武汉会战前，日本大本营判断，攻占武汉，控制中国腹心地区、击歼中国军队主力井夺取广州、切断中国的国际补给线后，可以迫使国民政府屈服。但事实与其愿望相反。武汉失守后，中国军队主力既未被歼，国民政府亦未屈服，华北敌后战场已经开辟，游击战争广泛展开，沦陷区内，日军占领点线已感兵力不足，难以确保“治安”。此时，日军用于侵华的军队，陆军己达24个师团和1个飞行集团；在中国东北，还配置有防备苏联的9个师团；日本国内，仅留有1个近卫师团。在现有兵力情况下，已无力发动大规模的进动。因而，日本大本营在1938年11月19日制定的《战争指导方针》和12月6日制定的《对中国事变处理方案》决定，放弃速战速决战略，改取持久作战战略，在基本上“不扩大占领地域”的原则下，以局部有限攻势、战略轰炸和切断中国国际补给线，来打击国民政府的抗战意志；并以有力部队击歼后方游击部队，以保持占领区的“治安”；运用中国的人力及资源，“以华制华”，维持对中国的占领；同时加强政治攻势，扶植傀儡政权，谋求结束战争。根据上述原则，日军参谋本部制定的《陆军在华作战指导纲要》规定：华北方面，“确保主要交通线”，“在占据地域内实行大规模之扫荡作战”。为此，在华中“留置6个师团，其余转用于华北方面”，华南则“逐次以守备部队代替，主力转用于华北方面”；华中方面，除“恢复上海、南京、杭州间地域之治安”外，“配置于武汉地区之作战军，协同海军，确保由岳州迄长江下游之交通，以武汉三镇及九江为根据地，摧毁敌人的抗战企图，作战地域，大致定为安庆、信阳、岳州、南昌之间”；华南方面，“以遮断中国补给为目的，配置最小限之兵力”。
武汉会战后，中国军事委员会委员长蒋介石，先后于湖南南岳、陕西武功召开高级将领军事会议，检讨此前抗战的得失，分析敌情，认为，今后第二期的抗战是转守为攻、转败为胜的时期。为适应战局的要求，重新决定了作战方针、重行划分了各个战区，调整了兵力部署，整理了军队编组，并简化了指挥层次。撤销兵团、军团，以军为战略单位，由统帅部至军，中间只有战区、集团军2个层次。将步兵师逐步由2旅4团制改为3团制。同时，合并军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营，改设桂林、天水2个行营，以统一指挥南北两个战场各地区之作战。1939年1月7日，军事委员会颁发的《国军第二期作战指导方案》的作战方针是：“国军应以一部增强被敌占领地区内力量，积极展开广大游击战，以牵制消耗敌人。主力应配置于、赣、湘赣、湘西、粤汉、平汉、陇海、豫西、鄂西各要线，极力保持现在态势。不得已时，亦应在现地线附近，尽量牵制敌人，获取时间之余裕，俟新战力培养完成，再行策动大规模攻势。”
南昌是江西的首府，位于九江以南，赣江与鄱阳湖之间，南邻浙赣铁路，系第九战区重要战略基地之一。武汉会战时，日军第11军就奉有攻略南昌之任务。但由于其第101、第106师团沿南浔路前进时攻击受挫，特别是第106师团在万家岭几乎被全歼，所以未能完成任务，被阻止于修水北岸。中国空军以南昌机场为基地，经常袭击九江附近在长江中航行的日海军舰艇，对九江及武汉日军的后方补给交通线威胁甚大。日军攻占武汉后，为切断浙江、安徽、江西经浙赣路至大后方的交通线，解除对九江及长江航道的威胁，占领南昌机场以缩短其对中国南方进行战略轰炸的航程，决定再次进攻南昌，并仍以第101师团和第106师团为主攻部队。由于这2个师团损失惨重，必须休整、补充才能进行战斗，所以预定于1939年3月间沿南污路发动进攻。
