1940年5月，欧洲战场上，德国法西斯军队机械化部队绕道比利时，以闪电速度斜插法国腹部，从法国马奇诺防线左翼迂回，在蒙梅迪附近突破达拉弟防线，占领了法国北部。紧接着进抵马奇诺防线的后方，导致号称“固若金汤”的马奇诺防线变成了毫无用处的垃圾堆，在此布防的英法盟军数十个师瞬间崩溃，德军势如破竹向巴黎挺进。与此同时，远东战场上的日军与希特勒遥相呼应，立即出兵威胁越南，封闭滇越铁路，进而封锁香港。见风使舵的英国迅速与日本达成协定，拱手交出中国政府存放于天津英国银行的大批白银，并承诺配合日军封锁滇缅公路3个月，与日本共同觅得“光荣之和平”。
就在以上战略步骤实施前后，为确保日军已经攻占的武汉三镇，控制长江水上交通线，扼住中国军队的咽喉，置国民政府于死命，5月2日，日军调集15万精锐部队在第十一军 司令官园部和一郎指挥下，于襄阳、枣阳、宜昌一带发动战争，史称“枣宜会战”。中国第五战区司令长官李宗仁指挥六个集团军进行狙击。日军自5月1日起分三路先后攻占明港、桐柏、唐河、枣阳等地，10日会师于唐白河畔。中国军队转入外线的部队将敌反包围于襄东平原，收复明港、桐柏，一度克复枣阳。5月14日，第三十三集团军总司令兼第五战区右翼兵团上将衔总司令张自忠，亲率第74师、骑9师及总部特务营数千人渡襄河出击，截击敌军，与日军血战竟日，复激战通宵。第二天，日军调集飞机20余架，炮20余门，轮番轰击。
平津沦陷后，以匹夫之勇在北平主持冀察事务的张自忠痛悔自己的过失和糊涂，不该独自留下，以极不恰当的方式，在错误的时间、错误的地点和日本人进行一场无论是政治还是军事上都颇为错误的周旋。当自己受日本人利用的价值不存，被对方一脚踢开并威胁到生命安全时，遂猛然悔悟，化装打扮，潜出北平逃往天津，再乘轮船逃至烟台，秘密转车赴济南。山东省政府主席韩复榘奉命将张自忠扣押。期间，张见到专程前来探望的萧振瀛，追悔莫及，相抱大哭，说了些“对不起团体，对不起大哥”的话，尔后由原二十九军副军长秦德纯陪同，解往南京面见蒋介石请罪。张自忠在蒋面前提出愿回“军前效力”，立功赎罪。后在原二十九军将领宋哲元、萧振瀛，以及李宗仁、何应钦、程潜、张治中、鹿钟麟、魏道朋、郑毓秀等军政显要的轮番游说下，蒋介石终于被说动，在大敌当前，鏖战正酣的关键时刻，根据“使功不使过”的策略思想同意张回原部队，以三十八师师长原职兼代该师新升格的五十九军军长。
1938年1月，张自忠的五十九军被调归第五战区序列李宗仁指挥，旋赴临沂一带参加台、枣会战。张自忠以悲愤交加的心情，率部在临沂战役中击溃号称日本“钢军”的板垣征四郎第5师团，揭开了台儿庄大捷的序幕。
血战台儿庄之后，日军增兵包围徐州，截断陇海铁路，张自忠部又临危受命，掩护徐州数十万主力部队突围。武汉会战中，张部奉命守卫潢川，重创来犯日军第10师团。战后，张自忠以战功升任第二十七军团军团长，未久，军事委员会组建第三十三集团军，该集团军下辖曹福林的五十五军，张自忠的五十九军和冯治安的七十七军，张自忠任集团军总司令，冯治安副之，这支部队算是原二十九军老班底的余脉。此时的三十三集团军重整旗鼓，面貌一新，再也不是宋哲元第一集团军暮气沉沉的混乱状况了。受张、冯二位将领“尽忠报国”（张自忠语）的影响，军士们个个奋勇当先，在著名的随枣会战和枣宜会战，均打出了军威、声威，立下了赫赫战功。令人痛惜的是，一代名将张自忠竟在战场上以身殉职。
