中央研究院史语所由昆明派出的第一批车队行程并不顺利，一辆在易隆附近山区翻车，一辆中途抛锚，只有趴在山野草莽中暂且与虎狼为伴，后来经过千难万险才到达泸州江边。林徽因等人乘坐的眷属车也无一例外地遇到了麻烦，据梁从诫回忆：“到威宁县城，天已全黑，而车子在离城门几里处突然抛锚。人们既不能卸下行李掮进城，又怕行李留在车里被人抢劫，最后只好全车人留在卡车里过夜。而我又偏偏发起高烧，妈妈只好自己拖着一家人进城为我找医生。次晨听说，夜里狼群竟围着车厢嗥了半宿。”
当车辆陆续到达泸州南岸的蓝田坝后，在潘悫、王文林等先行人员与当地转运站交涉下，人与物资一起转入民生公司轮船，沿江西行至宜宾，再转乘小型木船返回李庄。身在重庆的傅斯年得到消息，于1940年10月15日致电王世杰转呈四川省政府报告说：“谢拨给南溪县李庄为迁徙所址，第一批人员物资已到达，余在途中。”
11月12日，由史语所研究人员王崇武押队的第三批共140箱物资抵达宜宾，稍事停留后，分装几艘民生公司小型驳船运往李庄。意想不到的是，刚驶出宜宾不远，其中一艘驳船不幸失重倾覆，船上运载的货物全部滚落于江水。众人一看大事不好，急忙上岸找人打捞抢救，宜宾专员冷寅东闻知，深感事关重大，当即下令所属水运局火速派遣潜水员下水打捞。在上下左右一番紧急抢救后，总算把落江的箱子全部打捞上来。万分遗憾的是，落水者偏偏不是收藏的青铜器、陶器或甲骨，而是分装于各箱中的拓本与善本书籍，尽管装箱时外部包了一层函套，仍全部被江水浸透。
此事迅速报知了先期到达李庄的董作宾和在重庆的傅斯年，二人闻听大惊，董作宾向傅斯年发电商讨救治办法，傅斯年早已气急败坏，大骂王崇武成事不足，败事有余，眼睁睁地看着几十箱珍贵书箱翻落水中。骂过之后，一面派人和民生公司在重庆的总部联系查验、索赔事宜，一面指示宜宾王崇武等人速把落水书箱搬到一个安全地方开启验示并设法救治。此后，傅斯年电请董作宾由李庄赶往宜宾，亲自组织指挥对落水书籍的救治事宜，凡从江水中打捞出的箱子，全部集中到宜宾明德小学进行开箱、晾晒，并一一登记造册。于是，在重庆与宜宾之间，傅斯年与董作宾的信函你来我往，频频交换救治情况并向民生公司通报。宜宾方面，除了王崇武一队人马外，又加派了后到的一组同仁共同晾晒救治。大约到了1941年1月11日或12日，晾晒的书卷才算告一段落，所有人员乘船押运物资抵达李庄板栗坳驻地，正如石璋如所说，这一下“等于晒了三个多月的经”。除了王崇武等一队人马中途发生意外，在昆明最后一批押车起程的石璋如，途中也遇到了较大的麻烦。一辆汽车翻入赤水河桥下，所幸没有摔入水流滚滚的河心，车上的箱子大都散落在桥头，只有几个滚落于河边的浅水里。石璋如与同行的王志维等人憋着闷气到当地去找吊车求百姓帮忙拖吊，寒风呼号中，经过三天三夜的折腾，车子才被拖上来重新上路。当来到泸州装船时，已是1941年1月9日。又经过4天的装船押运，全船物资才算安全运往李庄板栗坳居地。——至此，史语所全部人员和物资抵达李庄，众人悬着的心才得以放下。
1941年1月18日，傅斯年从重庆匆匆赶往李庄，主持分房事宜。
就在傅氏准备动身之时，同济大学师生也陆续翻越乌蒙山脉，渡过赤水河，溯江向李庄赶来。原本只有三千多人口的李庄古镇，突然要安置上万之众的“下江人”，尽管当地士绅和民众早有心理准备，但当一队队人群扛着箱子，背着背包，提着行李，潮水一样涌来时，还是感到震惊和为难。
