在北返大潮中，有两位联大教授未能随师生同行，留在了昆明云南大学和国立昆明师范学院任教。一位是联大中文系主任罗庸，另一位则是大名鼎鼎的刘文典。罗是大半属于自愿留在昆明师大，少半是与傅斯年关系不睦，或者说傅斯年不希望其北归。而刘文典进入云大却另有一番隐情，且这隐情与闻一多有着公私兼及的藤葛。
据钱穆在一篇回忆文章中说：联大解散后，“旧同事留昆明者仅二人，一为刘文典叔雅，余在北平时为清华同事。住北平城中，乘清华校车赴校上课。有一年，余适与同车。其人有版本癖，在车中常手挟一书阅览，其书必属好版本。而又一手持烟卷，烟屑随吸随长，车行摇动，手中烟屑不能坠。万一坠落书上，烟烬未熄，岂不可戒。然叔雅似漫不在意。后因晚年丧子，神志消沉，不能自解放，家人遂劝以吸鸦片。其后体力稍佳，情意惭平，方力戒不再吸。及南下，又与晤于蒙自。叔雅鸦片旧瘾复发，卒破戒。及至昆明，鸦片瘾日增，又曾去某地土司家处蒙馆，得吸鸦片之最佳品种。又为各地军人旧官僚皆争聘为谀墓文，皆馈鸦片，叔雅遂不能返北平，留教云南大学”。
周作人晚年在《北大感旧录》中，专设一篇“刘叔雅”回忆文章，说：“刘叔雅名文典，友人常称之为刘格阑玛，叔雅则自称狸豆乌，盖狸刘读或可通，叔与菽通，东字又为豆之象形古文，雅则即是乌鸦的本字。叔雅人其有趣，面目黧黑，盖昔日曾嗜鸦片，又性喜肉食，及后北大迁移昆明，人称之谓‘二云居士’，盖言云腿与云土皆名物，适投其所好也。好吸纸烟，常口衔一支，虽在说话亦粘着唇边，不识其何以能如此，唯进教堂以前始弃之。性滑稽，善谈笑，唯语不能择言，自以籍合肥，对于段祺瑞尤致攻击，往往丑诋及之父母，令人不能记述。”又说：“他的说话刻薄由此可见一斑，可是叔雅的长处并不在此，他实是一个国学大家，他的《淮南鸿烈集解》的著书出版已经好久，不知道随后有什么新著，但就是那一部书也足够显示他的学力而有余了。”
钱、周二人皆为刘文典在北平时的同事，其回忆有一定的可信度，只是过于简洁，尚有更多信息没有道及，外人也就无法有一个明晰的了解。尤其是周作人处于自身利害考虑，在民族存亡的关键时刻，对七七事变之后，二人于刘文典北平的居处那段“叫劲”式交往则揣着明白装糊涂，没有半字提及，致使这段历史史实湮没半个世纪不为外界所知。自20世纪90年代开始，随着“陈寅恪热”的出现，刘文典这个陈寅恪昔日的上司兼同事，也在九泉之下跟着升起温来，大有起死回生，重返人间之盛景。
根据好事者发掘的散落材料，对刘文典的秉性品行，道德文章，奇人奇事，可以描绘出一个大致的轮廓。
刘文典，字叔雅，祖籍安徽怀宁，1889年生于合肥，既是一位才高学广的“博雅之士”，又是一位恃才自傲的“狷介”之人。1907年，刘氏在芜湖安徽公学读书时，就加入同盟会。1909年，刘文典走出国门，留学日本早稻田大学，学习日、英、德等国文字，同时受业于在东京主办《民报》的国学大师、反清斗士章太炎，并成为章氏的得意门生，积极筹划反清谋杀活动。辛亥革命爆发后的翌年，即1912年，刘文典回到上海，担任于右任、邵力子等人创办的《民立报》编辑兼英文翻译，宣传民主革命，对袁世凯集团进行口诛笔伐。1931年3月，恼羞成怒的老袁终于忍耐不住心中的闷气，暗中派出刺客，瞅准机会于上海车站一下结果了宋教仁（时任国民党代理理事长）的性命。当时跟在宋氏屁股后头提包的刘文典同时遇刺，手臂中弹受伤，幸亏躲闪及时，才捡得一条性命。同年，孙中山发动的“二次革命”失败，再次流亡日本，组成中华革命党。刘文典复去日本，结识孙中山，并在孙的亲自主持下宣誓加入中华革命党，一度担任孙中山的秘书，积极主张以刺杀、车撞或引爆自制炸弹等恐怖活动，来打击、推翻袁世凯集团的统治。