5月16日晨，张自忠部进至宜城东北罐子口地区与日军展开激战，在敌猛烈炮火的轰击下，被迫退至南瓜店附近。日军得知第三十三集团军总司令部被包围，集中万余人全力展开围攻夹击。因实力悬殊，第74师和特务营伤亡殆尽，张自忠数次中弹，身被七创，自知不治，弥留之际，对身边的人员说道：“我力战而死，自问对得起国家，对民族、对长官可告无愧，良心平安。”旋拔剑自戕，壮烈殉国，时年51岁。
当时围攻而来的日本鬼子亲眼目睹张自忠舍身以成仁的忠勇场面，皆认为倒下的不是一个人，而是一座山。随之而来的日军将领确认眼前阵亡的将军就是张自忠后，在片刻的欢呼之后，即肃穆郑重地列队，给面前这座大山一样伟岸刚卓的烈士行了军礼。——这是对勇者强大灵魂与高贵人格的敬畏和敬佩。
当天夜里，根据最高统帅部命令，中方派一个师的兵力强攻落入敌人手中的阵地，以牺牲二百多名士兵的代价，占领该据点并抢回落入到日军手中的张自忠将军之躯。5月21日5时，李致远将军、徐惟烈顾问奉三十三集团军副总司令冯治安之命，率手枪队，乘六辆卡车从快活铺集团军总部起程，护送张自忠灵柩前往重庆。
将星陨落，举国震悼。护送张自忠灵枢的车队经荆门、当阳等县和沿途集镇，均有各界群众祭奠。下午3时许，车抵宜昌县境，在宜昌东山寺停灵三日，23日凌晨4时，张自忠灵柩在严重、郭忏、王陆一等人护送下，由东山公园东山草堂运往轮船码头，宜昌民众路祭送灵者达10万之众，夹道香花爆竹不绝。民生公司免费运送灵柩的“民风”号轮船，停泊江面，生火待发。江面上过往轮船按响汽笛，以哀悼党国在抗战中失去的第一位集团军总司令职、上将衔的民族英雄。清晨6时半，盛载张自忠遗体的轮船拔锚起航，岸上人群无不怆然，江中其他轮船都停止航行，肃穆以待，汽笛一阵紧接一阵，扣人心弦，催人泪下。
这一感人至深的场面，时任军事委员会战区军风纪第二巡察团委员、正在宜昌亲睹其情的王陆一有如下记述：
张自忠将军忠榇之过宜昌也，军中未即公布而民间已有所闻，不期集于东山寺者逾十万人。入夜，万火荧荧、衔哀野祭，山头路角，终夜闻悲叹声。几多老母夜起手制面食，曰：我为张将军作北方饭也。凌晨移榇上船，由东山寺直至江边，千家万户争于街头设祭。花香酒果，低头虔拜，望行列且近，手燃爆竹，目注灵舆，若有无穷之哀思，欲尽情倾诉者，祭桌上盛陈珍贵品物者，其意恨不尽献所有于此民族英雄也。沿途人山人海，悲壮恳切之情，使送灵者垂泪而过，莫能仰视。其时警报呜呜，敌机已凌空，而送者无一人退祭，无一人去也。前导军乐激楚，覆棺之国旗愈显光丽，十万人缀队以行，发于自然之情而不能己，庄严沉毅，初无指挥而整肃无比，视敌机盘旋蔑如也。灵榇上船，素旐徐展，岸上人犹是心送将军欲溯江俱远耳。
5月28日，张自忠将军灵柩运抵重庆，全军举哀，满城悲恸。蒋介石亲临致祭，发表告全军将士书，追述张自忠一生的抗战之功：