当初联系迁徙地点时，同济大学在先，李庄乡绅拍发的电文也是“同大迁川，李庄欢迎，一切需要，地方供应。”中研院的史语所等机构只是跟随而来，因而在李庄的院落房舍分配上，如同当地豪门大户分家一样，就形成了正房夫人与偏房二奶、三奶、四奶及小妾、丫鬟们的主次关系。同济大学凭借此次行动中开山鼻祖的地位，自然博得了头彩，凡李庄镇内最适合外来人员办公、学习场所，如历史上“湖广填四川”时兴建的各种会馆、祠堂，或年代稍晚的“九宫十八庙”，均被其所占据。如当地著名的南华宫成了同济大学理学院，紫云宫变成了同大图书馆。镇内位置最好、规模最大、院内房舍最为宽敞明亮的禹王宫，成了同济大学的校本部。最具川南代表性的建筑——东岳庙，当地士绅组织人力用滑轮和长杆起吊神像，让这些掌管着风调雨顺、五谷丰登的天神们暂时集中到一间黑屋子里“办学习班”，待抗战胜利后再出来工作。腾空的大殿、偏殿和各个大小不一的套院，支起了简易的课桌——同济大学规模最大的工学院在此敲响了上课的钟声。镇内原小学校址——祖师殿，腾出后移交同济大学医学院，除平时上课，还作为学院解剖、实验场所应用。当地驻军18师一个团部住在东岳庙的偏殿内，经学校委婉劝说，也移迁它处，调给同大使用。同济师生在这座千年古镇找到了一片绿荫与栖息之地。
与同济大学相比，中研院来李庄的研究所、中央博物院筹备处、中国营造学社等机构，则逊色了许多。处于二奶位置的史语所，总算占据了离镇四公里张氏家族最庞大的住居地——板栗坳（栗峰山庄）。半年之后，当西南联大文学院教授罗常培来李庄时，对这座山庄的位置和地形制作过如下描述：
历史语言研究所的所址在板栗坳，离李庄镇还有八里多……，离开市镇，先穿行了一大段田埂，约有半点钟的光景。到了半山的一个地方叫木鱼石，已经汗流浃背，喘得上气不接下气。躲在一棵榕树阴下休息一会儿等汗干了，才能继续登山。又拐了三个弯，已经看不见长江了，汗也把衬衫湿透了，还看不见一所像样的大房子。再往前走到了一个众峦逃拱的山洼里，才算找到板栗坳的张家大院。
尽管板栗坳离镇中心远了点，且位居一座大山的山顶，要到其地需过田埂，穿树林，上山需爬500多级台阶。但这个当年曾经暗藏刀兵的大本营，如同当年水泊梁山的水寨一样庞大，且自成一统。太平天国后期，当地一个号称“张四皇帝”的人，曾与出走西南的石达开暗中联系，率万余人在此造反起事，后被清兵与当地民团剿灭。如此庞大的城堡式山庄，除了房舍存放大批物资，还可安置研究人员和家眷，倒也不失为一处理想的避难之所。傅斯年到来后，开始找人修整房舍并着手分配。因板栗坳交通相对困难，特别是要爬500多个台阶才能到达山峰顶部的山庄，来往异常辛苦，考古组的李济与梁思永两个重量级人物都不想上山，自己在李庄镇内找房租住。另一位重量级人物董作宾则不怕山高路艰，乐意上山与众人一起聚居。为此，傅斯年严格规定，凡是单身的研究人员与技工全部上山，并在山上成立伙食团，共同搭火做饭，实实在在地过一段水泊梁山豪杰聚众山寨的日子。板栗坳的住房按照等级制分配，职级较高的研究人员分配的房子相对明亮宽敞，职级低的青年人自然要在小黑屋里蹲着。为便于管理，整个住房与办公场所基本以当地原称如桂花坳、柴门口、田边上、牌坊头、戏楼院等四处大院落为主。
按照各机构座次排列，中国营造学社作为一家被政府“弃之不顾”的民间学术机构和史语所的附庸，此次是被迫来到李庄，经过学社另一位重要支柱刘敦桢和林徽因等人的努力，总算在李庄郊外的上坝月亮田找到一处农舍落下脚来。这座房舍属于普通的川南民宅，布局为前后两个较大的院落，院中各有平房几间，梁家与刘敦桢一家各占其一部分，用于日常生活，其余的房屋作为营造学社的办公室用房。主持学社工作的梁思成因在离昆时突发高烧，直到一个月后方随史语所最后一批车队赶来。此后，梁、刘二人在本地找了几个木匠制作了几张桌子与条凳，算是办公用具，以备同仁看书、绘图、写作之用。
中国营造学社总算安顿下来，条件虽苦，但毕竟有史语所的图书可参看，有过去野外考察的大批资料可供整理、编写，有一个较为安静的环境，学问可以慢慢做下去。相对这几家机构而言，陶孟和率领的中央研究院社会科学研究所就显得颇有些尴尬和狼狈了。