老袁一命呜呼后，国内革命形势发生了变化。1916年刘文典回国，对军阀混战，商业凋零的残酷现实大为失望，在彷徨中决意以学问报国，不再过问政事。1917年受陈独秀之聘出任北京大学文科教授，并担任《新青年》英文编辑和翻译，积极鼓吹另类文化在中国的传播，同时选定古籍校勘学为终身所系，主攻秦汉诸子，并以《淮南子》为突破口加以研究。经过数载苦钻精研，终以皇皇大著《淮南子鸿烈集解》与《庄子补正》十卷本震动文坛，为天下儒林所重。刘氏因此两部巨著一跃成为中国近现代最杰出的文史大家之一，为学术界广为推崇，曾一度被蒋介石抬举为“国宝”。
少年得志，中年成名的刘文典，逐渐形成了狂狷孤傲的性格，不但不把一般学者文人放在眼里，一旦火起，还要给对方以拳脚交加的教训。据周作人回忆说，1919年五四运动之后，北大校长蔡元培辞职悄然南下，6月3日，北大学生近千人被当局逮捕。5日左右，北大教授在红楼第二层临街的一间教室里开临时会议，除应付“六三事件”，还商讨如何让蔡元培重返北大掌舵的问题。脑后拖一条黄毛小辫，满口“仁义道德”和“春秋大义”、号称北大最古怪人物的辜鸿铭教授登台发言，赞成挽留校长，其理由是“校长是我们学校的皇帝，所以非得挽留不可”。台下就座的《新青年》编辑们熟知辜是一位十足的‘保皇派’怪物，又是处于挽留蔡校长的好意，没有站起来与他抬杠较劲儿。想不到接着上台的一位姓丁的理科教授，却让众人郁闷至极。此人是江苏人，本来能说普通话，可是这回不知吃错了什么药或发了什么神经，在台上却说了一大串叫人听了难懂，而且又非常难过的单句。只见他嘴巴一张一合地说：“我们，今天，今天，我们，北大，今天，今天，北大，我们……”如是者反复嘟嚷。时在下午，又在高楼上一间房里，聚集了许多人，在热闷的空气中，听了这单调的神经病发作一样的语句，有如在屋顶上滴着漏水，实在令人难以忍受。大家正在焦躁不安，忽然有人开门把在座的刘半农叫了出去，不久就听到刘氏在门外顿足大声骂道“混账”，里边的人都愕然出惊，在台上正啰唆不止的丁教授同样吃了一惊，并神经质地以为是在骂他，便匆忙下台退回了原位。
会议中途停顿，刘半农进来报告，才知刚才所骂的是法科学长王某，原因是为了给被当局捕捉的学生赠送食物引起纠纷，事情闹到身为教授会干事负责人刘半农这里，刘听罢不禁火起，遂破口大喝一声，算是给众教授解了围。对这个意外的巧合，周作人颇为感慨地说：“假如没有他这一喝，会场里说不定会要发生很严重的结果。看那时的形势，在丁先生一边暂时并无自动停止的意思，而这样地讲下去，听的人又忍受不了，立刻就得有铤而走险的可能。当日刘文典也在场，据他日后对人说，其时若不因了刘半农的一声喝而停止讲话，他就要奔上讲台去，先打一个耳光，随后再叩头谢罪，因为他实在忍受不下去了。”当时看刘文典义愤填膺的样子，真有可能蹦上台去给那位丁姓教授一记耳光，或一顿乱拳将其打趴在地的可能。只是令大家想不到的是，此次刘文典该出手时没出手，九年之后，反而有别的强人出手，给了他两记响亮的耳光。
1928年8月，刘文典由北大回老家创办安徽大学，出任文学院院长，行校长职。11月，安大学生先是与省立第一女中校长程勉发生冲突，继而由于军警弹压引发声势浩大的“皖省学潮”，一时四方震动，舆论哗然。安徽省代理主席孙孟戟不能解决，恰遇蒋介石巡视到安庆，蒋氏闻知此事，性起之下，当即决定要扮成戏台上的“八府巡安”，召见刘文典予以“训示”。