追维荩忱（南按：张自忠字）生平与敌作战始于二十二年喜峰口之役，迄于今兹豫鄂之役，无役不身先士卒。当喜峰口之役，歼敌步兵两联队，骑兵一大队，是为荩忱与敌搏战之始。抗战以来，一战于淝水，再战于临沂，三战于徐州，四战于随枣。而临沂之役，荩忱率所部疾趋战地，一日夜达百八十里，与敌板垣师团号称铁军者鏖战七昼夜，卒歼敌师，是为我抗战以来克敌制胜之始……在表彰其战功的同时，蒋介石借机对张自忠在平津沦陷前后一段历史功过作了评述：
抑中正私心犹有所痛惜者，荩忱之勇敢善战，举世皆知，其智深勇沉，则犹有世人未及者。自喜峰口战事之后，卢沟桥战事之前，敌人密布平津之间，乘间抵隙，多方以谋我。其时应敌之难，盖有千百倍于今日之抗战者。荩忱前主察政，后长津市，皆以身当樽俎折冲之交，忍痛含垢与敌周旋，众谤群疑无所摇夺，而未尝以一语自明。唯中正独知其苦衷与枉曲，乃特加爱护矜全，而犹为全国人士所不谅也。迨抗战既起，义奋超群，所向无前，然后知其忠义之性，卓越寻常，而其忍辱负重，杀敌致果之概， 乃大白于世。夫见危授命，烈士之行，古今犹多有之。至于当艰难之会，内断诸心，苟利国家，曾不以当世之是非毁誉乱其虑，此古大臣谋国之用心，故非寻常之人所及知，亦非寻常之人所能任也……据时为第二集团军副总司令兼六十八军军长的刘汝明后来回忆：“此文传至前方，二十九军袍泽捧读之余，无不感激泣下。”
张自忠牺牲后，三十三集团军由盛转衰。随着抗战胜利、内战爆发，原二十九军老班底遭到重创，最终走向末路，烟消云散。
尽管国军将士忠勇荩忱，硬打死拼，不惜以身殉国，终因装备与兵员素质等方面与敌方相差悬殊，仍未阻止日军的凌厉攻势。骄狂的日军在扫荡武汉周边战略要地后，又集中兵力向西部的宜昌赴来，企图打开三峡门户，围攻陪都重庆，给精疲力竭的国民党抗日力量最为致命的一击。中华民族又一次面临死里求生的抉择。
1940年7月，为彻底切断中国仅存的一条国际通道，日本军队直接出兵强行占领了法属印度支那的越南，不仅切断了滇越铁路，而且由于距离缩短，使得飞机轰炸滇缅公路和终点站——昆明更加频繁起来。到了8月底9月初，日机对昆明的轰炸更加猛烈，轰炸范围已扩大到昆明郊区，日军开始组织精锐向云南境内进犯，形势日趋危急，处在硝烟炮火中的西南联大形势日渐严峻。对这一时期的局势，时在联大读书的学生何兆武记忆犹深：“从1940年夏天到1941年秋天，在这一年零一个季度的时间里，日本几乎天天来飞机轰炸，而且很准时，早晨九十点钟肯定拉警报。据说重庆一拉警报大家就躲进山洞里，可是昆明没有山洞，幸亏联大就在城边，一拉警报我们就往郊外跑，十来分钟就能翻两个山头，跑到山沟里就安全了。不过因为日本飞机到处丢炸弹，山沟里也有不安全的时候。有一次，华罗庚先生和教我们西洋史的皮名举先生躲在一起，不知怎么日本人在那山沟里（记得叫黄土坡）撂下两颗炸弹，石头土块把他们埋了起来。皮先生爬出来，晕头转向地往外走，没走几步忽然想起华罗庚还在里边，赶紧又找人回去，又把华先生拉了出来。”
何兆武所说躲警报的地方又称为“一线天”，这是一道很窄的狭谷，大家认为躲警报此处较为安全，每次空袭到那里去的人也最多。因是在狭谷中，炸弹下来把两边的土炸翻，才有华罗庚被埋的险情发生。