为保证进攻成功，在准备期间，第11军司令官冈村宁次，数次派作战主任参谋宫崎周一等乘飞机侦察地形和守军的防御体系、工事状况及兵力配备、重武器的位置等，据此选定渡河（修河）点和进军路线、主突方向。为提高进攻的强度和速度，冈村宁次改变以往将野战重炮兵和战车配属各师团，分割使用的作法，由军集中使用，统一指挥；同时改变将战车分布在步兵战斗队形直前，掩护和引导步兵攻击的传统战术，将战车编为战车集团，在第1线部队前方2天行程的距离上，在航空兵支援下，进行远程迂回，突破守军防线，为部队开路的战术。直接支援第101、第106师团进攻的炮兵，由野战重炮兵第6旅团长澄田崃四郎指挥，下属野战重炮兵第10、第13、第14、第15联队，野炮兵第101、第106联队，独立山炮第11联队和攻城重炮兵第2大队，共有火炮170门，另外，2个师团还有联队编制内的火炮112门和配属的迫击炮8个中队，总计300余门。战车集团由第5大队长石井广吉指挥，下属2个战车群、1个预备队，共有战车135辆。为使主攻方向上的2个师团作战容易，冈村宁次还令在湖北安陆的第16师团、在岳阳的第9师团、在杭州的第22师团，于进攻南昌开始前，分别向当面的中国军队发动进攻，以造成中国军队的错觉而分散兵力，以减轻主攻部队的压力。另外，令在箬溪的第6师团、在鄱阳湖的海军部队和第116师团，各以一部兵力，在进攻南昌开始时，分别向箬溪东西的安义、三都镇等地及鄱阳湖东岸的都昌沿湖地区进行攻击，以策应主攻方向的作战。部署第101师团由永修渡修水，沿铁路和铁路西侧进攻南昌；第106师团由永修西北的艾城、虬津渡修水，在第101师团以西经奉新左旋，在生米街以南渡过赣江，从南迂回南昌，切断浙赣铁路。
重新划分后的第九战区，司令长官仍为陈减，但因其兼军事委员会政治部部长，故由薛岳代理。所属部队有：第19集团军（罗卓英，辖第79、第49、第70、第78、第32军），第31集团军（汤恩伯，辖第13、第18、第92、第37、第52军），第1集团军（龙云，辖第58、新编第3、第60军），第27集团军（杨森，辖第20军），第30集团军（王陵基，辖第72军），第20集团军（商震，辖第54、第53、第87军），湘鄂赣边区游击总指挥（樊崧甫，辖第8、第73军），战区直属第74军（王耀武）。总计主力作战部队共52个步兵师。南昌会战开始前，防守南昌地区部队的兵力部署为：第19集团军总司令罗卓英指挥第70、第49、第79、第32军及顶5师等11个师，于箬溪以东，修水南岸亘鄱阳湖西岸，由西向东并列防御，战区并以第30集团军总司令王陵基指挥第72、第73、第78军等6个师，任武宁方面的守备，右与第19集团军联系，跨修水两岸，于箬溪以西对东防御。
1939年3月18日，日军炮兵群开始试射和进行火力侦察。20日16时30分，开始进行炮火准备，实施约2个小时的急袭射击和破坏射击，第106师团由虬律、第101师团由涂家埠，先后强渡修水，与守军第79军第76师，第49军第105师及第32军第142师激战竟夜，至21日7时，占领约2公里纵深之滩头阵地，掩护工兵架设浮桥。8时许，战车集团通过浮桥，由第106师团正面向五谷岭守军攻击。22日21时30分，先头分队前出至奉新，占领南门外潦河大桥。战车部队的突然进攻，使守城部队未能撤收配置在城郊的38门火炮，即匆促退走。由于燃料将尽，在飞机空投燃料后，战车集团继续南下，进至鼓楼岗后，转向东进，26日到达南昌城西赣江大桥。日军第106师团在战车集团后于23日占领安义，主力经奉新、大城转向东进，25日在南昌以西击破由第三战区增援的第102师，于26日由曾家渡过赣江，经战斗，占领南昌以南的铁路；其第111旅团由奉新以南转向西进攻高安。日军第101师团主力经万家埠、璜溪迂回至南昌西南之生米街，于26日渡过赣江；其第101旅团沿南浔铁路经慈姑、乐化，于26日到达南昌城西北赣江北岸。27日，日军第101师团及战车集团南北合击南昌。守军第32军的部队撤向进贤、临川。南昌为日军占领。