北伐成功之后，蒋介石的名望大增，号称中国独一无二的铁腕强人，世人多有敬仰者。在这位“虎而冠者”的强人面前，学界大腕儿如胡适、丁文江、翁文灏、朱家骅等温和派人物皆毕恭毕敬，即骄狂霸道如傅斯年者，对蒋介石其人亦敬佩有加，深为尊重，每论及蒋氏言必称蒋公或介公云云。有人云，傅斯年是学者中唯一一位敢在蒋介石面前跷起二郎腿夸夸其谈的学者，此话未必是真。倘真有其事，也是蒋氏逃台之后的事情，那个时候的蒋家王朝早已失了往日的威风，是谓虎落平川遭犬欺也——天下万事万物的道理尽在如此。而1928年秋后的蒋介石正是年轻气盛、春风得意之时，刘文典却不把这位事实上的一国之主当做一盘菜看待。在刘氏眼里，蒋氏只不过是只知操枪弄炮打混战的一介匹夫罢了。
当刘文典被一帮军警带入省府堂厅，见蒋介石端坐大堂正中欲做审讯状望着自己，略吃一惊，又很快镇定下来。刘既不脱去帽子，亦不向对方行礼，找了把椅子昂然而坐，做不屑一顾状。蒋氏一看对方的派头与架势，头上的火星“哧哧”向外窜起。刚要发话，又见刘文典自身上掏出烟盒打开，抽出一支香烟，径自擦着火柴点燃，旁若无人地猛抽开来，烟雾直冲蒋氏的鼻孔。对抽烟喝酒之徒向来极度厌恶的蒋介石见刘氏做出如此癫狂之态，认为是对自己这位国家事实上的最高统帅的大不敬，是佛头抹粪，太岁头上动土，灶王爷跟前撒尿，心头之火再度蹿起，当场严厉喝道：“你就是刘文典？！”
刘氏抬了下头，巴嗒一下眼皮，口气生硬地回掷道：“字叔雅。”
蒋介石强按怒气，斥责刘氏身为国立大学校长，识文解字，为人师表，竟如此混账，对本公无礼云云。面对大动肝火的蒋介石，刘文典仍坐在原处仰头喷着烟圈，鼻孔朝天，极其鄙夷地哼哼着。蒋介石越看越恼火，再也按捺不住胸中的愤怒，猛地蹦离坐椅，冲上前来指着刘文典的鼻子，让其交出闹事的反革命分子与煽动学潮、带头打砸抢烧的共党分子，严惩罢课学生，等等。
见对方如此轻佻，刘文典也顿时火起，照样蹦将起来，用“初类饥鼠兮终类寒猿”的奇声怪调，反指着蒋氏的鼻子厉声道：“我不知道谁是共产党，你是总司令，带好你的兵就是了；我是大学校长，学校的事自会料理，由不得你这个不成器的狗东西新军阀来多管闲事！”
蒋介石闻听此言怒火冲天，嘴里喊着：“大学学生黑夜捣毁女校，殴伤学生，尔事前不能制止，事后纵任学生胡作非为，是为安徽教育界之大耻，我此来为安徽洗耻，不得不从严法办，先自尔始。”话毕，顾不得自己的身份，照准刘文典的面部“噼啪”扇了两记耳光，而后又抬腿用笨重的马靴在刘的屁股上猛踹两脚。刘文典一个趔趄，身子摇晃着蹿出五六步远，头“咣”的一声撞在一个木头柜子上，巨大的冲击力将木柜拔起，“轰隆”一声撂倒在地上四散开来，刘文典也在惯性的牵引下扑倒在地。但仅一眨眼的工夫，刘文典就于满地乱书与碎瓷破铁中一个鲤鱼打挺站将起来，身体后转，倏地蹿到蒋介石面前，像武侠小说中飘然而至的英雄人物一样，飞起一脚，“噗”一声闷响，踢于蒋介石的裆部。蒋“啊”了一声，躬身猫腰，双手捂住下半身在屋内转起圈来，额头的汗水像秋后清晨菜叶上滚动的露珠显着惨白的光芒，一滴滴飘落下来。众人见状，大骇，知刘文典的一脚正好踢中了蒋的小蛋蛋，急红了眼的卫士们一拥而上，将仍在抖动拳脚做继续攻击状的刘文典一举拿下，速将呈霜打茄子状的蒋总司令抬上汽车，送医院施救。
蒋介石在医院病床上大汗淋漓地嗷叫着翻滚了半天，总算化险为夷，只是两个肉球已呈西红柿状急速膨胀起来，走起路来很不方便。为解所遭之羞辱与心中的愤恨，蒋氏下令以“治学不严”的罪名把刘文典扭送局子下了大牢，并宣布解散安徽大学，把为首捣乱滋事的共党分子捉拿归案，严刑正法。