给何兆武印象最深的一次是1940年秋开学不久，敌机又来轰炸，“那一次炸得很凶，宿舍、图书馆都被炸了。我还记得那天回来以后校园里到处都是灰尘，就看见蒋梦麟校长——平时他很少露面的——坐在图书馆门前的地上，一副无奈的样子。”
这次轰炸的具体时间是1940年10月13日，前一天是联大招生发榜日，13日是星期日。关于当天轰炸情形，从吴宓日记中可见得较为清楚。
是日，联大外文系教授吴宓邀多位友人同游西山，上午9：00从小西门外篆塘上船，10：40在滇池中闻警报。“途中2：00见日机27架飞入市空，投弹百余枚。雾烟大起，火光迸烁，响震山谷。较上两次惨重多多。”傍晚归城后，“始知被炸区为文林街一带。云大及联大师院已全毁，文林巷住宅无一存者。大西门城楼微圯，城门半欹。文林街及南北侧各巷皆落弹甚多。幸联大师生皆逃，仅伤一二学生，死校警工役数人云。”
次日清晨，吴宓赴翠湖边的先生坡、天君殿巷等处访友，只见：“房屋毁圯，瓦土堆积。难民露宿，或掘寻什物。……文化巷口棺木罗列，全巷几无存屋。”又“闻死者约百人。”
吴宓所记的“校警工役数人”，其中一位是专门负责看守联大常委办公室和地下室的老校工尹师傅。当时在梅贻琦办公室后面专门挖了一个小型地下室，用来存放学校有关文件、贵重仪器和从北平带来的为数不多的孤本、善本书籍。平时有两名校工管理看护，遇到空袭时就把门锁上，众人一起“跑警报”，而在三名常委中，梅贻琦“跑警报”的次数最多最勤。据西南联大教授陈岱孙回忆说：那时候经常有警报，而“一有警报，我们就往后山跑，上坟堆里去。飞机来了，就趴在坟堆里看着下炸弹，下了炸弹以后飞机飞走了，我们才站起来。那时候，张伯苓校长在重庆，蒋梦麟也经常到重庆去，有时也在昆明，但是很少参与学校的事情。梅校长就是那个时候的校长，尽管名义上是常委。他经常每天办公，警报一来，也跟学生一样一起往后山跑，飞机来时，跟学生一样趴在学生身边。所以当时，学生看起来，梅校长是很亲近的。”
因敌机来得频繁，跑警报的次数太多，联大师生与员工渐感疲乏并产生了懈怠与侥幸心理，对敌机的“嗡嗡”轰鸣也不再理会。每次警报响起，几位老校工就打开联大校园的后门，让众师生向后山疏散，自己则在校园内或常委办公室看护。有些学生也仿照老校工的做法，在校园内随便找个树木繁密的地方或蹲或坐，待敌机过后再继续到教室自习，想不到这个做法竟酿成了一场灾祸。
10月13日下午，梅贻琦正在办公室处理公务，紧急警报响起，梅仍像往常一样走出办公室，随着师生穿过校园后门奔赴后山躲避。当他尚未跑到离校园最近的白泥山，敌机已飞临校园上空，密集的炸弹冰雹一样落下，顿时浓烟腾起，常委办公室与临近的一幢宿舍被炸塌，看守地下室和常委办公室的老校工尹师傅与几位同事，另外还有几名躲在校园密林内的学生，见此次敌机轰炸异常猛烈，乃起身向防空洞奔去。有的刚钻进洞口，有的尚在洞外，一枚炸弹从天而降，众人不幸遇难。梅贻琦多亏跑得及时，算是逃过了一劫。
同1937年卢沟桥事变中日军轰炸南开大学一样，此次日机对昆明的空袭，显然是专门针对教育机构而来。对这一悲剧的发生，梅贻琦事后在一份《告清华大学校友书》中写到：“敌机袭昆明，竟以联大与云大为目标，俯冲投弹，联大遭受一部分损失，计为师范学院男生宿舍全毁，该院办公处及教员宿舍亦多处震坏”；“环学校四周，落弹甚多，故损毁特巨”；“清华办事处在西仓坡之办事处，前后落两弹”，办事处防空洞“全部震塌”，“工友二人，平素忠于职守，是日匿避该防空洞内，竟已身殉”。