日军突破修水阵地后，第九战区曾令控制于浏阳、醴陵、长沙地区之第1集团军及第74军增援南昌。27日到达会埠、高安以东地区，匀日军第106师团第111旅团遭遇，俞地实施防御。日军第111旅团与第74军第51师多次战斗后，于4月2日占领高安。
担任策应南昌作战的日军第6师团，于3月21日由箬溪渡过修水。主力向武宁进攻，其第36旅团向扬州进攻。防守武宁地区的第30集团军利用山地进行顽强的抗击。日军进展困难，至23日方进至武宁以东约4公里的新宁镇一带。其第36旅团24日在扬州与守军第19师激战后，27日进至靖安。因南昌战斗已经结束，而其主力被阻于武宁以东，于是迅速返回，转攻武宁。29日，第6师团攻占武宁，又经过激烈战斗，至4月5日，其第36旅团方进至武宁的修水南岸。
1939年4月上旬，军事委员会令各战区发动“四月攻势”（亦称春季攻势），袭扰、牵制日军，令第九战区及第三战区策划反攻南昌。使用兵力为第九战区之第1、第19、第30集团军及第三战区之第32集团军，共约10个师，由第19集团军总司令罗卓英统一指挥。4月17日，蒋介石将自己的《攻略南昌计划》电告桂林行营主任白崇禧，并征求意见。其作战方针是：“先以主力进攻南浔沿线之敌，确实断敌联络，再以一部直取南昌。攻击开始之时机预定4月24日。”其兵力部署的主要内容是：令第1集团军（高荫槐）及第19集团军第74军（俞济时），分别经奉新、大城地区向修水至南昌间南浔铁路挺进，彻底破坏交通，断敌增援，并协力攻略南昌；令第19集团军第49军（刘多荃）逐次推进至高安，为总预备队；令第32集团军（上官去相）以3个师的兵力由赣江以东进攻南昌，并组织1个团的部队，以奇袭手段袭取南昌。令第30集团军（王陵基）进攻武宁。4月18日，白崇禧复电蒋介石，对兵力部署提出自己的建议，稍有变动，强调奇袭。并认为，“攻击时间应提前，从速实施，至迟须在22日左右。”此时，南昌地区日军的兵力部署是：第101师团守备南昌、向塘、高安间地域；第106师团守备安义，奉新、靖安间地域；第6师团一部守备武宁。
4月21日，第九战区的部队首先开始行动。第1集团军以第60军第184师和第58军新10师进攻奉新，以第58军新11师监视靖安日军；第19集团军以第74军主力进攻高安，以第74军及第49军各一部，北渡锦江，进攻大城、生米街。激战至26日，日军退守奉新、虬岭、西山万寿宫一带、第19集团军攻克大城、高安、生米街等据点，但尔后进展困难。攻击受阻，2个集团军的部队均未能按照预定的计划挺进至南浔铁路。
第三战区之第32集团军以第29军第16、第79师、预备5师及预备10师之一部，于4月23日渡过抚河进攻南昌。激战至26日，攻克市义街（南昌南），向南昌近迫。27日，日军集中第101师团主力实施反击，在猛烈炮火及航空兵火力支援下，双方在南昌东南、正南郊区内展开血战，反复争夺该地区内的各村庄据点。第79师师长段朗如因部队伤亡过大，于4月28日夜改变进攻的部署，以电报向军及集团作了报告。第32集团军总司令以擅自更动计划，经第三战区批准，将其撤职查办。5月1日，蒋介石下令：“……段朗如贻误军机，军前正法。何平（第16师师长）戴罪图功。限于5月5日以前攻下南昌，上官总司令应亲到前方督战。”5月2日，第102师收复向塘，再克市义街，第16师一度攻占沙潭埠，但在日军援军反击下，又被夺去。上官云相遂将第26师投入战斗，5月4日再度发动进攻。战至5日黄昏，预备5师攻至城外围阵地，并破坏了铁丝网。因遭火力集袭，伤亡惨重，无力继续攻击。第26师第152团于5日拂晓突入新龙机场，击毁日飞机3架；第155团于5日9时突至火车站，但均遭日军火力袭击及反击而受阻。5月6日，日军第106师团主力在航空兵、炮兵、战车支援下，从南昌及莲塘夹击城郊的第29军。激战至17时，第29军被包围，第26师长刘雨卿负伤，军长陈安宝及第156团团长谢北亭牺牲。第29军参谋长徐志勖及刘雨卿根据战场实际情况，见已不可能完成攻占南昌的任务，为避免部队被歼，决定向中洲尾、市义街突围。预备5师化装便衣进入城中的1个团，也因无后续部队接应，被迫撤出。