消息传出，安庆学界和民众群情激愤，舆论哗然。安大师生立即组成“护校代表团”到省政府请愿，要求立即释放刘校长，收回成命。同时，安大师生致电时为教育部部长蒋梦麟、学界领袖蔡元培、胡适等人请求援助。刘文典夫人张秋华于次日乘轮船至南京晋见蔡元培、陈立夫等党国要员。蔡元培得此消息，迅速联络蒋梦麟、胡适等同事好友，共同致电蒋介石，历述刘文典为人治学及任《民立报》主笔时宣传革命，以及追随孙中山先生鞍前马后奔波劳苦的功绩，恕其语言唐突，“力保无其他”（南按：意为刘不是共产党），并说刘有“精神不正常的老病”，强烈要求开释。面对全国掀起的强大舆论，加上蔡元培等教育界名流大腕儿，连同国民党要员陈立夫等一并出面斡旋，权力与事业正在上升但根基并未牢固的蒋介石，为个人威信与政治大局考虑，答应放刘，但必须以“立即滚出安徽地盘”为条件。于是这般，被关押了7天的刘文典，于12月5日获释走出了牢房。
遭受一顿皮肉之苦的刘文典并未服气，蹦着高儿大骂了一通蒋氏是一个军阀狂徒之后，卷起铺盖离皖赴京返北大继续任教。欲乘轮东下之际，安大师生、当地群众与省政府官员近千人到长江码头欢送，省府代理主席孙孟戟拉着刘氏的手满含歉意地说：“虽在缧绁之中，而非其罪也。”这是孔子当年谈到被官府捉拿到牢狱的弟子公冶长时说过的话，意思是其人虽然被关在牢狱里，但这并不是他的罪过，后来孔子把自己的女儿嫁给了公冶长。孙氏此言当然没有把女儿嫁给对方之意，但对刘文典不计名利得失，敢于和蒋介石拼上一家伙的胆魄与精神深感敬佩，遂以孔子之言示之。——令刘文典没有想到的是，正因了这一段传奇经历，使他的声名一夜间传遍国内，为天下儒林士子所重。
就在刘文典抵达上海等待赴京的短暂间隙，专程拜谒了他的老师章太炎。1927年5月，章氏被上海市党部临时执委会指名为国内第一号学阀，呈请国民党中央加以通缉。此时的章太炎因对国民党与蒋介石不满，在同孚路赁寓闭门杜客，对国事、学术俱保持缄默，只是偶尔憋不住骂几句蒋介石“罪魁”以泄胸中愤懑。当他听毕刘文典当面怒斥蒋介石“新军阀”等事件始末，神情大振，当即抱病挥毫，书写了“养生未羡嵇中散，疾恶真推祢正平”对联相赠。赠联借用汉末狂士祢衡击鼓骂曹的典故，对蒋介石的专横独裁进行了抨击，内中透出对弟子所表现出的疾恶如仇的精神的赞许。
到达北平后，刘文典于1929年5月21日会见了“少年同门，中年同事”，即同为章太炎门下弟子，并在北大任教的鲁迅，就有关军阀的所作所为“谈了一通”（《鲁迅日记》）。据刘文典回忆说：“老友重逢，欣然道故，真有说不出的高兴。我拉一把椅子，坐在他的藤椅边，说了半天的话。他平日很健谈，但是很少发笑，这一次谈到广东军阀考察他的思想时那种愚笨的很滑稽的情形，也撑不住发笑了。”就是这次会见，刘文典详细谈了自己在安徽大学与蒋介石冲突的细节和内幕，对其显现的精神风骨与气节，鲁迅深表钦佩，事隔两年都念念不忘。1931年12月11日，鲁迅在左联主办的刊物《十字街头》，以佩韦的笔名发表了《知难行难》一文，内中说道：“安徽大学校长刘文典教授，因为不称‘主席’而关了好多天，好容易才交保出外，老同乡，旧同事，博士当然是知道的，所以，‘我称他主席……’”以此讽刺赴南京谒蒋介石的胡适等人的软骨症。一时间，此文风传学界，搞得“我称他主席”的胡适大栽脸面。
刘文典在北大任教两个月后，又接受清华校长罗家伦聘请，出任清华大学国文系教授，与陈寅恪成为同事，同时在北大继续兼课。1931年8月，因朱自清休假出国，刘文典代理中文系主任，成了陈寅恪的直接上司。此后八年间，刘文典继续进行古籍校勘工作，发奋著述，成果颇丰，先后完成《三余札记》《庄子补正》等著作，在学术界又引起一阵不小的震动，堪称国学领域唯一可与陈寅恪过招并有一拼的重量级大师。