此次联大校舍被炸的具体情形，昆明报纸于次日作过详细报道：“昨敌轰炸机二十七架袭昆，对我最高学府国立西南联合大学，做有计划之轰炸，以图达到其摧残我教育与文化事业之目的……新舍男生宿舍第1、2、28、32等号被毁……师院女生宿舍第2号……男生宿舍第1、2号，教职员宿舍被毁……第7、8教室被毁。南区生物实验室一栋全毁，内有仪器多件，图书库被毁……其余，常委会办公室、出纳组、事务组、训导处、总务处均被夷为平地。”
就在这次轰炸中，蒋梦麟办公室一根被炸断的房梁轰然落下，把蒋的办公桌桌面刺穿。
多亏当时蒋梦麟已跑出办公室，否则后果不堪设想。学生何兆武看到这位蒋校长坐在图书馆前的地上，一副无奈的样子，或许不够准确。
但当时的蒋梦麟面对他办公室中的恐怖情景，一定是百感交集并心有余悸的。
当然，对此次不幸事件的发生，也有教授同仁对学校高层特别是师范学院领导者的态度表示不满，曾昭抡于第二天日记载：“昨日敌机轰炸昆明后，我等住宅前后左右，落炸弹甚多。附近数屋变成一片废墟，有一屋全家六人均被炸死。联大师范学院的男生宿舍全毁，学校负责人，竟不露面。在办公时间内，全校无一人办公，惟教授则仍有一部分上课者。”
这个批评是否合适当另当别论，或许师范学院的领导人另有他事而不在现场，或有其他缘由。但无论如何，此次轰炸对联大校舍及其他物质的毁坏是巨大的，其在师生心中投下的战争恐怖阴影也难以消除，以至多少年后仍记忆犹深。
西南联大被炸的这一天，正是日军全面占领法属印度支那一个月的日子，昆明距日军占领的越南河内军用机场不足600公里，距已经推进至河口一线的日军先头部队不足400公里。地处边陲的云南昆明由大后方一变而成为战火纷飞的战区旋涡，遭受敌机轰炸如同家常便饭，不论是达官贵人还是平民百姓，包括大大小小的知识分子都无可奈何，只能是一边工作一边默默忍受着。据曾昭抡10月17日的日记载：“日方广播，谓将于17至21日，狂炸昆明及四郊。今日五时左右即醒，早饭后赴校上课。天空阴云甚重，上两节课安然无事。九时三刻，空袭警报终来，出城避至山边沟中。坐沟旁草地上，读完一书。至下午一时余，仍放紧急警报。坐沟中向天张望，不久旋见敌机三架，来回盘旋侦察。后见重轰炸机三队二十七架，作银白色，自头上飞过，至城角上空，投轻炸弹一批，随见城内黑烟扬起。由城飞至马街子，投重磅炸弹一批，地为之撼。警报至五时左右始解除。回家晚餐后，阅清华留美试卷，至十一时睡。”18日日记又载：“八时至北门街宿舍取书，返宅后画《高等有机》应用之图表。九时半警报又来，出城疏散，坐两山间之山沟内，读看清华留美试卷。”
因了连续的轰炸，许多文科教授干脆把课程安排到晚上讲授，如吴宓就利用晚上没有轰炸的空隙，借月明之夜继续他的《欧洲文学史名著》中“柏拉图”一课的讲授。10月16日，吴在日记中写道：“晚7—9时至校舍大图书馆外，月下团坐，上《文学与人生理想》，到者五六学生。”
