更可虑也。
第二天，即4月15日，梅贻琦又记道：“午前马约翰来，谈及昨日校友会情形，极为气愤。”对此，梅贻琦曾产生了清华大学复员后，将解聘闻一多的念头，而“在这个时候，梅贻琦接到美国加州大学的一封信，说是他们想请一位能讲中国文学的人到他们那里去开课，请梅贻琦推荐一个人。梅贻琦想推荐闻一多去，向闻一多一说，他就拒绝了。他要留身于‘是非之地’，继续斗争下去”。
梅贻琦本想来个顺手推舟，把闻一多这个棘手的“斗士”弄到美国，让其在美利坚合众国的东西两海岸之间，与美帝国主义及其“走狗”们面对面地“斗”下去，直至“斗”出个名堂来。但闻一多深知自己一旦到了美国佬的一亩三分地，不但“斗”不出什么名堂，弄不好连自己也“斗”进去，在漆黑的监狱里蹲着了，因而并未听从梅贻琦的指令，坚决要留在联大与中国人“斗”。因了闻的强硬态度，尚有谦谦君子之风的梅贻琦亦不强人所难，只好听之任之。只是梅氏没有想到，只隔了两个多月，闻一多就鞠躬尽瘁，死而后已了。其“斗”至死的重大意义正如冯友兰所说：“他以他的一死把联大的‘民主堡垒’的地位推到当时的最高峰，把当时的民主运动推到最高潮。就在这个最高潮中，联大结束了它的八年的历程。”
1946年5月4日，也就是著名的五四运动爆发27周年纪念日，众人翘首以待的三校复员之日终于到来了。西南联大师生与特邀来宾在校图书馆前广场上，举办了校史上最后一次结业典礼。唯一在昆明统揽全局的联大常委梅贻琦作了具有历史纪念意义的报告，北大、清华、南开三校代表汤用彤、叶企孙、蔡维藩相继致辞。会后，全体师生来到校舍后面的小山，竖起了代表联大师生情感与精神寄托的纪念碑。按照传统款式，纪念碑署名分别是：“文学院院长冯友兰撰文；中国文学系教授闻一多篆额；中国文学系主任罗庸书丹。”
碑之背面刻着西南联大自抗战以来共834名参军入伍的学生名单。碑文曰：
中华民国三十四年九月九日，我国家受日本之降于南京。上距二十六年七月七日卢沟桥之变，为时八年；再上距二十年九月十八日沈阳之变，为时十四年；再上距清甲午之役，为时五十一年。举凡五十年间，日本所鲸吞蚕食于我国家者，至是悉备图籍献还。全胜之局，秦汉以来，所未有也。国立北京大学、国立清华大学，原设北平；私立南开大学，原设天津。自沈阳之变，我国家之威权逐渐南移，唯以文化力量，与日本争持于平津，此三校实为其中坚。二十六年，平津失守，三校奉命迁于湖南，合组为国立长沙临时大学，以三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓为常务委员，主持校务，设法、理、工学院于长沙，文学院于南岳，于十一月一日开始上课。迨京沪失守，武汉震动，临时大学又奉命迁云南。师生徒步经贵州，于二十七年四月二十六日抵昆明。旋奉命改名为国立西南联合大学，设理、工学院于昆明，文、法学院于蒙自，于五月四日开始上课。一学期后，文、法学院亦迁昆明。二十七年，增设师范学院。二十九年，设分校于四川叙永，一学年后，并于本校。昆明本为后方名城，自日军入安南、陷缅甸，又成前方重镇。联合大学支持其间，先后毕业学生二千余人，从军旅者八百余人。
河山既复，日月重光，联合大学之战时使命既成，奉命于三十五年五月四日结束。原有三校，即将返故居，复旧业。缅维八年支持之苦辛，与夫三校合作之协和，可纪念者，盖有四焉。我国家以世界之古国，居东亚之天府，本应绍汉唐之遗烈，作并世之先进。将来建国完成，必于世界历史，居独特之地位。盖并世列强，虽新而不古；希腊、罗马，有古而无今。唯我国家，亘古亘今，亦新亦旧，斯所谓“周虽旧邦，其命维新”者也。旷代之伟业，八年之抗战已开其规模，立其基础。今日之胜利，于我国家有旋乾转坤之功，而联合大学之使命，与抗战相始终。此其可纪念者一也。文人相轻，自古而然，昔人所言，今有同慨。三校有不同之历史，各异之学风，八年之久，合作无间。同无妨异，异不害同；五色交辉，相得益彰；八音合奏，终和且平。此其可纪念者二也。万物并育而不相害，道并行而不相悖，小德川流，大德教化，此天地之所以为大。斯虽先民之恒言，实为民主之真谛。联合大学以其兼容并包之精神，转移社会一时之风气，内树学本自由之规模，外来“民主堡垒”之称号，违千夫之诺诺，作一士之谔谔。此其可纪念者三也。稽之往史，我民族若不能立足于中原，偏安江表，称曰南渡。南渡之人，未有能北返者：晋人南渡，其例一也；宋人南渡，其例二也；明人南渡，其例三也。“风景不殊”，晋人之深悲；“还我河山”，宋人之虚愿。吾人为第四次之南渡，乃能于不十年间，收恢复之全功。庾信不哀江南，杜甫喜收蓟北。此其可纪念者四也。联合大学初定校歌，其词始叹南迁流离之苦辛，中颂师生不屈之壮志，终寄最后胜利之期望。校以今日之成功，历历不爽，若合符契。联合大学之终始，岂非一代之盛事，旷百世而难遇者哉！爰就歌词，勒为碑铭。铭曰：
痛南渡，辞宫阙。驻衡阳，又离别。
更长征，经晓嵲。望中原，遍洒血。
抵绝徼，继讲说。诗书丧，犹有舌。
尽笳吹，情弥切。千秋耻，终已雪。
见仇寇，如烟灭。赵朔北，迄南越。
视金瓯，已无缺。大一统，无倾折。
中兴业，继往烈。维三校，兄弟列。
为一体，如胶结。同艰难，共欢悦。
联合竟，使命彻。神京复，还燕碣。
以此石，象坚节。纪嘉庆，告来哲。
冯友兰朗诵完纪念碑碑文，揭幕仪式开始。历经八年的联大生活就此宣告结束。除师范学院留驻昆明改称国立昆明师范学院（南按：即后来的云南师范大学），联大师生分批北返平津，当天即有90多名师生乘卡车北上。
“千秋耻，终当雪，中兴业，须人杰，便一成三户，壮怀难折……”校歌响起，汽笛声声。师生们整日在校园相聚时，尚不觉得有什么不同，而一旦分别，才蓦然感到各自的灵魂被紧紧地连在了一起。剪不断，理还乱，是离愁，别有一番滋味在心头。许多师生对望无语，相拥而泣，恋恋不舍地离开倾注自己青春热血的春城与脚下那块水乳交融的红土地。