蒋介石限期于5月5日攻下南昌的命令下达后，第九战区代司令长官薛岳认为，以南昌防御战后尚未得到补充而武器装备又远逊于敌人的部队，对武器装备占绝对优势而又依据防御工事的敌人进行攻坚作战，不可能按主观决定的时间攻下南昌。但他不敢直接向蒋介石提出不同的意见，于5月3日致电陈诚陈述自己的看法。他说：“查南昌、奉新方面之攻击，自四月漾日（23日）开始，已十一天。因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战，因此攻击颇难摧毁敌人坚固阵地，迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。故此次南昌之攻击，即在消耗敌人，避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。现时己持久、攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月5日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。除严令各部排除万难，不顾一切，继续猛攻外，拟恳与委座通电话时，将上述情形婉为陈明。”陈诚于5月5日将薛岳的电报全文转电蒋介石。其实，桂林行营主任白崇禧对限时攻克武昌的命令亦认为不符实际。5月5日也致电蒋介石及何应钦，婉转地提出不同的建议。他说：“窃维我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效。今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力，为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以三分之一继续围攻，三分之二分别整理。在外则仍宣传积极攻略……”两封电报的中心思想，都是“以子之矛，攻子之盾”，用作战指导不符战略方针的理由，希望蒋介石改变限期攻克南昌的命令。蒋介石接到两电，又得知陈安宝军长牺牲及进攻部队丧亡惨重的报告后，于5月9日下达停止进攻南昌的命令。日军此时亦因损失严重，无力反击。南昌会战结束。
南昌会战，中国军队既未能在防御中守住南昌，也未能在反击中夺回南昌，但它在军事、政治上的影响，却有积极的一面。南昌会战使全世界——特别是日本军事当局认识到：日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能击歼中国军队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。中国军队不仅继续进行抗战，还开始实施战役范围的反攻，这是七七事变以来的新发展，同时也证明中国军事委员会在战略指导上确有改单纯防御为攻势防御的思想。可惜的是，由于某些高级将领，或是理论与实践脱节，或是根本就缺乏优良的战略战术素养，以致在作战指导和作战指挥上，产生不少失误，如敌情地形判断错误，选定的主要防御方向（南浔铁路）与日军的主要突击方向（修水地区）相差甚远，有些军（第79军、第49军等）部署1个师为第一线，防御正面长达15公里，而军的主力部署在第一线后方1日行程之处，违反了以军为战略单位、军长应直接指挥战斗的精神。又如作战计划强调以奇袭手段攻取南昌，实际作战却成为阵地攻坚战；计划是挺进南浔路、彻底破坏交通、断敌增援，实际是以3师之众，为相隔甚远的几个日军孤立据点所阻，一点兵力也未能进至南浔路，以致造成消耗敌人的同时，过多地消耗了自己。这本来并不是不可以避免的。