正如“物极必反”的道理一样，轰炸次数多了，就出现了一些反常现象，或称为一种战时精神。如汪曾祺所说：“联大同学也有不跑警报的，据我所知，就有两人。一个是女同学，姓罗。一有警报，她就洗头。别人都走了，锅炉房的热水没人用，她可以敞开来洗，要多少水有多少水！另一个是一位广东同学，姓郑。他爱吃莲子。一有警报，他就用一个大漱口缸到锅炉火口上去煮莲子。警报解除了，他的莲子也烂了。有一次日本飞机炸了联大，昆中北院、南院，都落了炸弹，这位郑老兄听着炸弹乒乒乓乓在不远的地方爆炸，依然在新校舍大图书馆旁的锅炉上神色不动地搅和他的冰糖莲子。”
这两位同学置敌机轰炸于不顾，临危不惧、神态自若的另类表现，真有点古代战争或武侠小说中描绘的大将风度，甚至有点神仙风范，令人叹服。据说，联大校园外不远处有一家牛肉面馆，老板很有个性，被炸之后，索性换了一个新的招牌，叫做“不怕炸牛肉面馆”，大家都觉得这个招牌挺有趣，也挺鼓舞士气，前来吃面喝汤的食客增加了不少，老板因此大大地发了一笔。
当然，说是“不怕炸”只是赌气式地与日本人暗中较劲儿，或者称为一种黑色幽默，凡胎肉体总是敌不过钢铁炸弹，警报一响，还得跑。日复一日，没完没了地跑，众人身心俱疲，就连住在昆明郊外龙泉镇的中央研究院史语所、中国营造学社，以及李济领导的中央博物院筹备处同仁，每天都在警报的鸣响中惶恐度日，其悲苦之状从林徽因给费慰梅的信中可以看到：
日本鬼子的轰炸或歼击机的扫射都像是一阵暴雨，你只能咬紧牙关挺过去，在头顶还是在远处都一样，有一种让人呕吐的感觉。
可怜的老金，每天早晨在城里有课，常常要在早上五点半从这个村子出发，而还没来得及上课，空袭就开始了，然后就得跟着一群人奔向另一个方向的另一座城门，另一座小山，直到下午五点半，再绕许多路走回这个村子，一天没吃、没喝、没工作、没休息，什么都没有，这就是生活。
梁、林夫妇的儿子，当时只有8岁的梁从诫童年的记忆里，曾烙下了这样的画面：“有一次，日本飞机飞到了龙头村上空，低到几乎能擦到树梢，声音震耳欲聋。父亲把我们姐弟死死地按在地上不让动。我清楚地看见了敞式座舱里戴着风镜的鬼子飞行员，我很怕他会看见我，并对我们开枪，感受到了死亡的威胁。”
联大师生、昆明的民众与林徽因母子的感受，基本代表了当时国人的心境：战争是酷烈的，由节节失利的战争带来的苦难，更令人焦虑、心悸、不安。但大多数人并未因此全面退缩，或放弃抗战的决心与胜利的信心，用民众通俗的说法，就是“豁出去了，拼了再说。”对知识分子而言，此时的心境按清华大学教授闻一多的说法，就是“教授们和一般人一样只有着战争刚爆发时的紧张和愤慨，没有人想到战争是否可以胜利。既然我们被逼得不能不打，只好打了再说。人们对于保卫某据点的时间的久暂，意见有些出入，然而即使是最悲观的也没有考虑到战事如何结局的问题。”
当时日军对重庆的轰炸远胜过昆明，1939年6月11日，蒋介石的重庆黄山官邸附近遭到轰炸，官邸亦中弹，时蒋在三楼，险遭劫难。1940年5月始，日机经常以一百架次以上轰炸重庆，许多无辜的民房与市民被炸毁炸死，其悲惨之状，令人痛扼。这年5月29日，蒋介石在目睹了重庆大轰炸后，于当天的日记中作了如下记载：
其扶老携幼，负重行远之情状，见之心酸，下代国民应知今日其父母挈其避难之苦痛，为空前史所未有，为国为家，更应特尽忠孝之道，庶不愧为中华民国之子孙也。
进入8月，日机对重庆的轰炸更为猛烈，整个重庆市区墙倒屋塌，满目疮痍，死伤惨重。尽管如此，军民们那种慷慨悲歌之气未减，大有越炸越勇，越炸越冷静、不屈之势。8月19日，日机出动一百九十余架，对重庆展开轮番轰炸，整个市区笼罩在浓烟与烈火中，许多建筑被炸后燃烧，持续数十小时。面对惨剧，蒋介石于8月21在日记中作了如下记载：
徒凭满腔热忱与血肉，而与倭寇高度之爆炸弹与炮火相周旋于今三年，若非中华民族，其谁能之。
字里行间，透出这位战时军政领袖不服输，不怕鬼，不信邪的气概。1941年8月30日，蒋介石的重庆黄山官邸再次遭日机轰炸，六名卫士死二伤四。面对血肉横飞的惨象，蒋介石心怀忧愤但不为所惧，继续在残破的官邸办公和召开会议，周身透出一股视死如归的英雄豪气。
就在日军攻占越南并出动战机对重庆与昆明等地狂轰乱炸之际，国民政府教育部指令，西南联合大学、同济大学、中央研究院史语所、社会学所、中央博物院筹备处等驻昆学校和科研机构“宜作万一之准备”，即作迁移的准备。7月17日，西南联大常委会召开会议，决定按照教育部指令，做必要的准备工作。7月26日，梅贻琦与联大教务长樊际昌、事务组主任毕正宣赴云南澄江考察，但澄江接纳能力有限，只能前去一个学院。9月9日，联大常委会在听取了叶企孙、周炳琳、杨石先、樊际昌等人前往澄江再次调查和筹设分校与当地接洽的情况后，决定不去澄江，分校地点以重庆以西的四川辖境为宜。号称天府之国的蜀地，既有千山万壑的阻隔，又有长江或岷江、金沙江、嘉陵江等支流和国民政府战时首都重庆相通，其间有大大小小的坝子可以耕种，粮食、蔬菜等生活必需品容易解决，是一个天然的避难场所与积蓄力量、待机反攻的后方基地。中国历史上许多王朝在大难临头之际都逃亡四川避难，天宝年间的安史之乱，在长安城陷之际，唐玄宗携带部分文臣武将出逃四川剑南，李唐王朝在天崩地裂的摇晃震荡中最终稳住了阵脚。鉴于这样的天然条件，西南联大作出了迁川的决定。
这年10月初，四川省政府致电西南联大，对迁川“极表欢迎”，并表示“校址似以泸县、宜宾、叙永一带为宜。”根据派人勘察的结果，联大常委会于11月13日决定，在泸县以南的叙永设立分校，聘请杨振声为分校主任，先迁移一年级及选修班学生到该校上课，待将来形势演变再作全部搬迁的抉择。因战时交通不便，600余名新生入校注册时间推迟到1941年1月2日，6日开学，10日上课。自此，中国西南边陲又诞生了一个特殊的课堂。就在联大派人赴川考察空隙，中央研究院史语所所长傅斯年也令该所副研究员芮逸夫，随同济大学派出的教授一道赴川寻觅迁移之处，并很快在宜宾下游22公里处找到了一个可供安置书桌的地点。傅斯年与李济、梁思永、董作宾、李方桂等人根据考察情况交换意见，认为在没有更好的地方的情况下，只能选择此处暂时落脚。于是，中央研究院在昆明的几个研究所，连同相关的中央博物院筹备处、中国营造学社等学术机构，与驻昆的同济大学一道，又开始了一次大规模迁徙，目标是一个“在地图上找不到的地方”——四川南溪李庄。